seq1 = pF1KB3472.tfa, 2349 bp
seq2 = pF1KB3472/gi568815588f_68856226.tfa (gi568815588f:68856226_69082809), 226584 bp

>pF1KB3472 2349
>gi568815588f:68856226_69082809 (Chr10)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-531  (103581-104024)   100% ->
532-607  (105857-105932)   100% ->
608-786  (107066-107244)   100% ->
787-904  (109152-109269)   100% ->
905-1090  (110793-110978)   100% ->
1091-1236  (112751-112896)   100% ->
1237-1386  (113976-114125)   100% ->
1387-1548  (115666-115827)   100% ->
1549-1668  (117320-117439)   100% ->
1669-1742  (118445-118518)   100% ->
1743-1902  (121304-121463)   100% ->
1903-2037  (122617-122751)   100% ->
2038-2082  (125312-125356)   100% ->
2083-2349  (126318-126584)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGGAAAACTCCGTAGTGACGCTGGTTTGGAATCAGACACCGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGGAAAACTCCGTAGTGACGCTGGTTTGGAATCAGACACCGCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAAAGGGGAGACACTGCGAAAGCAAACCGAGGAG         AAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GAAAAAAGGGGAGACACTGCGAAAGCAAACCGAGGAGGTG...TAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAAAAAGAGAAGCCAAAATCTGATAAGACTGAAGAGATAGCAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103585 AGAAAAAAGAGAAGCCAAAATCTGATAAGACTGAAGAGATAGCAGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAAACTGTTTTCCCCAAAGCTAAACAAGTTAAAAAGAAAGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103635 GAAGAAACTGTTTTCCCCAAAGCTAAACAAGTTAAAAAGAAAGCAGAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTCTGAAGTTGACATGAATTCTCCTAAATCCAAAAAGGCAAAAAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103685 TTCTGAAGTTGACATGAATTCTCCTAAATCCAAAAAGGCAAAAAAGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGCCATCTCAAAATGACATTTCTCCTAAAACCAAAAGTTTGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103735 AGGAGCCATCTCAAAATGACATTTCTCCTAAAACCAAAAGTTTGAGAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAAAGGAGCCCATTGAAAAGAAAGTGGTTTCTTCTAAAACCAAAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103785 AAAAAGGAGCCCATTGAAAAGAAAGTGGTTTCTTCTAAAACCAAAAAAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GACAAAAAATGAGGAGCCTTCTGAGGAAGAAATAGATGCTCCTAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103835 GACAAAAAATGAGGAGCCTTCTGAGGAAGAAATAGATGCTCCTAAGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAAGATGAAGAAAGAAAAGGAAATGAATGGAGAAACTAGAGAGAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103885 AGAAGATGAAGAAAGAAAAGGAAATGAATGGAGAAACTAGAGAGAAAAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCAAACTGAAGAATGGATTTCCTCATCCTGAACCGGACTGTAACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103935 CCCAAACTGAAGAATGGATTTCCTCATCCTGAACCGGACTGTAACCCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAAGCTGCCAGTGAAGAAAGTAACAGTGAGATAGAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103985 TGAAGCTGCCAGTGAAGAAAGTAACAGTGAGATAGAGCAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAATACCTGTGGAACAAAAAGAAGGCGCTTTCTCTAATTTTCCCATATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105858 AAATACCTGTGGAACAAAAAGAAGGCGCTTTCTCTAATTTTCCCATATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGAAACTATTAAACTTCTCAAAG         GCCGAGGAGTGACCTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105908 GAAGAAACTATTAAACTTCTCAAAGGTA...TAGGCCGAGGAGTGACCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTATTTCCTATACAAGCAAAGACATTCCATCATGTTTACAGCGGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107082 CCTATTTCCTATACAAGCAAAGACATTCCATCATGTTTACAGCGGGAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACTTAATTGCACAGGCACGGACAGGAACTGGGAAGACATTCTCCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107132 ACTTAATTGCACAGGCACGGACAGGAACTGGGAAGACATTCTCCTTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCCCTTTGATTGAGAAACTTCATGGGGAACTGCAAGACAGGAAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107182 ATCCCTTTGATTGAGAAACTTCATGGGGAACTGCAAGACAGGAAGAGAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCGTGCCCCTCAG         GTACTGGTTCTTGCACCTACAAGAGAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107232 CCGTGCCCCTCAGGTA...CAGGTACTGGTTCTTGCACCTACAAGAGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGCAAATCAAGTAAGCAAAGACTTCAGTGACATCACAAAAAAGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109180 TGGCAAATCAAGTAAGCAAAGACTTCAGTGACATCACAAAAAAGCTGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGGCTTGTTTTTATGGTGGAACTCCCTATGGAGGTCAAT         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109230 GTGGCTTGTTTTTATGGTGGAACTCCCTATGGAGGTCAATGTG...TAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGAACGCATGAGGAATGGGATTGATATCCTGGTTGGAACACCAGGTCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110794 TGAACGCATGAGGAATGGGATTGATATCCTGGTTGGAACACCAGGTCGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCAAAGACCACATACAGAATGGCAAACTAGATCTCACCAAACTTAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110844 TCAAAGACCACATACAGAATGGCAAACTAGATCTCACCAAACTTAAGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GTTGTCCTGGATGAAGTGGACCAGATGTTGGATATGGGATTTGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110894 GTTGTCCTGGATGAAGTGGACCAGATGTTGGATATGGGATTTGCTGATCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGTGGAAGAGATTTTAAGTGTGGCATACAAGAAAG         ATTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110944 AGTGGAAGAGATTTTAAGTGTGGCATACAAGAAAGGTA...AAGATTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAGACAATCCCCAAACATTGCTTTTTTCTGCAACTTGCCCTCATTGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112757 AAGACAATCCCCAAACATTGCTTTTTTCTGCAACTTGCCCTCATTGGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTTAATGTTGCCAAGAAATACATGAAATCTACATATGAACAGGTGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112807 TTTAATGTTGCCAAGAAATACATGAAATCTACATATGAACAGGTGGACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GATTGGTAAAAAGACTCAGAAAACGGCAATAACTGTGGAG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112857 GATTGGTAAAAAGACTCAGAAAACGGCAATAACTGTGGAGGTA...AAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ATCTGGCTATTAAGTGCCACTGGACTCAGAGGGCAGCAGTTATTGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113977 ATCTGGCTATTAAGTGCCACTGGACTCAGAGGGCAGCAGTTATTGGGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTCATCCGAGTATATAGTGGTCATCAAGGACGCACTATCATCTTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114027 GTCATCCGAGTATATAGTGGTCATCAAGGACGCACTATCATCTTTTGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AACCAAGAAAGAAGCCCAGGAGCTGTCCCAGAATTCAGCTATAAAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 114077 AACCAAGAAAGAAGCCCAGGAGCTGTCCCAGAATTCAGCTATAAAGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1387         GATGCTCAGTCCTTGCATGGAGACATTCCACAGAAGCAAAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114127 TT...CAGGATGCTCAGTCCTTGCATGGAGACATTCCACAGAAGCAAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAAATCACCCTGAAAGGTTTTAGAAATGGTAGTTTTGGAGTTTTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115708 GAAATCACCCTGAAAGGTTTTAGAAATGGTAGTTTTGGAGTTTTGGTGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AACCAATGTTGCTGCACGTGGGTTAGACATCCCTGAGGTTGATTTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115758 AACCAATGTTGCTGCACGTGGGTTAGACATCCCTGAGGTTGATTTGGTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TACAAAGCTCTCCACCAAAG         GATGTAGAGTCCTACATTCAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115808 TACAAAGCTCTCCACCAAAGGTA...TAGGATGTAGAGTCCTACATTCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CGATCCGGGCGGACAGGCAGAGCTGGAAGGACGGGGGTGTGCATCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117341 CGATCCGGGCGGACAGGCAGAGCTGGAAGGACGGGGGTGTGCATCTGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TTATCAGCACAAGGAAGAATATCAGTTAGTACAAGTGGAGCAAAAAGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117391 TTATCAGCACAAGGAAGAATATCAGTTAGTACAAGTGGAGCAAAAAGCGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1669         GGAATTAAGTTCAAACGAATAGGTGTTCCTTCTGCAACAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117441 TA...TAGGGAATTAAGTTCAAACGAATAGGTGTTCCTTCTGCAACAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ATAATAAAAGCTTCCAGCAAAGATGCCATCAG         GCTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118487 ATAATAAAAGCTTCCAGCAAAGATGCCATCAGGTA...CAGGCTTTTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TTCCGTGCCTCCCACTGCCATTAGTCACTTCAAACAATCAGCTGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121313 TTCCGTGCCTCCCACTGCCATTAGTCACTTCAAACAATCAGCTGAGAAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TGATAGAGGAGAAGGGAGCTGTGGAAGCTCTGGCAGCAGCACTGGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121363 TGATAGAGGAGAAGGGAGCTGTGGAAGCTCTGGCAGCAGCACTGGCCCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 ATTTCAGGTGCCACGTCCGTAGACCAGCGCTCCTTGATCAACTCAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121413 ATTTCAGGTGCCACGTCCGTAGACCAGCGCTCCTTGATCAACTCAAATGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 G         GGTTTTGTGACCATGATCTTGCAGTGCTCAATTGAAATGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121463 GGTA...AAGGGTTTTGTGACCATGATCTTGCAGTGCTCAATTGAAATGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CAAATATTAGTTATGCTTGGAAAGAACTTAAAGAGCAGCTGGGCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122657 CAAATATTAGTTATGCTTGGAAAGAACTTAAAGAGCAGCTGGGCGAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 ATTGATTCCAAAGTGAAGGGAATGGTTTTTCTCAAAGGAAAGCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122707 ATTGATTCCAAAGTGAAGGGAATGGTTTTTCTCAAAGGAAAGCTGGTA..

