seq1 = pF1KB3509.tfa, 1098 bp
seq2 = pF1KB3509/gi568815583f_78055211.tfa (gi568815583f:78055211_78269002), 213792 bp

>pF1KB3509 1098
>gi568815583f:78055211_78269002 (Chr15)

1-27  (94194-94220)   100% ->
28-90  (100003-100065)   100% ->
91-174  (102338-102421)   100% ->
175-289  (104882-104996)   100% ->
290-477  (106371-106558)   100% ->
478-611  (107024-107157)   100% ->
612-714  (108297-108399)   100% ->
715-779  (108506-108570)   100% ->
780-864  (109782-109866)   100% ->
865-1017  (110940-111092)   100% ->
1018-1098  (113712-113792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGGCCCGCGTGGATCTCTAAG         GTCTCTCGGCTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  94194 ATGGCTGGGCCCGCGTGGATCTCTAAGGTG...TAGGTCTCTCGGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGGGGCATTCCACAACCCAAAACAGGTGACCAGAGGTTTTACTGGTGGT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100017 GGGGGCATTCCACAACCCAAAACAGGTGACCAGAGGTTTTACTGGTGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     91         GTTCAGACAGTAACTTTAATTCCAGGAGATGGTATTGGCCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 TG...CAGGTTCAGACAGTAACTTTAATTCCAGGAGATGGTATTGGCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAAATTTCAGCTGCAGTTATGAAGATTTTTGATGCTGCCAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102380 GAAATTTCAGCTGCAGTTATGAAGATTTTTGATGCTGCCAAAGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175  GCACCTATTCAGTGGGAGGAGCGGAACGTCACTGCCATTCAAGGACCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104881 GGCACCTATTCAGTGGGAGGAGCGGAACGTCACTGCCATTCAAGGACCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAGGAAAGTGGATGATCCCTTCAGAGGCTAAAGAGTCCATGGATAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104931 GAGGAAAGTGGATGATCCCTTCAGAGGCTAAAGAGTCCATGGATAAGAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGATGGGCTTGAAAG         GCCCTTTGAAGACCCCAATAGCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104981 AAGATGGGCTTGAAAGGTA...CAGGCCCTTTGAAGACCCCAATAGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGGTCACCCATCTATGAATTTACTGCTGCGCAAAACATTTGACCTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 CGGTCACCCATCTATGAATTTACTGCTGCGCAAAACATTTGACCTTTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CGAATGTCCGACCATGTGTCTCTATCGAAGGCTATAAAACCCCTTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 CGAATGTCCGACCATGTGTCTCTATCGAAGGCTATAAAACCCCTTACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATGTAAATATTGTGACCATTCGAGAGAACACAGAAGGAGAATACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 GATGTAAATATTGTGACCATTCGAGAGAACACAGAAGGAGAATACAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AATTGAGCATGTG         ATTGTTGATGGAGTCGTGCAGAGTATCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106546 AATTGAGCATGTGGTA...CAGATTGTTGATGGAGTCGTGCAGAGTATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCTCATCACCGAGGGGGCGAGCAAGCGCATTGCTGAGTTTGCCTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107052 AGCTCATCACCGAGGGGGCGAGCAAGCGCATTGCTGAGTTTGCCTTTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGCCCGGAACAACCACCGGAGCAACGTCACGGCGGTGCACAAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107102 TATGCCCGGAACAACCACCGGAGCAACGTCACGGCGGTGCACAAAGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCAT         GCGGATGTCAGATGGGCTTTTTCTACAAAAATGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107152 CATCATGTG...CAGGCGGATGTCAGATGGGCTTTTTCTACAAAAATGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGGAAGTTGCAGAAAGCTGTAAAGATATTAAATTTAATGAGATGTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108332 GGGAAGTTGCAGAAAGCTGTAAAGATATTAAATTTAATGAGATGTACCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATACAGTATGTTTGAAT         ATGGTACAAGATCCTTCCCAATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 108382 GATACAGTATGTTTGAATGTA...TAGATGGTACAAGATCCTTCCCAATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGATGTTCTTGTTATGCCAAATTTGTATGGAGACATCCTTAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108529 TGATGTTCTTGTTATGCCAAATTTGTATGGAGACATCCTTAGGTG...TA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780  TGACTTGTGTGCAGGATTGATCGGAGGTCTCGGTGTGACACCAAGTGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109781 GTGACTTGTGTGCAGGATTGATCGGAGGTCTCGGTGTGACACCAAGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AACATTGGAGCCAATGGGGTTGCAATTTTTGAGTCG         GTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109831 AACATTGGAGCCAATGGGGTTGCAATTTTTGAGTCGGTA...TAGGTTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGGGACGGCTCCAGACATTGCAGGCAAGGACATGGCGAATCCCACAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110945 TGGGACGGCTCCAGACATTGCAGGCAAGGACATGGCGAATCCCACAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCCTGCTCAGTGCCGTGATGATGCTGCGCCACATGGGACTTTTTGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110995 TCCTGCTCAGTGCCGTGATGATGCTGCGCCACATGGGACTTTTTGACCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCTGCAAGAATTGAGGCTGCGTGTTTTGCTACAATTAAGGACGGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 111045 GCTGCAAGAATTGAGGCTGCGTGTTTTGCTACAATTAAGGACGGAAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018        AGCTTGACAAAAGATTTGGGAGGCAATGCAAAATGCTCAGACT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111095 A...CAGAGCTTGACAAAAGATTTGGGAGGCAATGCAAAATGCTCAGACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1061 TCACAGAGGAAATCTGTCGCCGAGTAAAAGATTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113755 TCACAGAGGAAATCTGTCGCCGAGTAAAAGATTTAGAT