seq1 = pF1KB3471.tfa, 1602 bp
seq2 = pF1KB3471/gi568815587r_64754336.tfa (gi568815587r:64754336_64978464), 224129 bp

>pF1KB3471 1602
>gi568815587r:64754336_64978464 (Chr11)

(complement)

1-404  (100001-100404)   99% ->
405-502  (103947-104044)   100% ->
503-915  (118129-118541)   100% ->
916-1080  (122979-123143)   99% ->
1081-1602  (123608-124129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCAGCTGGGTCAGCAAGGATGCCCGCCGCAAGAAGGAGCCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCAGCTGGGTCAGCAAGGATGCCCGCCGCAAGAAGGAGCCGGAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCAGACGGTGGCCGAGGGGCTGCGGCAGCTGTACGCGCAGAAGCTGC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCAGACGGTGGCTGAGGGGCTGCGGCAGCTGTACGCGCAGAAGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACCCCTGGAGGAGCACTACCGCTTCCACGAGTTCCACTCGCCCGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TACCCCTGGAGGAGCACTACCGCTTCCACGAGTTCCACTCGCCCGCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGACGCTGACTTCGACAACAAGCCTATGGTGCTCCTCGTGGGGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGACGCTGACTTCGACAACAAGCCTATGGTGCTCCTCGTGGGGCAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCACGGGCAAGACCACCTTCATCCGACACCTGATCGAGCAGGACTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCACGGGCAAGACCACCTTCATCCGACACCTGATCGAGCAGGACTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGGATGCGCATCGGGCCCGAGCCCACCACCGACTCCTTCATCGCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGGGATGCGCATCGGGCCCGAGCCCACCACCGACTCCTTCATCGCCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGCACGGCCCCACTGAGGGCGTGGTGCCGGGCAACGCGCTCGTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGCACGGCCCCACTGAGGGCGTGGTGCCGGGCAACGCGCTCGTGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCCGCGGCGCCCCTTCCGCAAGCTCAACGCGTTTGGCAACGCTTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCCGCGGCGCCCCTTCCGCAAGCTCAACGCGTTTGGCAACGCTTTCCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAG         GTTCATGTGTGCCCAGCTGCCCAACCCCGTCCTGGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACAGGTA...TAGGTTCATGTGTGCCCAGCTGCCCAACCCCGTCCTGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCATCAGCATCATCGACACCCCCGGGATCCTGTCTGGAGAGAAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103984 AGCATCAGCATCATCGACACCCCCGGGATCCTGTCTGGAGAGAAGCAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GATCAGCAGAG         GCTATGACTTTGCAGCCGTCCTGGAGTGGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104034 GATCAGCAGAGGTA...CAGGCTATGACTTTGCAGCCGTCCTGGAGTGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGCGGAGCGTGTGGACCGCATCATCCTGCTCTTCGACGCCCACAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118159 TCGCGGAGCGTGTGGACCGCATCATCCTGCTCTTCGACGCCCACAAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GACATCTCCGATGAGTTCTCGGAAGTGATCAAGGCTCTGAAGAACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118209 GACATCTCCGATGAGTTCTCGGAAGTGATCAAGGCTCTGAAGAACCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGACAAGATCCGCGTGGTGCTGAACAAGGCAGACCAGATCGAGACGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118259 GGACAAGATCCGCGTGGTGCTGAACAAGGCAGACCAGATCGAGACGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGCTGATGCGGGTGTACGGGGCCCTCATGTGGTCCCTGGGCAAGATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118309 AGCTGATGCGGGTGTACGGGGCCCTCATGTGGTCCCTGGGCAAGATCATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AACACCCCCGAGGTGGTCAGGGTCTACATCGGCTCCTTCTGGTCCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118359 AACACCCCCGAGGTGGTCAGGGTCTACATCGGCTCCTTCTGGTCCCACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTCCTCATCCCCGACAACCGCAAGCTCTTTGAGGCCGAGGAGCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118409 GCTCCTCATCCCCGACAACCGCAAGCTCTTTGAGGCCGAGGAGCAGGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCTTCAAGGACATCCAGTCACTGCCCCGAAACGCCGCCCTCAGGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118459 TCTTCAAGGACATCCAGTCACTGCCCCGAAACGCCGCCCTCAGGAAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AATGACCTGATCAAGCGGGCACGGCTGGCCAAG         GTTCACGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 118509 AATGACCTGATCAAGCGGGCACGGCTGGCCAAGGTA...CAGGTTCACGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTACATCATCAGCTCCCTCAAGAAAGAGATGCCCAATGTCTTTGGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122987 CTACATCATCAGCTCCCTCAAGAAAGAGATGCCCAATGTCTTTGGTAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGAGCAAAAAGAAAGAGCTGGTGAACAACCTGGGAGAGATCTACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 123037 AGAGCAAAAAGAAAGAGCTGGTGAACAACCTCGGAGAGATCTACCAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATTGAGCGCGAGCACCAGATCTCCCCTGGGGACTTCCCGAGCCTCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123087 ATTGAGCGCGAGCACCAGATCTCCCCTGGGGACTTCCCGAGCCTCCGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GATGCAG         GAACTCCTGCAGACCCAGGACTTCAGCAAGTTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123137 GATGCAGGTA...CAGGAACTCCTGCAGACCCAGGACTTCAGCAAGTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGGCGCTGAAGCCCAAGCTGCTGGACACGGTGGATGACATGCTGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123642 AGGCGCTGAAGCCCAAGCTGCTGGACACGGTGGATGACATGCTGGCCAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GACATCGCGCGGCTGATGGTGATGGTGCGGCAGGAGGAGTCCCTGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123692 GACATCGCGCGGCTGATGGTGATGGTGCGGCAGGAGGAGTCCCTGATGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TTCCCAGGTGGTCAAGGGCGGCGCCTTTGACGGCACCATGAACGGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123742 TTCCCAGGTGGTCAAGGGCGGCGCCTTTGACGGCACCATGAACGGGCCGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TCGGGCACGGCTACGGCGAGGGGGCCGGCGAGGGCATCGACGACGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123792 TCGGGCACGGCTACGGCGAGGGGGCCGGCGAGGGCATCGACGACGTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TGGGTGGTGGGCAAGGACAAGCCCACCTACGACGAGATCTTCTACACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123842 TGGGTGGTGGGCAAGGACAAGCCCACCTACGACGAGATCTTCTACACGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GTCCCCTGTCAACGGCAAGATCACGGGCGCCAACGCCAAGAAGGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123892 GTCCCCTGTCAACGGCAAGATCACGGGCGCCAACGCCAAGAAGGAGATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGAAGTCCAAGCTCCCCAACACCGTGCTAGGGAAGATCTGGAAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123942 TGAAGTCCAAGCTCCCCAACACCGTGCTAGGGAAGATCTGGAAGCTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GACGTGGACAAGGACGGGCTGCTGGACGACGAGGAGTTCGCGCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123992 GACGTGGACAAGGACGGGCTGCTGGACGACGAGGAGTTCGCGCTGGCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCACCTCATCAAGGTCAAGCTGGAGGGCCACGAGCTGCCCGCCGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124042 CCACCTCATCAAGGTCAAGCTGGAGGGCCACGAGCTGCCCGCCGACCTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1565 CCCCGCACCTGGTGCCGCCCTCCAAGCGCAGACATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124092 CCCCGCACCTGGTGCCGCCCTCCAAGCGCAGACATGAG