seq1 = pF1KB3511.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KB3511/gi568815597r_209688423.tfa (gi568815597r:209688423_209901413), 212991 bp

>pF1KB3511 1401
>gi568815597r:209688423_209901413 (Chr1)

(complement)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-379  (104862-105066)   100% ->
380-508  (105996-106124)   100% ->
509-667  (108987-109145)   100% ->
668-1060  (110527-110919)   100% ->
1061-1179  (111629-111747)   100% ->
1180-1401  (112770-112991)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTCCACCCCCGCAGAGTCCGGCTAAAGCCCTGGCTGGTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTCCACCCCCGCAGAGTCCGGCTAAAGCCCTGGCTGGTGGCCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGATAGTGGCCTCTACCCTGGGCTCATCTGGCTACACAGGGACTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGATAGTGGCCTCTACCCTGGGCTCATCTGGCTACACAGGGACTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACGCTTCCAGATTCCCTGGAAACATGCCACCCGGCATAGCCCTCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACGCTTCCAGATTCCCTGGAAACATGCCACCCGGCATAGCCCTCAACAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAAGAGGAAAATACCATTTTTAAG         GCCTGGGCTGTAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 GAAGAGGAAAATACCATTTTTAAGGTA...CAGGCCTGGGCTGTAGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGAAGTACCAGGAAGGGGTGGATGACCCTGACCCAGCTAAATGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104879 AGGGAAGTACCAGGAAGGGGTGGATGACCCTGACCCAGCTAAATGGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGCTGCGCTGTGCTCTCAATAAGAGCAGAGAATTCAACCTGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104929 CCCAGCTGCGCTGTGCTCTCAATAAGAGCAGAGAATTCAACCTGATGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGGCACCAAGGAGGTGCCCATGAACCCAGTGAAGATATATCAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104979 GATGGCACCAAGGAGGTGCCCATGAACCCAGTGAAGATATATCAAGTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACATCCCTCAGCCCCAGGGCTCGATCATTAACCCAG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105029 TGACATCCCTCAGCCCCAGGGCTCGATCATTAACCCAGGTG...TAGGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCACAGGGTCTGCTCCCTGGGATGAGAAGGATAATGATGTGGATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105999 CCACAGGGTCTGCTCCCTGGGATGAGAAGGATAATGATGTGGATGAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GATGAGGAAGATGAGCTGGATCAGTCGCAGCACCATGTTCCCATCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106049 GATGAGGAAGATGAGCTGGATCAGTCGCAGCACCATGTTCCCATCCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACCTTCCCCTTCCTGAACATCAATG         GTTCTCCCATGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 106099 CACCTTCCCCTTCCTGAACATCAATGGTG...TAGGTTCTCCCATGGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAGCCAGTGTGGGCAATTGCAGTGTGGGCAACTGCAGCCCGGAGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109002 CAGCCAGTGTGGGCAATTGCAGTGTGGGCAACTGCAGCCCGGAGGCAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGCCCAAAACTGAACCCCTGGAGATGGAAGTACCCCAGGCACCTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109052 TGGCCCAAAACTGAACCCCTGGAGATGGAAGTACCCCAGGCACCTATACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCCCTTCTATAGCTCTCCAGAACTGTGGATCAGCTCTCTCCCAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109102 GCCCTTCTATAGCTCTCCAGAACTGTGGATCAGCTCTCTCCCAAGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668    TGACTGACCTGGACATCAAGTTTCAGTACCGTGGGAAGGAGTACGGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110524 CAGTGACTGACCTGGACATCAAGTTTCAGTACCGTGGGAAGGAGTACGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGACCATGACCGTGAGCAACCCTCAGGGCTGCCGACTCTTCTATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110574 CAGACCATGACCGTGAGCAACCCTCAGGGCTGCCGACTCTTCTATGGGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGGGTCCCATGCCTGACCAGGAGGAGCTCTTTGGTCCCGTCAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110624 CCTGGGTCCCATGCCTGACCAGGAGGAGCTCTTTGGTCCCGTCAGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGCAGGTCAAATTCCCAGGTCCTGAGCATATTACCAATGAGAAGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110674 AGCAGGTCAAATTCCCAGGTCCTGAGCATATTACCAATGAGAAGCAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGTTCACTAGCAAGCTGCTGGACGTCATGGACAGAGGACTGATCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110724 CTGTTCACTAGCAAGCTGCTGGACGTCATGGACAGAGGACTGATCCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GGTCAGCGGTCATGCCATTTATGCCATCAGGCTGTGCCAGTGCAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110774 GGTCAGCGGTCATGCCATTTATGCCATCAGGCTGTGCCAGTGCAAGGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACTGGTCTGGGCCATGTGCCCCATCACTTGTTGCTCCCAACCTGATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110824 ACTGGTCTGGGCCATGTGCCCCATCACTTGTTGCTCCCAACCTGATTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AGACAAAAGAAGGTCAAGCTATTTTGTCTGGAAACATTCCTTAGCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110874 AGACAAAAGAAGGTCAAGCTATTTTGTCTGGAAACATTCCTTAGCGGTA.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061      ATCTCATTGCCCACCAGAAAGGACAGATAGAGAAGCAGCCACCGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110924 ..CAGATCTCATTGCCCACCAGAAAGGACAGATAGAGAAGCAGCCACCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TTGAGATCTACTTATGCTTTGGGGAAGAATGGCCAGATGGGAAACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111674 TTGAGATCTACTTATGCTTTGGGGAAGAATGGCCAGATGGGAAACCATTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAAAGGAAACTCATCTTGGTTCAG         GTCATTCCAGTAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111724 GAAAGGAAACTCATCTTGGTTCAGGTG...CAGGTCATTCCAGTAGTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCGGATGATCTACGAGATGTTTTCTGGTGATTTCACACGATCCTTTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112787 TCGGATGATCTACGAGATGTTTTCTGGTGATTTCACACGATCCTTTGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 GTGGCAGTGTCCGCCTGCAGATCTCAACCCCAGACATCAAGGATAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112837 GTGGCAGTGTCCGCCTGCAGATCTCAACCCCAGACATCAAGGATAACATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTTGCTCAGCTGAAGCAGCTGTACCGCATCCTTCAAACCCAGGAGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112887 GTTGCTCAGCTGAAGCAGCTGTACCGCATCCTTCAAACCCAGGAGAGCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GCAGCCCATGCAGCCCACCCCCAGCATGCAACTGCCCCCTGCCCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112937 GCAGCCCATGCAGCCCACCCCCAGCATGCAACTGCCCCCTGCCCTGCCTC

   1450     .
   1397 CCCAG
        |||||
 112987 CCCAG