seq1 = pF1KB3508.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB3508/gi568815581r_51533476.tfa (gi568815581r:51533476_52257786), 724311 bp

>pF1KB3508 984
>gi568815581r:51533476_52257786 (Chr17)

(complement)

127-279  (326644-326797)   98% ->
280-465  (509969-510154)   100% ->
466-561  (604051-604146)   100% ->
562-634  (608533-608605)   100% ->
635-789  (621778-621932)   100% ->
790-964  (624137-624311)   100% ->
965-984  (626181-626200)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    127 TTTG TTCCAGTTCCTTCTTTCTGGGGATTGGTGAACTCAGCTTGGAATC
        ||||-||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326644 TTTGTTTCTAGTTCCTTCTTTCTGGGGATTGGTGAACTCAGCTTGGAATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    176 TTTGCTCTGTGGGGAAACGGCAGTCGCCAGTCAACATAGAGACCAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326694 TTTGCTCTGTGGGGAAACGGCAGTCGCCAGTCAACATAGAGACCAGTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226 ATGATCTTCGACCCCTTTCTGACACCTCTTCGCATCAACACGGGGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326744 ATGATCTTCGACCCCTTTCTGACACCTCTTCGCATCAACACGGGGGGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276 GAAG         GTCAGTGGGACCATGTACAACACTGGAAGACACGTAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 326794 GAAGGTA...CAGGTCAGTGGGACCATGTACAACACTGGAAGACACGTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    317 CCCTTCGCCTGGACAAGGAGCACTTGGTCAACATATCTGGAGGGCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 510006 CCCTTCGCCTGGACAAGGAGCACTTGGTCAACATATCTGGAGGGCCCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367 ACATACAGCCACCGGCTGGAGGAGATCCGACTACACTTTGGGAGTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 510056 ACATACAGCCACCGGCTGGAGGAGATCCGACTACACTTTGGGAGTGAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    417 CAGCCAAGGGTCGGAGCACCTCCTCAATGGACAGGCCTTCTCTGGGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 510106 CAGCCAAGGGTCGGAGCACCTCCTCAATGGACAGGCCTTCTCTGGGGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466         GTGCAGCTCATCCACTATAACCATGAGCTATATACGAATGTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 510156 TA...CAGGTGCAGCTCATCCACTATAACCATGAGCTATATACGAATGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508 ACAGAAGCTGCAAAGAGTCCAAATGGATTGGTGGTAGTTTCTATATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 604093 ACAGAAGCTGCAAAGAGTCCAAATGGATTGGTGGTAGTTTCTATATTTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    558 AAAA         GTTTCTGATTCATCAAACCCATTTCTTAATCGAATGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 604143 AAAAGTA...CAGGTTTCTGATTCATCAAACCCATTTCTTAATCGAATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599 TCAACAGAGATACTATCACAAGAATAACATATAAAA         ATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 608570 TCAACAGAGATACTATCACAAGAATAACATATAAAAGTA...TAGATGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640 GCATATTTACTACAGGGGCTTAATATAGAGGAACTATATCCAGAGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 621783 GCATATTTACTACAGGGGCTTAATATAGAGGAACTATATCCAGAGACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 TAGTTTCATCACTTACGATGGGTCGATGACTATCCCACCCTGCTATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 621833 TAGTTTCATCACTTACGATGGGTCGATGACTATCCCACCCTGCTATGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740 CAGCAAGTTGGATCATAATGAACAAACCTGTCTATATAACCAGGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 621883 CAGCAAGTTGGATCATAATGAACAAACCTGTCTATATAACCAGGATGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790          ATGCATTCCTTGCGCCTGCTCAGCCAGAACCAGCCATCTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 621933 GTG...CAGATGCATTCCTTGCGCCTGCTCAGCCAGAACCAGCCATCTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    831 GATCTTTCTGAGCATGAGTGACAACTTCAGGCCTGTCCAGCCACTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 624178 GATCTTTCTGAGCATGAGTGACAACTTCAGGCCTGTCCAGCCACTCAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    881 ACCGCTGCATCCGCACCAATATCAACTTCAGTTTACAGGGGAAGGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 624228 ACCGCTGCATCCGCACCAATATCAACTTCAGTTTACAGGGGAAGGACTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    931 CCAAACAACCGAGCCCAGAAGCTTCAGTATAGAG         TAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 624278 CCAAACAACCGAGCCCAGAAGCTTCAGTATAGAGGTG...CAGTAAATGA

    900     .    :
    972 ATGGCTCCTCAAG
        |||||||||||||
 626188 ATGGCTCCTCAAG