seq1 = pF1KB3544.tfa, 324 bp
seq2 = pF1KB3544/gi568815578r_1272115.tfa (gi568815578r:1272115_1492998), 220884 bp

>pF1KB3544 324
>gi568815578r:1272115_1492998 (Chr20)

(complement)

1-37  (100001-100037)   100% ->
38-85  (100118-100165)   100% ->
86-198  (117396-117508)   100% ->
199-324  (120759-120884)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGTGCAGGTGGAAACCATCTCCCCAGGAGACG         GGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100001 ATGGGAGTGCAGGTGGAAACCATCTCCCCAGGAGACGGTG...CAGGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACCTTCCCCAAGCGCGGCCAGACCTGCGTGGTGCACTACACCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100122 CACCTTCCCCAAGCGCGGCCAGACCTGCGTGGTGCACTACACCGGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     86    GGATGCTTGAAGATGGAAAGAAATTTGATTCCTCCCGGGACAGAAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117393 CAGGGATGCTTGAAGATGGAAAGAAATTTGATTCCTCCCGGGACAGAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGCCCTTTAAGTTTATGCTAGGCAAGCAGGAGGTGATCCGAGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117443 AAGCCCTTTAAGTTTATGCTAGGCAAGCAGGAGGTGATCCGAGGCTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGAAGGGGTTGCCCAG         ATGAGTGTGGGTCAGAGAGCCAAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117493 AGAAGGGGTTGCCCAGGTA...CAGATGAGTGTGGGTCAGAGAGCCAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGACTATATCTCCAGATTATGCCTATGGTGCCACTGGGCACCCAGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120784 TGACTATATCTCCAGATTATGCCTATGGTGCCACTGGGCACCCAGGCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATCCCACCACATGCCACTCTCGTCTTCGATGTGGAGCTTCTAAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120834 ATCCCACCACATGCCACTCTCGTCTTCGATGTGGAGCTTCTAAAACTGGA

    350 
    324 A
        |
 120884 A