seq1 = pF1KB3523.tfa, 2574 bp
seq2 = pF1KB3523/gi568815586f_6752180.tfa (gi568815586f:6752180_6966074), 213895 bp

>pF1KB3523 2574
>gi568815586f:6752180_6966074 (Chr12)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-237  (103222-103347)   100% ->
238-304  (103576-103642)   100% ->
305-438  (103838-103971)   100% ->
439-584  (104126-104271)   100% ->
585-769  (104528-104712)   100% ->
770-864  (105450-105544)   100% ->
865-1058  (106245-106438)   100% ->
1059-1130  (107291-107362)   100% ->
1131-1218  (107972-108059)   100% ->
1219-1344  (108187-108312)   100% ->
1345-1498  (108774-108927)   100% ->
1499-1673  (109264-109438)   100% ->
1674-1762  (110291-110379)   100% ->
1763-1954  (111007-111198)   100% ->
1955-2098  (111651-111794)   100% ->
2099-2244  (111871-112016)   100% ->
2245-2398  (112543-112696)   100% ->
2399-2483  (112985-113069)   100% ->
2484-2574  (113805-113895)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCTGAGTGAGGAGGCGCTGCTGTCAGTATTACCGACGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAGCTGAGTGAGGAGGCGCTGCTGTCAGTATTACCGACGATCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCCTAAGGCTGGAGACCGGGTCCACAAAGACGAGTGCGCCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCCTAAGGCTGGAGACCGGGTCCACAAAGACGAGTGCGCCTTCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACACGCCG         GAGTCTGAGGGGGGCCTCTACATCTGTATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGACACGCCGGTA...CAGGAGTCTGAGGGGGGCCTCTACATCTGTATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACACGTTTCTGGGCTTTGGGAAACAGTATGTGGAGAGACATTTCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103252 AACACGTTTCTGGGCTTTGGGAAACAGTATGTGGAGAGACATTTCAATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACCGGCCAGCGAGTCTACTTGCACCTCCGGCGGACCCGGCGCCCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 103302 GACCGGCCAGCGAGTCTACTTGCACCTCCGGCGGACCCGGCGCCCGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      AAAGAGGAGGACCCTGCTACAGGCACTGGAGACCCACCCCGGAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103352 ..CAGAAAGAGGAGGACCCTGCTACAGGCACTGGAGACCCACCCCGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCCCACGCGGCTGGCTATTG         GTGTTGAAGGCGGATTTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103621 AAGCCCACGCGGCTGGCTATTGGTG...CAGGTGTTGAAGGCGGATTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTTAGCGAGGAGAAGTTTGAATTAGACGAGGATGTGAAGATTGTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103857 CCTTAGCGAGGAGAAGTTTGAATTAGACGAGGATGTGAAGATTGTCATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCCAGATTACCTGGAGATTGCCCGGGATGGACTGGGGGGACTGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103907 TGCCAGATTACCTGGAGATTGCCCGGGATGGACTGGGGGGACTGCCTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTGTCAGAGATCGG         GTGACCAGTGCAGTGGAGGCCCTACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103957 ATTGTCAGAGATCGGGTA...CAGGTGACCAGTGCAGTGGAGGCCCTACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCGGCCGACTCAGCCTCCCGCAAGCAGGAGGTGCAGGCATGGGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104152 GTCGGCCGACTCAGCCTCCCGCAAGCAGGAGGTGCAGGCATGGGATGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGTACGGCAGGTGTCTAAGCATGCCTTCAGCCTCAAGCAGTTGGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104202 AAGTACGGCAGGTGTCTAAGCATGCCTTCAGCCTCAAGCAGTTGGACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGCTCGAATCCCTCCCTG         TGGCTGGAAGTGCTCCAAGTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 104252 CCTGCTCGAATCCCTCCCTGGTG...TAGTGGCTGGAAGTGCTCCAAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACATGAGAGAGAACCTGTGGCTCAACCTGACTGATGGCTCCATCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104549 TGACATGAGAGAGAACCTGTGGCTCAACCTGACTGATGGCTCCATCCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGGGCGACGCTACTTCGATGGCAGTGGGGGCAACAACCACGCTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104599 GTGGGCGACGCTACTTCGATGGCAGTGGGGGCAACAACCACGCTGTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACTACCGAGAGACAGGCTACCCGTTAGCTGTCAAGCTGGGCACCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104649 