seq1 = pF1KB3501.tfa, 1140 bp
seq2 = pF1KB3501/gi568815580f_57252847.tfa (gi568815580f:57252847_57460274), 207428 bp

>pF1KB3501 1140
>gi568815580f:57252847_57460274 (Chr18)

1-179  (100001-100179)   100% ->
180-302  (101556-101678)   100% ->
303-860  (104067-104624)   100% ->
861-1140  (107149-107428)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAACTGCAAAATGGCCCGGGTCGCCAGTGTGCTGGGGCTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAACTGCAAAATGGCCCGGGTCGCCAGTGTGCTGGGGCTGGTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCAGCGTCGCCCTGCTGATTTTATCGCTCATCAGCTACGTGTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCAGCGTCGCCCTGCTGATTTTATCGCTCATCAGCTACGTGTCCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAAGGAGAACATCTTCACCACTCCCAAGTACGCCAGCCCGGGGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAAGGAGAACATCTTCACCACTCCCAAGTACGCCAGCCCGGGGGCGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGAATGTACATGTTCCACGCGGGATTCCG         GTCACAATTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100151 CGAATGTACATGTTCCACGCGGGATTCCGGTG...CAGGTCACAATTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTGAAGTTTCTAGACCCGTCATTCGTGCCCATTACGAATTCTCTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101568 GCTGAAGTTTCTAGACCCGTCATTCGTGCCCATTACGAATTCTCTCACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAACTCCAAGAGAAACCTTCTAAGTGGAAATTTAATCGGACAGCGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 AGGAACTCCAAGAGAAACCTTCTAAGTGGAAATTTAATCGGACAGCGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTACATCAAAG         GCAAGAAATTCTTCAGCATGTCGATGTAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101668 TTACATCAAAGGTA...TAGGCAAGAAATTCTTCAGCATGTCGATGTAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAAATTTTTCTTTGACCAAGAATAGTGTTCGGATTGGACAACTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104097 AAAAAATTTTTCTTTGACCAAGAATAGTGTTCGGATTGGACAACTGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTATGATTATTCCAGCCATAAATATGTTTTCTCTATTAGCAATAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104147 ACTATGATTATTCCAGCCATAAATATGTTTTCTCTATTAGCAATAACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGGTCACTTCTTCCAGATGTGTCACCCATTATGAACAAGCATTATAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104197 CGGTCACTTCTTCCAGATGTGTCACCCATTATGAACAAGCATTATAATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTGTGCTGTGGTTGGAAATAGTGGGATCCTGACAGGGAGCCAGTGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104247 TTGTGCTGTGGTTGGAAATAGTGGGATCCTGACAGGGAGCCAGTGTGGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGAAATAGATAAATCAGATTTTGTTTTCCGTTGCAATTTCGCCCCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104297 AAGAAATAGATAAATCAGATTTTGTTTTCCGTTGCAATTTCGCCCCTACG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGGCTTTCCAAAGAGATGTTGGAAGAAAAACCAATCTTACCACCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104347 GAGGCTTTCCAAAGAGATGTTGGAAGAAAAACCAATCTTACCACCTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCCAGCATCCTGGAAAAATATTACAACAATCTCTTGACTATTCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104397 CCCCAGCATCCTGGAAAAATATTACAACAATCTCTTGACTATTCAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTAACAACTTTTTCCTCAGTTTAAAAAAGCTTGACGGGGCCATTCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104447 GTAACAACTTTTTCCTCAGTTTAAAAAAGCTTGACGGGGCCATTCTTTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ATCCCTGCATTTTTCTTCCACACTTCAGCAACTGTGACCAGGACATTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104497 ATCCCTGCATTTTTCTTCCACACTTCAGCAACTGTGACCAGGACATTAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TGACTTTTTTGTTGAACACAGAGGTCAGTTAAAAGTCCAACTGGCTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104547 TGACTTTTTTGTTGAACACAGAGGTCAGTTAAAAGTCCAACTGGCTTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CGGGAAATATAATGCAACATGTCAACAG         GTACTGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104597 CGGGAAATATAATGCAACATGTCAACAGGTG...CAGGTACTGGAAAAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAACATTTGTCACCTAAACGGCTGAGCACAGGTATTCTTATGTACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107162 AAACATTTGTCACCTAAACGGCTGAGCACAGGTATTCTTATGTACACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGCATCAGCAATATGTGAAGAGATCCACTTGTATGGATTTTGGCCGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107212 TGCATCAGCAATATGTGAAGAGATCCACTTGTATGGATTTTGGCCGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GATTTGACCCCAACACAAGGGAAGATCTTCCATACCATTACTATGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107262 GATTTGACCCCAACACAAGGGAAGATCTTCCATACCATTACTATGACAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AAAGGAACCAAATTTACCACCAAGTGGCAGGAGTCCCACCAGCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107312 AAAGGAACCAAATTTACCACCAAGTGGCAGGAGTCCCACCAGCTGCCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGAGTTTCAGCTGCTGTACCGAATGCATGGGGAAGGGCTCACCAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107362 TGAGTTTCAGCTGCTGTACCGAATGCATGGGGAAGGGCTCACCAAGCTGA

   1150     .    :    .
   1124 CTCTGTCACACTGTGCC
        |||||||||||||||||
 107412 CTCTGTCACACTGTGCC