seq1 = pF1KB3461.tfa, 645 bp
seq2 = pF1KB3461/gi568815595f_19850899.tfa (gi568815595f:19850899_20083820), 232922 bp

>pF1KB3461 645
>gi568815595f:19850899_20083820 (Chr3)

1-163  (100001-100163)   99% ->
164-315  (124703-124854)   100% ->
316-438  (125149-125271)   100% ->
439-532  (127412-127505)   100% ->
533-645  (132810-132922)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAGTCGAGGCGCAACAAGACCCAACGGGCCAAATACTGGAAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100001 ATGGCTAGTCGAGGCGCAACAAGACCCAACGGGCCAAATACGGGAAATAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATATGCCAGTTCAAACTAGTACTTCTGGGAGAGTCCGCTGTTGGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATATGCCAGTTCAAACTAGTACTTCTGGGAGAGTCCGCTGTTGGCAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAGCCTAGTGCTTCGTTTTGTGAAAGGCCAATTTCATGAATTTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAGCCTAGTGCTTCGTTTTGTGAAAGGCCAATTTCATGAATTTCAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTACCATTGGGG         CTGCTTTTCTAACCCAAACTGTATGTCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTACCATTGGGGGTG...CAGCTGCTTTTCTAACCCAAACTGTATGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGACACTACAGTAAAGTTTGAAATATGGGATACAGCTGGTCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124731 TGATGACACTACAGTAAAGTTTGAAATATGGGATACAGCTGGTCAAGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GATACCATAGCCTAGCACCAATGTACTACAGAGGAGCACAAGCAGCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124781 GATACCATAGCCTAGCACCAATGTACTACAGAGGAGCACAAGCAGCCATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTGTATATGATATCACAAATGAG         GAGTCCTTTGCAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 124831 GTTGTATATGATATCACAAATGAGGTA...CAGGAGTCCTTTGCAAGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAAATTGGGTTAAAGAACTTCAGAGGCAAGCAAGTCCTAACATTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125166 AAAAAATTGGGTTAAAGAACTTCAGAGGCAAGCAAGTCCTAACATTGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGCTTTATCGGGAAACAAGGCCGACCTAGCAAATAAAAGAGCAGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125216 TAGCTTTATCGGGAAACAAGGCCGACCTAGCAAATAAAAGAGCAGTAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCCAG         GAAGCACAGTCCTATGCAGATGACAATAGTTTATT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125266 TTCCAGGTA...CAGGAAGCACAGTCCTATGCAGATGACAATAGTTTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTCATGGAGACATCCGCTAAAACATCAATGAATGTAAATGAAATATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127447 ATTCATGGAGACATCCGCTAAAACATCAATGAATGTAAATGAAATATTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGCAATAG         CTAAAAAATTGCCAAAGAATGAACCACAAAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 127497 TGGCAATAGGTA...CAGCTAAAAAATTGCCAAAGAATGAACCACAAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGGAGCAAATTCTGCCAGAGGAAGAGGAGTAGACCTTACCGAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132842 CCAGGAGCAAATTCTGCCAGAGGAAGAGGAGTAGACCTTACCGAACCCAC

    650     .    :    .    :    .    :
    615 ACAACCAACCAGGAATCAGTGTTGTAGTAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 132892 ACAACCAACCAGGAATCAGTGTTGTAGTAAC