seq1 = pF1KB3466.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KB3466/gi568815575f_65616817.tfa (gi568815575f:65616817_65839890), 223074 bp

>pF1KB3466 1731
>gi568815575f:65616817_65839890 (ChrX)

5-96  (99997-100085)   95% ->
97-192  (110998-111093)   100% ->
193-467  (112622-112896)   100% ->
468-551  (114291-114374)   100% ->
552-698  (115022-115168)   100% ->
699-795  (116368-116464)   100% ->
796-959  (118451-118614)   100% ->
960-1090  (119979-120109)   100% ->
1091-1251  (120362-120522)   100% ->
1252-1344  (121709-121801)   100% ->
1345-1569  (122154-122378)   100% ->
1570-1731  (122913-123074)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      5 CCAAAACGATCAGTGTGCGTGTGACCACCATGGATGCAGAGCTGGAGTTT
        || --|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CCT  A GATCAGTGTGCGTGTGACCACCATGGATGCAGAGCTGGAGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     55 GCCATCCAGCCCAACACCACCGGGAAGCAGCTATTTGACCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100044 GCCATCCAGCCCAACACCACCGGGAAGCAGCTATTTGACCAGGTA...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97  GTGGTGAAAACTATTGGCTTGAGGGAAGTTTGGTTCTTTGGTCTGCAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110997 GGTGGTGAAAACTATTGGCTTGAGGGAAGTTTGGTTCTTTGGTCTGCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146 ACCAGGACACTAAAGGTTTCTCCACCTGGCTGAAACTCAATAAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111047 ACCAGGACACTAAAGGTTTCTCCACCTGGCTGAAACTCAATAAGAAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193       GTGACTGCCCAGGATGTGCGGAAGGAAAGCCCCCTGCTCTTTAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111097 ...CAGGTGACTGCCCAGGATGTGCGGAAGGAAAGCCCCCTGCTCTTTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    237 GTTCCGTGCCAAGTTCTACCCTGAGGATGTGTCCGAGGAATTGATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112666 GTTCCGTGCCAAGTTCTACCCTGAGGATGTGTCCGAGGAATTGATTCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287 ACATCACTCAGCGCCTGTTCTTTCTGCAAGTGAAAGAGGGCATTCTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112716 ACATCACTCAGCGCCTGTTCTTTCTGCAAGTGAAAGAGGGCATTCTCAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337 GATGATATTTACTGCCCGCCTGAGACCGCTGTGCTGCTGGCCTCGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112766 GATGATATTTACTGCCCGCCTGAGACCGCTGTGCTGCTGGCCTCGTATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    387 TGTCCAGTCTAAGTATGGCGACTTCAATAAGGAAGTGCATAAGTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112816 TGTCCAGTCTAAGTATGGCGACTTCAATAAGGAAGTGCATAAGTCTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    437 ACCTGGCCGGAGACAAGTTGCTCCCGCAGAG         AGTCCTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112866 ACCTGGCCGGAGACAAGTTGCTCCCGCAGAGGTG...CAGAGTCCTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    478 CAGCACAAACTCAACAAGGACCAGTGGGAGGAGCGGATCCAGGTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114301 CAGCACAAACTCAACAAGGACCAGTGGGAGGAGCGGATCCAGGTGTGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    528 TGAGGAACACCGTGGCATGCTCAG         GGAGGATGCTGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114351 TGAGGAACACCGTGGCATGCTCAGGTA...TAGGGAGGATGCTGTCCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    569 AATATCTGAAGATTGCTCAAGATCTGGAGATGTATGGTGTGAACTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115039 AATATCTGAAGATTGCTCAAGATCTGGAGATGTATGGTGTGAACTACTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619 AGCATCAAGAACAAGAAAGGCTCAGAGCTGTGGCTGGGGGTGGATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115089 AGCATCAAGAACAAGAAAGGCTCAGAGCTGTGGCTGGGGGTGGATGCCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    669 GGGTCTCAACATCTATGAGCAGAATGACAG         ACTAACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 115139 GGGTCTCAACATCTATGAGCAGAATGACAGGTA...CAGACTAACTCCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    710 AGATAGGCTTCCCCTGGAGTGAAATCAGGAACATCTCTTTCAATGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116379 AGATAGGCTTCCCCTGGAGTGAAATCAGGAACATCTCTTTCAATGATAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    760 AAATTTGTCATCAAGCCCATTGACAAAAAAGCCCCG         GACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116429 