CACTACCGAGAGACAGGCTACCCGTTAGCTGTCAAGCTGGGCACCATCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCTGATGGAGCTG         ACGTGTACTCATATGATGAGGATGACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104699 CCCTGATGGAGCTGGTA...TAGACGTGTACTCATATGATGAGGATGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCCTGGACCCCAGCCTGGCTGAGCACCTGTCCCACTTCGGCATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105477 TGGTCCTGGACCCCAGCCTGGCTGAGCACCTGTCCCACTTCGGCATCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGCTGAAGATGCAGAAG         ACAGACAAGACGATGACTGAGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105527 ATGCTGAAGATGCAGAAGGTG...CAGACAGACAAGACGATGACTGAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGATAGACATGAACCAGCGGATTGGTGAATGGGAGCTGATCCAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106268 GGAGATAGACATGAACCAGCGGATTGGTGAATGGGAGCTGATCCAGGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGGTGTGCCACTCAAGCCCCTGTTTGGGCCTGGCTACACAGGCATCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106318 CAGGTGTGCCACTCAAGCCCCTGTTTGGGCCTGGCTACACAGGCATCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AACCTGGGTAACAGCTGCTACCTCAACTCTGTGGTCCAGGTGCTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106368 AACCTGGGTAACAGCTGCTACCTCAACTCTGTGGTCCAGGTGCTCTTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATCCCTGACTTCCAGAGGAA         GTATGTGGATAAGCTGGAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106418 CATCCCTGACTTCCAGAGGAAGTG...TAGGTATGTGGATAAGCTGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGATCTTCCAGAATGCCCCGACGGACCCTACCCAGGATTTCAGCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107311 AGATCTTCCAGAATGCCCCGACGGACCCTACCCAGGATTTCAGCACCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GT         GGCCAAGCTGGGCCATGGCCTTCTCTCCGGGGAGTATTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107361 GTGTA...CAGGGCCAAGCTGGGCCATGGCCTTCTCTCCGGGGAGTATTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAAGCCAGTACCGGAGTCGGGCGATGGGGAGCGGGTGCCAGAACAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108011 CAAGCCAGTACCGGAGTCGGGCGATGGGGAGCGGGTGCCAGAACAGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1219         GAAGTTCAAGATGGCATTGCCCCTCGGATGTTCAAGGCCCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108061 TG...CAGGAAGTTCAAGATGGCATTGCCCCTCGGATGTTCAAGGCCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 ATCGGCAAGGGCCACCCTGAATTCTCCACCAACCGGCAGCAGGATGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108229 ATCGGCAAGGGCCACCCTGAATTCTCCACCAACCGGCAGCAGGATGCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGAGTTCTTCCTTCACCTTATCAACATGGTGGAG         AGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108279 GGAGTTCTTCCTTCACCTTATCAACATGGTGGAGGTA...TAGAGGAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCCGGAGCTCTGAAAATCCTAATGAAGTGTTCCGCTTCTTGGTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108781 GCCGGAGCTCTGAAAATCCTAATGAAGTGTTCCGCTTCTTGGTGGAGGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGATCAAGTGCCTGGCCACAGAGAAGGTGAAGTACACCCAGCGAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108831 AAGATCAAGTGCCTGGCCACAGAGAAGGTGAAGTACACCCAGCGAGTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTACATCATGCAGCTGCCTGTGCCCATGGATGCAGCCCTTAACAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 108881 CTACATCATGCAGCTGCCTGTGCCCATGGATGCAGCCCTTAACAAAGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1499       AGGAGCTTCTGGAGTACGAGGAGAAGAAGCGGCAAGCCGAAGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108931 ...CAGAGGAGCTTCTGGAGTACGAGGAGAAGAAGCGGCAAGCCGAAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGAAGATGGCACTGCCAGAACTGGTTCGGGCCCAGGTGCCCTTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109308 GAGAAGATGGCACTGCCAGAACTGGTTCGGGCCCAGGTGCCCTTCAGCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TTGCCTGGAGGCCTACGGGGCCCCTGAGCAGGTCGATGACTTCTGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109358 TTGCCTGGAGGCCTACGGGGCCCCTGAGCAGGTCGATGACTTCTGGAGCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CGGCCCTGCAGGCCAAGTCAGTAGCTGTCAA         GACCACACGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109408 CGGCCCTGCAGGCCAAGTCAGTAGCTGTCAAGTA...TAGGACCACACGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTTGCCTCATTCCCTGACTACCTGGTCATCCAGATCAAGAAGTTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110301 TTTGCCTCATTCCCTGACTACCTGGTCATCCAGATCAAGAAGTTCACCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CGGCTTAGACTGGGTGCCCAAGAAACTGG         ATGTGTCCATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110351 CGGCTTAGACTGGGTGCCCAAGAAACTGGGTA...CAGATGTGTCCATCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGATGCCAGAGGAGCTCGACATCTCCCAGTTGAGGGGCACAGGGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111019 AGATGCCAGAGGAGCTCGACATCTCCCAGTTGAGGGGCACAGGGCTGCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CCCGGAGAGGAGGAGCTGCCAGACATTGCCCCACCCCTGGTCACTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111069 CCCGGAGAGGAGGAGCTGCCAGACATTGCCCCACCCCTGGTCACTCCGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGAGCCCAAAGGTAGCCTTGGTTTCTATGGCAACGAAGACGAAGACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111119 TGAGCCCAAAGGTAGCCTTGGTTTCTATGGCAACGAAGACGAAGACTCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TCTGCTCCCCTCACTTCTCCTCTCCGACAT         CGCCCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111169 TCTGCTCCCCTCACTTCTCCTCTCCGACATGTT...CAGCGCCCATGCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GATGAATCAGTCATCATCCAGCTGGTGGAGATGGGATTCCCTATGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111662 GATGAATCAGTCATCATCCAGCTGGTGGAGATGGGATTCCCTATGGACGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CTGCCGCAAAGCTGTCTACTACACGGGCAACAGCGGGGCTGAGGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111712 CTGCCGCAAAGCTGTCTACTACACGGGCAACAGCGGGGCTGAGGCCGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 TGAACTGGGTCATGTCACACATGGATGATCCAG         ATTTTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111762 TGAACTGGGTCATGTCACACATGGATGATCCAGGTA...CAGATTTTGCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 AACCCCCTCATCCTGCCTGGCTCTAGTGGGCCGGGCTCCACAAGCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111879 AACCCCCTCATCCTGCCTGGCTCTAGTGGGCCGGGCTCCACAAGCGCAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AGCCGACCCCCCTCCTGAGGACTGTGTGACCACCATTGTCTCCATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111929 AGCCGACCCCCCTCCTGAGGACTGTGTGACCACCATTGTCTCCATGGGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 TCTCCCGGGACCAGGCCTTGAAAGCGCTGCGGGCCACG         AAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111979 TCTCCCGGGACCAGGCCTTGAAAGCGCTGCGGGCCACGGTA...AAGAAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AATAGTTTAGAACGGGCTGTGGACTGGATCTTCAGTCACATTGACGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112546 AATAGTTTAGAACGGGCTGTGGACTGGATCTTCAGTCACATTGACGACCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GGATGCTGAAGCTGCCATGGACATCTCAGAGGGCCGCTCAGCTGCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112596 GGATGCTGAAGCTGCCATGGACATCTCAGAGGGCCGCTCAGCTGCCGACT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 CCATCTCTGAGTCTGTGCCAGTGGGACCTAAAGTCCGGGATGGTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112646 CCATCTCTGAGTCTGTGCCAGTGGGACCTAAAGTCCGGGATGGTCCTGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 A         AGTATCAGCTCTTTGCCTTCATTAGTCACATGGGCACCTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112696 AGTG...TAGAGTATCAGCTCTTTGCCTTCATTAGTCACATGGGCACCTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 TACCATGTGTGGTCACTACGTCTGCCACATCAAGAAAGAAGGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113025 TACCATGTGTGGTCACTACGTCTGCCACATCAAGAAAGAAGGCAGGTG..

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484     ATGGGTGATCTACAATGACCAGAAAGTGTGTGCCTCCGAGAAGCCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113075 .CAGATGGGTGATCTACAATGACCAGAAAGTGTGTGCCTCCGAGAAGCCG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2530 CCCAAGGACCTGGGCTACATCTACTTCTACCAGAGAGTGGCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113851 CCCAAGGACCTGGGCTACATCTACTTCTACCAGAGAGTGGCCAGC