seq1 = pF1KB3557.tfa, 900 bp
seq2 = pF1KB3557/gi568815597f_235235265.tfa (gi568815597f:235235265_235442769), 207505 bp

>pF1KB3557 900
>gi568815597f:235235265_235442769 (Chr1)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-141  (106444-106514)   100% ->
142-900  (106747-107505)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAGACTCAAGAAACAGTCCAAAGAATTCTTCTAGAACCCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAGACTCAAGAAACAGTCCAAAGAATTCTTCTAGAACCCTATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATACTTACTTCAGTTACCAG         GTAAACAAGTGAGAACCAAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 ATACTTACTTCAGTTACCAGGTA...CAGGTAAACAAGTGAGAACCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTCACAGGCATTTAATCATTGGCTGAAAGTTCCAGAGGACAAGCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106465 TTTCACAGGCATTTAATCATTGGCTGAAAGTTCCAGAGGACAAGCTACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          ATTATTATTGAAGTGACAGAAATGTTGCATAATGCCAGTTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106515 GTA...TAGATTATTATTGAAGTGACAGAAATGTTGCATAATGCCAGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTCATCGATGATATTGAAGACAACTCAAAACTCCGACGTGGCTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106788 ACTCATCGATGATATTGAAGACAACTCAAAACTCCGACGTGGCTTTCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGCCCACAGCATCTATGGAATCCCATCTGTCATCAATTCTGCCAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106838 TGGCCCACAGCATCTATGGAATCCCATCTGTCATCAATTCTGCCAATTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTATTTCCTTGGCTTGGAGAAAGTCTTAACCCTTGATCACCCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106888 GTGTATTTCCTTGGCTTGGAGAAAGTCTTAACCCTTGATCACCCAGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGTGAAGCTTTTTACCCGCCAGCTTTTGGAACTCCATCAGGGACAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106938 AGTGAAGCTTTTTACCCGCCAGCTTTTGGAACTCCATCAGGGACAAGGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGATATTTACTGGAGGGATAATTACACTTGTCCCACTGAAGAAGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106988 TAGATATTTACTGGAGGGATAATTACACTTGTCCCACTGAAGAAGAATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGCTATGGTGCTGCAGAAAACAGGTGGACTGTTTGGATTAGCAGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107038 AAAGCTATGGTGCTGCAGAAAACAGGTGGACTGTTTGGATTAGCAGTAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCTCATGCAGTTGTTCTCTGATTACAAAGAAGATTTAAAACCGCTACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107088 TCTCATGCAGTTGTTCTCTGATTACAAAGAAGATTTAAAACCGCTACTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATACACTTGGGCTCTTTTTCCAAATTAGGGATGATTATGCTAATCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107138 ATACACTTGGGCTCTTTTTCCAAATTAGGGATGATTATGCTAATCTACAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TCCAAAGAATATAGTGAAAACAAAAGTTTTTGTGAAGATCTGACAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107188 TCCAAAGAATATAGTGAAAACAAAAGTTTTTGTGAAGATCTGACAGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAAGTTCTCATTTCCTACTATTCATGCTATTTGGTCAAGGCCTGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107238 AAAGTTCTCATTTCCTACTATTCATGCTATTTGGTCAAGGCCTGAAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCCAGGTGCAGAATATCTTGCGCCAGAGAACAGAAAACATAGATATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107288 CCCAGGTGCAGAATATCTTGCGCCAGAGAACAGAAAACATAGATATAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAATACTGTGTACATTATCTTGAGGATGTAGGTTCTTTTGAATACACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107338 AAATACTGTGTACATTATCTTGAGGATGTAGGTTCTTTTGAATACACTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAATACCCTTAAAGAGCTTGAAGCTAAAGCCTATAAACAGATTGATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107388 TAATACCCTTAAAGAGCTTGAAGCTAAAGCCTATAAACAGATTGATGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGGTGGGAACCCTGAGCTAGTAGCCTTAGTAAAACACTTAAGTAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107438 GTGGTGGGAACCCTGAGCTAGTAGCCTTAGTAAAACACTTAAGTAAGATG

    900     .    :    .
    883 TTCAAAGAAGAAAATGAA
        ||||||||||||||||||
 107488 TTCAAAGAAGAAAATGAA