seq1 = pF1KB3479.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KB3479/gi568815591f_116134532.tfa (gi568815591f:116134532_116357479), 222948 bp

>pF1KB3479 1263
>gi568815591f:116134532_116357479 (Chr7)

1-27  (76177-76203)   100% ->
28-113  (100003-100088)   100% ->
114-366  (114489-114741)   100% ->
367-702  (115630-115965)   100% ->
703-918  (117229-117444)   100% ->
919-1077  (117787-117945)   100% ->
1078-1263  (122763-122948)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTGGAAAACAAAGTGAAGAAG         ATGGGCTTAGGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  76177 ATGGACCTGGAAAACAAAGTGAAGAAGGTA...CAGATGGGCTTAGGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGAGCAAGGATTTGGAGCCCCTTGTTTAAAATGCAAAGAAAAATGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CGAGCAAGGATTTGGAGCCCCTTGTTTAAAATGCAAAGAAAAATGTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GATTCGAACTGCACTTCTGGAG         AAAAATATGTCGTAACTGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100067 GATTCGAACTGCACTTCTGGAGGTA...TAGAAAAATATGTCGTAACTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGTGTGGCCAAGAAGAGCATGATGTCCTCTTGAGCAATGAAGAGGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114508 AAGTGTGGCCAAGAAGAGCATGATGTCCTCTTGAGCAATGAAGAGGATCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAAAGTGGGAAAACTTTTTGAAGACACCAAGTATACCACTCTGATTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114558 AAAAGTGGGAAAACTTTTTGAAGACACCAAGTATACCACTCTGATTGCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACTAAAGTCAGATGGAATTCCCATGTATAAACGCAATGTTATGATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114608 AACTAAAGTCAGATGGAATTCCCATGTATAAACGCAATGTTATGATATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACGAATCCAGTTGCTGCCAAGAAGAATGTCTCCATCAATACAGTTACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114658 ACGAATCCAGTTGCTGCCAAGAAGAATGTCTCCATCAATACAGTTACCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGTGGGCTCCTCCTGTCCAGAATCAAGCATTG         GCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114708 TGAGTGGGCTCCTCCTGTCCAGAATCAAGCATTGGTA...CAGGCCAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTACATGCAGATGCTACCCAAGGAAAAGCAGCCAGTAGCAGGCTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115637 AGTACATGCAGATGCTACCCAAGGAAAAGCAGCCAGTAGCAGGCTCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGGGCACAGTACCGGAAGAAGCAGCTGGCAAAGCAGCTCCCTGCACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115687 GGGGCACAGTACCGGAAGAAGCAGCTGGCAAAGCAGCTCCCTGCACATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAGGACCCTTCAAAGTGCCATGAGTTGTCTCCCAGAGAGGTGAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115737 CCAGGACCCTTCAAAGTGCCATGAGTTGTCTCCCAGAGAGGTGAAGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGAGCAGTTTGTGAAGAAATATAAGAGCGAAGCTCTGGGAGTAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115787 TGGAGCAGTTTGTGAAGAAATATAAGAGCGAAGCTCTGGGAGTAGGAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCAAACTTCCCTGTGAGATGGATGCCCAAGGCCCCAAACAAATGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115837 GTCAAACTTCCCTGTGAGATGGATGCCCAAGGCCCCAAACAAATGAACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCCTGGAGGGGATAGAAGCACCCCAGCAGCAGTGGGGGCCATGGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115887 TCCTGGAGGGGATAGAAGCACCCCAGCAGCAGTGGGGGCCATGGAGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATCTGCTGAGCACAAAAGAACTCAATAT         TCCTGCTATTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115937 AATCTGCTGAGCACAAAAGAACTCAATATGTA...CAGTCCTGCTATTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGCAAACTGAGTATGAAAGAAGGTGACCCAGCCATCTATGCCGAAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117241 TGCAAACTGAGTATGAAAGAAGGTGACCCAGCCATCTATGCCGAAAGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGGCTATGATAAACTGTGGCACCCAGCTTGTTTTGTCTGCAGCACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117291 TGGCTATGATAAACTGTGGCACCCAGCTTGTTTTGTCTGCAGCACCTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGAACTCCTGGTTGACATGATTTATTTTTGGAAGAATGAGAAGCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117341 ATGAACTCCTGGTTGACATGATTTATTTTTGGAAGAATGAGAAGCTATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGTGGCAGACATTACTGTGACAGCGAGAAACCCCGATGTGCTGGCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117391 TGTGGCAGACATTACTGTGACAGCGAGAAACCCCGATGTGCTGGCTGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGAG         CTGATATTCAGCAATGAGTATACCCAGGCAGAAAACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117441 CGAGGTA...TAGCTGATATTCAGCAATGAGTATACCCAGGCAGAAAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGAATTGGCACCTGAAACACTTCTGCTGCTTTGACTGTGATAGCATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117824 AGAATTGGCACCTGAAACACTTCTGCTGCTTTGACTGTGATAGCATTCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCTGGGGAGATATACGTGATGGTCAATGACAAGCCCGTGTGCAAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117874 GCTGGGGAGATATACGTGATGGTCAATGACAAGCCCGTGTGCAAGCCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTATGTGAAGAATCACGCTGTG         GTGTGTCAAGGATGCCACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117924 CTATGTGAAGAATCACGCTGTGGTG...TAGGTGTGTCAAGGATGCCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ATGCCATCGACCCAGAAGTGCAGCGCGTGACCTATAACAATTTCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 122782 ATGCCATCGACCCAGAAGTGCAGCGGGTGACCTATAACAATTTCAGCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CATGCATCCACAGAGTGCTTTCTGTGCTCTTGCTGCAGCAAATGCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122832 CATGCATCCACAGAGTGCTTTCTGTGCTCTTGCTGCAGCAAATGCCTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGGCAGAAGTTCATGCCAGTAGAAGGGATGGTTTTCTGTTCAGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122882 TGGGCAGAAGTTCATGCCAGTAGAAGGGATGGTTTTCTGTTCAGTGGAAT

   1300     .    :    .
   1247 GTAAGAAGAGGATGTCT
        |||||||||||||||||
 122932 GTAAGAAGAGGATGTCT