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038     GGTGTTTGCTTTGATGTACCTACCGCATCAGTAACAGAAATACAG 
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122757 .TAGGGTGTTTGCTTTGATGTACCTACCGCATCAGTAACAGAAATACAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083         GAGAAATGGCATGATTCACGACGCTGGCAGCTCTCTGTGGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125358 TA...CAGGAGAAATGGCATGATTCACGACGCTGGCAGCTCTCTGTGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 ACAGAGCAACCAGAACTGGAAGGACCACGGGAAGGATATGGAGGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126360 ACAGAGCAACCAGAACTGGAAGGACCACGGGAAGGATATGGAGGCTTCAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GGGACAGCGGGAAGGCAGTCGAGGCTTCAGGGGACAGCGGGACGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126410 GGGACAGCGGGAAGGCAGTCGAGGCTTCAGGGGACAGCGGGACGGAAACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 GAAGATTCAGAGGACAGCGGGAAGGCAGTAGAGGCCCGAGAGGACAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126460 GAAGATTCAGAGGACAGCGGGAAGGCAGTAGAGGCCCGAGAGGACAGCGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 TCAGGAGGTGGCAACAAAAGTAACAGATCCCAAAACAAAGGCCAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126510 TCAGGAGGTGGCAACAAAAGTAACAGATCCCAAAACAAAGGCCAGAAGCG

   2450     .    :    .    :    .
   2325 GAGTTTCAGTAAAGCATTTGGTCAA
        |||||||||||||||||||||||||
 126560 GAGTTTCAGTAAAGCATTTGGTCAA