seq1 = pF1KB3475.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KB3475/gi568815597r_42827044.tfa (gi568815597r:42827044_43043323), 216280 bp

>pF1KB3475 1476
>gi568815597r:42827044_43043323 (Chr1)

(complement)

1-18  (84673-84690)   100% ->
19-114  (100003-100098)   100% ->
115-275  (112118-112278)   100% ->
276-516  (112458-112698)   100% ->
517-679  (113289-113451)   100% ->
680-867  (113544-113731)   100% ->
868-972  (114010-114114)   99% ->
973-1074  (114291-114392)   99% ->
1075-1278  (115516-115719)   100% ->
1279-1476  (116083-116280)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCAGCAGCAAG         AAGCTGACGGGTCGCCTCATGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  84673 ATGGAGCCCAGCAGCAAGGTG...CAGAAGCTGACGGGTCGCCTCATGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCCGTGGGAGGAGCAGTGCTTGGCTCCCTGCAGTTTGGCTACAACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100026 GGCCGTGGGAGGAGCAGTGCTTGGCTCCCTGCAGTTTGGCTACAACACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGTCATCAATGCCCCCCAGAAG         GTGATCGAGGAGTTCTAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100076 GAGTCATCAATGCCCCCCAGAAGGTG...CAGGTGATCGAGGAGTTCTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACCAGACATGGGTCCACCGCTATGGGGAGAGCATCCTGCCCACCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112136 AACCAGACATGGGTCCACCGCTATGGGGAGAGCATCCTGCCCACCACGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACCACGCTCTGGTCCCTCTCAGTGGCCATCTTTTCTGTTGGGGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112186 CACCACGCTCTGGTCCCTCTCAGTGGCCATCTTTTCTGTTGGGGGCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGGCTCCTTCTCTGTGGGCCTTTTCGTTAACCGCTTTGGCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112236 TTGGCTCCTTCTCTGTGGGCCTTTTCGTTAACCGCTTTGGCCGGTA...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    276   GCGGAATTCAATGCTGATGATGAACCTGCTGGCCTTCGTGTCCGCCGT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112456 AGGCGGAATTCAATGCTGATGATGAACCTGCTGGCCTTCGTGTCCGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTCATGGGCTTCTCGAAACTGGGCAAGTCCTTTGAGATGCTGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112506 GCTCATGGGCTTCTCGAAACTGGGCAAGTCCTTTGAGATGCTGATCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCGCTTCATCATCGGTGTGTACTGCGGCCTGACCACAGGCTTCGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112556 GCCGCTTCATCATCGGTGTGTACTGCGGCCTGACCACAGGCTTCGTGCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGTATGTGGGTGAAGTGTCACCCACAGCCCTTCGTGGGGCCCTGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112606 ATGTATGTGGGTGAAGTGTCACCCACAGCCCTTCGTGGGGCCCTGGGCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGCACCAGCTGGGCATCGTCGTCGGCATCCTCATCGCCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112656 CCTGCACCAGCTGGGCATCGTCGTCGGCATCCTCATCGCCCAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   GTGTTCGGCCTGGACTCCATCATGGGCAACAAGGACCTGTGGCCCCTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113287 AGGTGTTCGGCCTGGACTCCATCATGGGCAACAAGGACCTGTGGCCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGCTGAGCATCATCTTCATCCCGGCCCTGCTGCAGTGCATCGTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113337 CTGCTGAGCATCATCTTCATCCCGGCCCTGCTGCAGTGCATCGTGCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTTCTGCCCCGAGAGTCCCCGCTTCCTGCTCATCAACCGCAACGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113387 CTTCTGCCCCGAGAGTCCCCGCTTCCTGCTCATCAACCGCAACGAGGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCGGGCCAAGAGTG         TGCTAAAGAAGCTGCGCGGGACAGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113437 ACCGGGCCAAGAGTGGTA...CAGTGCTAAAGAAGCTGCGCGGGACAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GACGTGACCCATGACCTGCAGGAGATGAAGGAAGAGAGTCGGCAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113570 GACGTGACCCATGACCTGCAGGAGATGAAGGAAGAGAGTCGGCAGATGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGGGAGAAGAAGGTCACCATCCTGGAGCTGTTCCGCTCCCCCGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113620 GCGGGAGAAGAAGGTCACCATCCTGGAGCTGTTCCGCTCCCCCGCCTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCAGCCCATCCTCATCGCTGTGGTGCTGCAGCTGTCCCAGCAGCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113670 GCCAGCCCATCCTCATCGCTGTGGTGCTGCAGCTGTCCCAGCAGCTGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCATCAACGCT         GTCTTCTATTACTCCACGAGCATCTTCGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113720 GGCATCAACGCTGTG...CAGGTCTTCTATTACTCCACGAGCATCTTCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAAGGCGGGGGTGCAGCAGCCTGTGTATGCCACCATTGGCTCCGGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114039 GAAGGCGGGGGTGCAGCAGCCTGTGTATGCCACCATTGGCTCCGGTATCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAACACGGCCTTCACTGTTGTGTCG         CTGTTTGTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||| ||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114089 TCAACACGGCCTTCACTGTCGTGTCGGTG...CAGCTGTTTGTGGTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGAGCAGGCCGGCGGACCCTGCATCTCATAGGCCTCGCTGGCATGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 114306 CGAGCAGGCCGGCGGACCCTGCACCTCATAGGCCTCGCTGGCATGGCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TTGTGCCATACTCATGACCATCGCGCTAGCACTGCTG         GAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114356 TTGTGCCATACTCATGACCATCGCGCTAGCACTGCTGGTG...CAGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCTACCCTGGATGTCCTATCTGAGCATCGTGGCCATCTTTGGCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115520 AGCTACCCTGGATGTCCTATCTGAGCATCGTGGCCATCTTTGGCTTTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCTTCTTTGAAGTGGGTCCTGGCCCCATCCCATGGTTCATCGTGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115570 GCCTTCTTTGAAGTGGGTCCTGGCCCCATCCCATGGTTCATCGTGGCTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ACTCTTCAGCCAGGGTCCACGTCCAGCTGCCATTGCCGTTGCAGGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115620 ACTCTTCAGCCAGGGTCCACGTCCAGCTGCCATTGCCGTTGCAGGCTTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCAACTGGACCTCAAATTTCATTGTGGGCATGTGCTTCCAGTATGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115670 CCAACTGGACCTCAAATTTCATTGTGGGCATGTGCTTCCAGTATGTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279          CAACTGTGTGGTCCCTACGTCTTCATCATCTTCACTGTGCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115720 GTG...CAGCAACTGTGTGGTCCCTACGTCTTCATCATCTTCACTGTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTGGTTCTGTTCTTCATCTTCACCTACTTCAAAGTTCCTGAGACTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116124 CCTGGTTCTGTTCTTCATCTTCACCTACTTCAAAGTTCCTGAGACTAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCCGGACCTTCGATGAGATCGCTTCCGGCTTCCGGCAGGGGGGAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116174 GCCGGACCTTCGATGAGATCGCTTCCGGCTTCCGGCAGGGGGGAGCCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAAAGTGACAAGACACCCGAGGAGCTGTTCCATCCCCTGGGGGCTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116224 CAAAGTGACAAGACACCCGAGGAGCTGTTCCATCCCCTGGGGGCTGATTC

   1550     .
   1470 CCAAGTG
        |||||||
 116274 CCAAGTG