seq1 = pF1KB3512.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KB3512/gi568815597f_10913728.tfa (gi568815597f:10913728_11122651), 208924 bp

>pF1KB3512 1242
>gi568815597f:10913728_11122651 (Chr1)

1-238  (100001-100238)   100% ->
239-402  (103117-103280)   100% ->
403-543  (105006-105146)   100% ->
544-714  (106702-106872)   100% ->
715-1242  (108397-108924)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGAATATATTCGGGTAACCGAAGATGAGAACGATGAGCCCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGAATATATTCGGGTAACCGAAGATGAGAACGATGAGCCCATTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATACCATCGGAAGACGATGGGACGGTGCTGCTCTCCACGGTTACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATACCATCGGAAGACGATGGGACGGTGCTGCTCTCCACGGTTACAGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTTCCAGGGGCGTGTGGGCTTCGCTACAGGAATCCAGTGTCTCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTTCCAGGGGCGTGTGGGCTTCGCTACAGGAATCCAGTGTCTCAGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGAGAGGTGTCCGGCTGGTAGAAGGAATTCTGCATGCCCCAGATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGAGAGGTGTCCGGCTGGTAGAAGGAATTCTGCATGCCCCAGATGCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGGGGAAATCTGGTGTATGTTGTCAACTATCCAAAAG         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100201 CTGGGGAAATCTGGTGTATGTTGTCAACTATCCAAAAGGTT...TAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAAAGAAAAATGGATGAGACAGATGCTTCATCAGCAGTGAAAGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103120 ACAAAAGAAAAATGGATGAGACAGATGCTTCATCAGCAGTGAAAGTGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGAGCAGTCCAGAAAACATCCGATTTAATAGTGTTGGGTCTCCCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103170 AGAGCAGTCCAGAAAACATCCGATTTAATAGTGTTGGGTCTCCCATGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AACAACCGAACAGGACCTGAAAGAGTATTTTAGTACCTTTGGAGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103220 AACAACCGAACAGGACCTGAAAGAGTATTTTAGTACCTTTGGAGAAGTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTATGGTGCAG         GTCAAGAAAGATCTTAAGACTGGTCATTCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103270 TTATGGTGCAGGTA...TAGGTCAAGAAAGATCTTAAGACTGGTCATTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGGGGTTTGGCTTTGTTCGTTTTACGGAATATGAAACACAAGTGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105036 AAGGGGTTTGGCTTTGTTCGTTTTACGGAATATGAAACACAAGTGAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AATGTCACAGCGACATATGATAGATGGACGATGGTGTGACTGCAAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105086 AATGTCACAGCGACATATGATAGATGGACGATGGTGTGACTGCAAACTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTAATTCTAAG         CAAAGCCAAGATGAGCCTTTGAGAAGCAGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105136 CTAATTCTAAGGTA...CAGCAAAGCCAAGATGAGCCTTTGAGAAGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGTGTTTGTGGGGCGCTGTACAGAGGACATGACTGAGGATGAGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106732 AAAGTGTTTGTGGGGCGCTGTACAGAGGACATGACTGAGGATGAGCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGTTCTTCTCTCAGTACGGGGATGTGATGGATGTCTTCATCCCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106782 GGAGTTCTTCTCTCAGTACGGGGATGTGATGGATGTCTTCATCCCCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CATTCAGGGCCTTTGCCTTTGTTACATTTGCAGATGATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106832 CATTCAGGGCCTTTGCCTTTGTTACATTTGCAGATGATCAGGTA...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTGCGCAGTCTCTTTGTGGAGAGGACTTGATCATTAAAGGAATCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108397 ATTGCGCAGTCTCTTTGTGGAGAGGACTTGATCATTAAAGGAATCAGCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCATATATCCAATGCCGAACCTAAGCACAATAGCAATAGACAGTTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108447 TCATATATCCAATGCCGAACCTAAGCACAATAGCAATAGACAGTTAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAAGTGGAAGATTTGGTGGTAATCCAGGTGGCTTTGGGAATCAGGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108497 GAAGTGGAAGATTTGGTGGTAATCCAGGTGGCTTTGGGAATCAGGGTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTTGGTAATAGCAGAGGGGGTGGAGCTGGTTTGGGAAACAATCAAGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108547 TTTGGTAATAGCAGAGGGGGTGGAGCTGGTTTGGGAAACAATCAAGGTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TAATATGGGTGGTGGGATGAACTTTGGTGCGTTCAGCATTAATCCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108597 TAATATGGGTGGTGGGATGAACTTTGGTGCGTTCAGCATTAATCCAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TGATGGCTGCCGCCCAGGCAGCACTACAGAGCAGTTGGGGTATGATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108647 TGATGGCTGCCGCCCAGGCAGCACTACAGAGCAGTTGGGGTATGATGGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ATGTTAGCCAGCCAGCAGAACCAGTCAGGCCCATCGGGTAATAACCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108697 ATGTTAGCCAGCCAGCAGAACCAGTCAGGCCCATCGGGTAATAACCAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CCAAGGCAACATGCAGAGGGAGCCAAACCAGGCCTTCGGTTCTGGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108747 CCAAGGCAACATGCAGAGGGAGCCAAACCAGGCCTTCGGTTCTGGAAATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACTCTTATAGTGGCTCTAATTCTGGTGCAGCAATTGGTTGGGGATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108797 ACTCTTATAGTGGCTCTAATTCTGGTGCAGCAATTGGTTGGGGATCAGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TCCAATGCAGGGTCGGGCAGTGGTTTTAATGGAGGCTTTGGCTCAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108847 TCCAATGCAGGGTCGGGCAGTGGTTTTAATGGAGGCTTTGGCTCAAGCAT

   1250     .    :    .    :    .
   1215 GGATTCTAAGTCTTCTGGCTGGGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 108897 GGATTCTAAGTCTTCTGGCTGGGGAATG