seq1 = pF1KB3552.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KB3552/gi568815587f_461769.tfa (gi568815587f:461769_663642), 201874 bp

>pF1KB3552 1119
>gi568815587f:461769_663642 (Chr11)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-822  (100311-101008)   100% ->
823-951  (101421-101549)   100% ->
952-1034  (101628-101710)   100% ->
1035-1119  (101790-101874)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTTGGGACTGGCGGCCATGGAGCTGAAGGTGTGGGTGGATGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGTTGGGACTGGCGGCCATGGAGCTGAAGGTGTGGGTGGATGGCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGCGTGTGGTCTGTGGGGTCTCAGAGCAGACCACCTGCCAGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGCGTGTGGTCTGTGGGGTCTCAGAGCAGACCACCTGCCAGGAAGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCGCACTAGCCCAAGCAATAG         GCCAGACTGGCCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 TCATCGCACTAGCCCAAGCAATAGGTG...CAGGCCAGACTGGCCGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCTTGTGCAGCGGCTTCGGGAGAAGGAGCGGCAGTTGCTGCCACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100328 GTGCTTGTGCAGCGGCTTCGGGAGAAGGAGCGGCAGTTGCTGCCACAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGTCCAGTGGGCGCCCAGGCCACCTGCGGACAGTTTGCCAGCGATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100378 GTGTCCAGTGGGCGCCCAGGCCACCTGCGGACAGTTTGCCAGCGATGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTTTGTCCTGAGGCGCACAGGGCCCAGCCTAGCTGGGAGGCCCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100428 AGTTTGTCCTGAGGCGCACAGGGCCCAGCCTAGCTGGGAGGCCCTCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACAGCTGTCCACCCCCGGAACGCTGCCTAATTCGTGCCAGCCTCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100478 GACAGCTGTCCACCCCCGGAACGCTGCCTAATTCGTGCCAGCCTCCCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAGCCACGGGCTGCGCTGGGCTGTGAGCCCCGCAAAACACTGACCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100528 AAAGCCACGGGCTGCGCTGGGCTGTGAGCCCCGCAAAACACTGACCCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCCAGCCCCCAGCCTCTCACGCCCTGGGCCTGCGGCCCCTGTGACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100578 AGCCAGCCCCCAGCCTCTCACGCCCTGGGCCTGCGGCCCCTGTGACACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACACCAGGCTGCTGCACAGACCTGCGGGGCCTGGAGCTCAGGGTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100628 ACACCAGGCTGCTGCACAGACCTGCGGGGCCTGGAGCTCAGGGTGCAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAATGCTGAGGAGCTGGGCCATGAGGCCTTCTGGGAGCAAGAGCTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100678 GAATGCTGAGGAGCTGGGCCATGAGGCCTTCTGGGAGCAAGAGCTGCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGAGCAGGCCCGGGAGCGAGAGGGACAGGCACGCCTGCAGGCACTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 GGGAGCAGGCCCGGGAGCGAGAGGGACAGGCACGCCTGCAGGCACTAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCGGCCACTGCTGAGCATGCCGCCCGGCTGCAGGCCCTGGACGCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 GCGGCCACTGCTGAGCATGCCGCCCGGCTGCAGGCCCTGGACGCTCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCGTGCCCTGGAGGCTGAGCTGCAGCTGGCAGCGGAGGCCCCTGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100828 CCGTGCCCTGGAGGCTGAGCTGCAGCTGGCAGCGGAGGCCCCTGGGCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCTCACCTATGGCATCTGCCACTGAGCGCCTGCACCAGGACCTGGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100878 CCTCACCTATGGCATCTGCCACTGAGCGCCTGCACCAGGACCTGGCTGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAGGAGCGGCAGAGTGCGGAGGTGCAGGGCAGCCTGGCTCTGGTGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100928 CAGGAGCGGCAGAGTGCGGAGGTGCAGGGCAGCCTGGCTCTGGTGAGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCCCTGGAGGCAGCAGAGCGAGCCTTGCAG         GCTCAGGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100978 GGCCCTGGAGGCAGCAGAGCGAGCCTTGCAGGTG...CAGGCTCAGGCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGAGCTGGAGGAGCTGAACCGAGAGCTCCGTCAGTGCAACCTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101431 AGGAGCTGGAGGAGCTGAACCGAGAGCTCCGTCAGTGCAACCTGCAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTCATCCAGCAGACCGGGGCTGCGCTGCCACCGCCCCCACGGCCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101481 TTCATCCAGCAGACCGGGGCTGCGCTGCCACCGCCCCCACGGCCTGACAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGGCCCTCCTGGCACTCAG         GGCCCTCTGCCTCCAGCCAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101531 GGGCCCTCCTGGCACTCAGGTC...CAGGGCCCTCTGCCTCCAGCCAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGGAGTCCCTCCTGGGCGCTCCCTCTGAGTCCCATGCTGGTGCCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101650 AGGAGTCCCTCCTGGGCGCTCCCTCTGAGTCCCATGCTGGTGCCCAGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGGCCCCGAGG         TGGCCCCCATGACGCAGAACTCCTGGAGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101700 AGGCCCCGAGGGTA...CAGTGGCCCCCATGACGCAGAACTCCTGGAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGCAGCAGCTCCTGCCCCAGAGTGGTGTCCTCTGGCAGCCCAGCCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 AGCAGCAGCTCCTGCCCCAGAGTGGTGTCCTCTGGCAGCCCAGCCCCAGG

   1150     .
   1115 CTCTG
        |||||
 101870 CTCTG