seq1 = pF1KB3492.tfa, 1191 bp
seq2 = pF1KB3492/gi568815592f_159662088.tfa (gi568815592f:159662088_159878826), 216739 bp

>pF1KB3492 1191
>gi568815592f:159662088_159878826 (Chr6)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-190  (100832-100966)   100% ->
191-372  (104918-105099)   100% ->
373-490  (106424-106541)   100% ->
491-634  (113083-113226)   99% ->
635-757  (114063-114185)   100% ->
758-912  (115215-115369)   99% ->
913-1023  (116083-116193)   100% ->
1024-1191  (116572-116739)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGCAGGCTCAGATCCTGTGGTCATCGTCTCGGCGGCGCGGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGCAGGCTCAGATCCTGTGGTCATCGTCTCGGCGGCGCGGACCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATAG         GTTCCTTCAATGGTGCCTTAGCTGCTGTTCCTGTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATAGGTG...TAGGTTCCTTCAATGGTGCCTTAGCTGCTGTTCCTGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGACCTGGGCTCCACTGTCATCAAAGAAGTCTTGAAGAGGGCCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100868 AGGACCTGGGCTCCACTGTCATCAAAGAAGTCTTGAAGAGGGCCACTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCGGAAGATGTGTCTGAGGTCATCTTTGGACATGTCTTGGCAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100918 GCTCCGGAAGATGTGTCTGAGGTCATCTTTGGACATGTCTTGGCAGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191         GCTGTGGGCAGAATCCTGTTAGACAAGCCAGTGTGGGTGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100968 TA...TAGGCTGTGGGCAGAATCCTGTTAGACAAGCCAGTGTGGGTGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAATTCCCTACTCTGTTCCAGCATGGAGCTGCCAGATGATCTGTGGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104960 GAATTCCCTACTCTGTTCCAGCATGGAGCTGCCAGATGATCTGTGGGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCCTAAAAGCTGTGTGCCTTGCAGTCCAGTCAATAGGGATAGGAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105010 GGCCTAAAAGCTGTGTGCCTTGCAGTCCAGTCAATAGGGATAGGAGACTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGCATTGTGGTTGCAGGAGGCATGGAAAATATGAGCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105060 CAGCATTGTGGTTGCAGGAGGCATGGAAAATATGAGCAAGGTA...TAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCCTCACTTGGCTTACTTGAGAACAGGAGTAAAGATAGGTGAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106425 CTCCTCACTTGGCTTACTTGAGAACAGGAGTAAAGATAGGTGAGATGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGACTGACAGTATACTCTGTGATGGTCTTACAGATGCATTTCACAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106475 CTGACTGACAGTATACTCTGTGATGGTCTTACAGATGCATTTCACAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCATATGGGTATTACAG         CTGAAAATGTAGCCAAAAAATGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106525 TCATATGGGTATTACAGGTA...CAGCTGAAAATGTAGCCAAAAAATGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGTGAGTAGAGAAGATCAGGACAAGGTTGCAGTTCTGTCCCAGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113107 AAGTGAGTAGAGAAGATCAGGACAAGGTTGCAGTTCTGTCCCAGAACAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACAGAGAATGCACAGAAAGCTGGCCATTTTGACAAAGAGATTGTACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113157 ACAGAGAATGCACAGAAAGCTGGCCATTTTGACAAAGAGATTGTACCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTTGGTGTCAACTAGAAGAG         GTCTTATTGAAGTTAAAACAG
        ||||||||||||||||| ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 113207 TTTGGTGTCAACTAGAAAAGGTG...TAGGTCTTATTGAAGTTAAAACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGAGTTTCCTCGCCATGGGAGCAACATAGAAGCCATGTCCAAGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114084 ATGAGTTTCCTCGCCATGGGAGCAACATAGAAGCCATGTCCAAGCTAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTTACTTTCTTACTGATGGAACGGGAACAGTCACCCCAGCCAATGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114134 CCTTACTTTCTTACTGATGGAACGGGAACAGTCACCCCAGCCAATGCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AG         GAATAAATGATGGTGCTGCAGCTGTCGTTCTTATGAAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114184 AGGTT...CAGGAATAAATGATGGTGCTGCAGCTGTCGTTCTTATGAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGTCAGAAGCTGATAAACGTGGACTTACACCTTTAGCACGGATAGTTTCC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 115254 AGTCAGAAGCTGATAAACGTGGGCTTACACCTTTAGCACGGATAGTTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGGTCCCAAGTGGGTGTGGAGCCTTCCATTATGGGAATAGGACCAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115304 TGGTCCCAAGTGGGTGTGGAGCCTTCCATTATGGGAATAGGACCAATTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCCATAAAGCAAGCT         GTTACAAAAGCAGGTTGGTCACTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115354 AGCCATAAAGCAAGCTGTG...TAGGTTACAAAAGCAGGTTGGTCACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAGATGTTGACATATTTGAAATCAATGAAGCCTTTGCAGCTGTCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116108 AAGATGTTGACATATTTGAAATCAATGAAGCCTTTGCAGCTGTCTCTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCAATAGTTAAAGAACTTGGATTAAACCCAGAGAAG         GTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116158 GCAATAGTTAAAGAACTTGGATTAAACCCAGAGAAGGTA...TAGGTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TATTGAAGGAGGGGCTATAGCCTTGGGCCACCCTCTTGGAGCATCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116577 TATTGAAGGAGGGGCTATAGCCTTGGGCCACCCTCTTGGAGCATCTGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTCGAATTCTTGTGACCCTGTTACACACACTGGAGAGAATGGGCAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116627 GTCGAATTCTTGTGACCCTGTTACACACACTGGAGAGAATGGGCAGAAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGTGGTGTTGCAGCCCTGTGCATTGGGGGTGGGATGGGAATAGCAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116677 CGTGGTGTTGCAGCCCTGTGCATTGGGGGTGGGATGGGAATAGCAATGTG

   1250     .    :
   1179 TGTTCAGAGAGAA
        |||||||||||||
 116727 TGTTCAGAGAGAA