AAATTTGTCATCAAGCCCATTGACAAAAAAGCCCCGGTG...CAGGACTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CGTCTTCTATGCTCCCCGGCTGCGGATTAACAAGCGGATCTTGGCCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118456 CGTCTTCTATGCTCCCCGGCTGCGGATTAACAAGCGGATCTTGGCCTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCATGGGGAACCATGAACTATACATGCGCCGTCGCAAGCCTGATACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118506 GCATGGGGAACCATGAACTATACATGCGCCGTCGCAAGCCTGATACCATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGGTGCAGCAGATGAAGGCACAGGCCCGGGAGGAGAAGCACCAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118556 GAGGTGCAGCAGATGAAGGCACAGGCCCGGGAGGAGAAGCACCAGAAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GATGGAGCG         TGCTATGCTGGAAAATGAGAAGAAGAAGCGTG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118606 GATGGAGCGGTA...TAGTGCTATGCTGGAAAATGAGAAGAAGAAGCGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AAATGGCAGAGAAGGAGAAAGAGAAGATTGAACGGGAGAAGGAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120011 AAATGGCAGAGAAGGAGAAAGAGAAGATTGAACGGGAGAAGGAGGAGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATGGAGAGGCTGAAGCAGATCGAGGAACAGACTAAGAAGGCTCAGCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120061 ATGGAGAGGCTGAAGCAGATCGAGGAACAGACTAAGAAGGCTCAGCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091         AACTGGAAGAACAGACCCGTAGGGCTCTGGAACTTGAGCAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120111 TG...CAGAACTGGAAGAACAGACCCGTAGGGCTCTGGAACTTGAGCAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AACGGAAGCGTGCCCAGAGCGAGGCTGAAAAGCTGGCCAAGGAGCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120404 AACGGAAGCGTGCCCAGAGCGAGGCTGAAAAGCTGGCCAAGGAGCGTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GAAGCTGAAGAGGCCAAGGAGGCCTTGCTGCAGGCCTCCCGGGACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120454 GAAGCTGAAGAGGCCAAGGAGGCCTTGCTGCAGGCCTCCCGGGACCAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AAAGACTCAGGAACAGCTG         GCCTTGGAAATGGCAGAGCTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 120504 AAAGACTCAGGAACAGCTGGTA...TAGGCCTTGGAAATGGCAGAGCTGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CAGCTCGAATCTCCCAGCTGGAGATGGCCCGACAGAAGAAGGAGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121731 CAGCTCGAATCTCCCAGCTGGAGATGGCCCGACAGAAGAAGGAGAGTGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCTGTGGAGTGGCAGCAGAAG         GCCCAGATGGTACAGGAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 121781 GCTGTGGAGTGGCAGCAGAAGGTA...CAGGCCCAGATGGTACAGGAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CTTGGAGAAGACCCGTGCTGAGCTGAAGACTGCCATGAGTACACCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122174 CTTGGAGAAGACCCGTGCTGAGCTGAAGACTGCCATGAGTACACCTCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGGCAGAGCCTGCTGAGAATGAGCAGGATGAGCAGGATGAGAATGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122224 TGGCAGAGCCTGCTGAGAATGAGCAGGATGAGCAGGATGAGAATGGGGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GAGGCTAGTGCTGACCTACGGGCTGATGCTATGGCCAAGGACCGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122274 GAGGCTAGTGCTGACCTACGGGCTGATGCTATGGCCAAGGACCGCAGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GGAGGAACGTACCACTGAGGCAGAGAAGAATGAGCGTGTGCAGAAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122324 GGAGGAACGTACCACTGAGGCAGAGAAGAATGAGCGTGTGCAGAAGCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TGAAG         GCCCTCACTTCGGAGCTGGCCAATGCCAGAGATGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122374 TGAAGGTA...CAGGCCCTCACTTCGGAGCTGGCCAATGCCAGAGATGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TCCAAGAAGACTGCCAATGACATGATCCATGCTGAGAACATGCGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122949 TCCAAGAAGACTGCCAATGACATGATCCATGCTGAGAACATGCGACTGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCGAGACAAATACAAGACCCTGCGCCAGATCCGGCAGGGCAACACCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122999 CCGAGACAAATACAAGACCCTGCGCCAGATCCGGCAGGGCAACACCAAGC

   1800     .    :    .    :    .
   1706 AGCGCATTGACGAATTTGAGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||
 123049 AGCGCATTGACGAATTTGAGTCTATG