seq1 = pF1KB3473.tfa, 1491 bp
seq2 = pF1KB3473/gi568815583f_99533120.tfa (gi568815583f:99533120_99812768), 279649 bp

>pF1KB3473 1491
>gi568815583f:99533120_99812768 (Chr15)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-258  (112442-112645)   100% ->
259-390  (138204-138335)   100% ->
391-610  (141274-141493)   100% ->
611-670  (142280-142339)   100% ->
671-858  (157122-157309)   100% ->
859-985  (173610-173736)   98% ->
986-1112  (177515-177641)   100% ->
1113-1491  (179271-179649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCGGAAGAAAATACAAATCACACGCATAATGGATGAAAGGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCGGAAGAAAATACAAATCACACGCATAATGGATGAAAGGAACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAG         GTCACTTTTACAAAGAGAAAGTTTGGATTAATGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGGTA...TAGGTCACTTTTACAAAGAGAAAGTTTGGATTAATGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCCTATGAACTTAGTGTGCTCTGTGACTGTGAAATAGCACTCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112479 AAGCCTATGAACTTAGTGTGCTCTGTGACTGTGAAATAGCACTCATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAACAGCTCTAACAAACTGTTTCAATATGCTAGCACTGATATGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112529 TTCAACAGCTCTAACAAACTGTTTCAATATGCTAGCACTGATATGGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTCTTCTCAAGTATACAGAATATAATGAACCTCATGAAAGCAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112579 AGTTCTTCTCAAGTATACAGAATATAATGAACCTCATGAAAGCAGAACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTCGGATATTGTTGAG         ACTTTAAGAAAGAAAGGCCTTAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112629 ACTCGGATATTGTTGAGGTA...CAGACTTTAAGAAAGAAAGGCCTTAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTTGTGAGAGCCCTGATGCTGACGATTACTTTGAGCACAGTCCACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138228 GGTTGTGAGAGCCCTGATGCTGACGATTACTTTGAGCACAGTCCACTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGGACAGATTCAGCAAACTAAATGAAGATAGTGATTTTATTTTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138278 GGAGGACAGATTCAGCAAACTAAATGAAGATAGTGATTTTATTTTCAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGGCCCT         CCTGGTCTGCCACCTCAGAACTTTTCAATGTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 138328 GAGGCCCTGTA...CAGCCTGGTCTGCCACCTCAGAACTTTTCAATGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTCACAGTTCCAGTGACCAGCCCCAATGCTTTGTCCTACACTAACCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141307 GTCACAGTTCCAGTGACCAGCCCCAATGCTTTGTCCTACACTAACCCAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGTTCACTGGTGTCCCCATCTTTGGCAGCCAGCTCAACGTTAACAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141357 GAGTTCACTGGTGTCCCCATCTTTGGCAGCCAGCTCAACGTTAACAGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAGCATGCTCTCTCCACCTCAAACCACATTACATAGAAATGTGTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141407 CAAGCATGCTCTCTCCACCTCAAACCACATTACATAGAAATGTGTCTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGAGCTCCTCAGAGACCACCAAGTACTGGCAATGCAG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 141457 GGAGCTCCTCAGAGACCACCAAGTACTGGCAATGCAGGTA...TAGGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATGTTGAGCACTACAGACCTCACAGTGCCAAATGGAGCTGGAAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142284 GATGTTGAGCACTACAGACCTCACAGTGCCAAATGGAGCTGGAAGCAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGTGG         GGAATGGATTTGTAAACTCAAGAGCTTCTCCAAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142334 CAGTGGGTG...CAGGGAATGGATTTGTAAACTCAAGAGCTTCTCCAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTGATTGGAGCTACTGGTGCAAATAGCTTAGGCAAAGTCATGCCTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157157 TTGATTGGAGCTACTGGTGCAAATAGCTTAGGCAAAGTCATGCCTACAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTCTCCCCCTCCACCAGGTGGTGGTAATCTTGGAATGAACAGTAGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157207 GTCTCCCCCTCCACCAGGTGGTGGTAATCTTGGAATGAACAGTAGGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGATCTTCGAGTTGTCATCCCCCCTTCAAGCAAGGGCATGATGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157257 CAGATCTTCGAGTTGTCATCCCCCCTTCAAGCAAGGGCATGATGCCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTA         AACACCCAAAGGATCAGTAGTTCTCAAGCCACTCAACC
        |||>>>...>>>|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 157307 CTAGTA...CAGAATACCCAGAGGATCAGTAGTTCTCAAGCCACTCAACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCTTGCTACCCCAGTCGTGTCTGTGACAACCCCAAGCTTGCCTCCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173648 TCTTGCTACCCCAGTCGTGTCTGTGACAACCCCAAGCTTGCCTCCGCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GACTTGTGTACTCAGCAATGCCGACTGCCTACAACACTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 173698 GACTTGTGTACTCAGCAATGCCGACTGCCTACAACACTGGTG...TAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATTCACTGACCAGCGCTGACCTGTCAGCCCTTCAAGGCTTCAACTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177517 TATTCACTGACCAGCGCTGACCTGTCAGCCCTTCAAGGCTTCAACTCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGGAATGCTGTCGCTGGGACAGGTGTCGGCCTGGCAGCAGCACCACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177567 AGGAATGCTGTCGCTGGGACAGGTGTCGGCCTGGCAGCAGCACCACCTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GACAAGCAGCCCTCAGCTCTCTTGT         TGCTGGAGGGCAGTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 177617 GACAAGCAGCCCTCAGCTCTCTTGTGTG...CAGTGCTGGAGGGCAGTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCTCAGGGTTCCAATTTATCCATTAATACCAACCAAAACATCAGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179287 TCTCAGGGTTCCAATTTATCCATTAATACCAACCAAAACATCAGCATCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GTCCGAACCGATTTCACCTCCTCGGGATCGTATGACCCCATCGGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179337 GTCCGAACCGATTTCACCTCCTCGGGATCGTATGACCCCATCGGGCTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCCGCCACCACCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179387 AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCCGCCACCACCGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CCCCAGCCACAACCCCCGCAGCCCCAGCCCCGACAGGAAATGGGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179437 CCCCAGCCACAACCCCCGCAGCCCCAGCCCCGACAGGAAATGGGGCGCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCCTGTGGACAGTCTGAGCAGCTCTAGTAGCTCCTATGATGGCAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179487 CCCTGTGGACAGTCTGAGCAGCTCTAGTAGCTCCTATGATGGCAGTGATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGGAGGATCCACGGGGCGACTTCCATTCTCCAATTGTGCTTGGCCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179537 GGGAGGATCCACGGGGCGACTTCCATTCTCCAATTGTGCTTGGCCGACCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCAAACACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTCTGTAAAGCGAATGAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179587 CCAAACACTGAGGACAGAGAAAGCCCTTCTGTAAAGCGAATGAGGATGGA

   1550     .    :
   1479 CGCGTGGGTGACC
        |||||||||||||
 179637 CGCGTGGGTGACC