seq1 = pF1KB3539.tfa, 1032 bp
seq2 = pF1KB3539/gi568815595r_119112552.tfa (gi568815595r:119112552_119330099), 217548 bp

>pF1KB3539 1032
>gi568815595r:119112552_119330099 (Chr3)

(complement)

1-253  (100001-100253)   100% ->
254-486  (103059-103291)   100% ->
487-674  (105855-106042)   100% ->
675-797  (111328-111450)   100% ->
798-902  (113756-113860)   100% ->
903-1032  (117419-117548)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTTCAACCTGACTTTCCACCTTTCCTACAAATTCCGATTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTTCAACCTGACTTTCCACCTTTCCTACAAATTCCGATTACTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTTGACTTTGTGCCTGACAGTGGTTGGGTGGGCCACCAGTAACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTTGACTTTGTGCCTGACAGTGGTTGGGTGGGCCACCAGTAACTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTGGGTGCCATTCAAGAGATTCCTAAAGCAAAGGAGTTCATGGCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTGGGTGCCATTCAAGAGATTCCTAAAGCAAAGGAGTTCATGGCTAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCATAAGACCCTCATTTTGGGGAAGGGAAAAACTCTGACTAATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCATAAGACCCTCATTTTGGGGAAGGGAAAAACTCTGACTAATGAAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATCCACGAAGAAGGTAGAACTTGACAACTGCCCTTCTGTGTCTCCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ATCCACGAAGAAGGTAGAACTTGACAACTGCCCTTCTGTGTCTCCTTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCA         GAGGCCAGAGCAAGCTCATTTTCAAACCAGATCTCACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAGTA...TAGGAGGCCAGAGCAAGCTCATTTTCAAACCAGATCTCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGGAAGAGGTACAGGCAGAAAATCCCAAAGTGTCCAGAGGCCGGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103097 TTGGAAGAGGTACAGGCAGAAAATCCCAAAGTGTCCAGAGGCCGGTATCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCTCAGGAATGTAAAGCTTTACAGAGGGTCGCCATCCTCGTTCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103147 CCCTCAGGAATGTAAAGCTTTACAGAGGGTCGCCATCCTCGTTCCCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGAACAGAGAGAAACACCTGATGTACCTGCTGGAACATCTGCATCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103197 GGAACAGAGAGAAACACCTGATGTACCTGCTGGAACATCTGCATCCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGCAGAGGCAGCAGCTGGATTATGGCATCTACGTCATCCACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103247 CTGCAGAGGCAGCAGCTGGATTATGGCATCTACGTCATCCACCAGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487     GCTGAAGGTAAAAAGTTTAATCGAGCCAAACTCTTGAATGTGGGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103297 .TAGGCTGAAGGTAAAAAGTTTAATCGAGCCAAACTCTTGAATGTGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATCTAGAAGCCCTCAAGGAAGAAAATTGGGACTGCTTTATATTCCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105901 ATCTAGAAGCCCTCAAGGAAGAAAATTGGGACTGCTTTATATTCCACGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGGACCTGGTACCCGAGAATGACTTTAACCTTTACAAGTGTGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105951 GTGGACCTGGTACCCGAGAATGACTTTAACCTTTACAAGTGTGAGGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCCCAAGCATCTGGTGGTTGGCAGGAACAGCACTGGGTACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 106001 TCCCAAGCATCTGGTGGTTGGCAGGAACAGCACTGGGTACAGGTA...CA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    675  GTTACGTTACAGTGGATATTTTGGGGGTGTTACTGCCCTAAGCAGAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111327 GGTTACGTTACAGTGGATATTTTGGGGGTGTTACTGCCCTAAGCAGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGTTTTTCAAGGTGAATGGATTCTCTAACAACTACTGGGGATGGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111377 CAGTTTTTCAAGGTGAATGGATTCTCTAACAACTACTGGGGATGGGGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGAAGACGATGACCTCAGACTCAG         GGTTGAGCTCCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111427 CGAAGACGATGACCTCAGACTCAGGTG...TAGGGTTGAGCTCCAAAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGAAAATTTCCCGGCCCCTGCCTGAAGTGGGTAAATATACAATGGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113773 TGAAAATTTCCCGGCCCCTGCCTGAAGTGGGTAAATATACAATGGTCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACACTAGAGACAAAGGCAATGAGGTGAACGCAGAACG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113823 CACACTAGAGACAAAGGCAATGAGGTGAACGCAGAACGGTA...TAGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAAGCTCTTACACCAAGTGTCACGAGTCTGGAGAACAGATGGGTTGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117422 GAAGCTCTTACACCAAGTGTCACGAGTCTGGAGAACAGATGGGTTGAGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GTTGTTCTTATAAATTAGTATCTGTGGAACACAATCCTTTATATATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117472 GTTGTTCTTATAAATTAGTATCTGTGGAACACAATCCTTTATATATCAAC

   1050     .    :    .    :    .
   1006 ATCACAGTGGATTTCTGGTTTGGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||
 117522 ATCACAGTGGATTTCTGGTTTGGTGCA