seq1 = pF1KB3457.tfa, 528 bp
seq2 = pF1KB3457/gi568815597f_93246646.tfa (gi568815597f:93246646_93460636), 213991 bp

>pF1KB3457 528
>gi568815597f:93246646_93460636 (Chr1)

1-220  (100001-100220)   100% ->
221-384  (107263-107426)   100% ->
385-528  (113848-113991)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCTCGTCTGGCAACGATGATGATCTCACTATCCCCAGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCCTCGTCTGGCAACGATGATGATCTCACTATCCCCAGAGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATCAATAAAATGATCAAAGAGACTCTTCCTAATGTCCGGGTGGCCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATCAATAAAATGATCAAAGAGACTCTTCCTAATGTCCGGGTGGCCAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCTCGAGAGCTGGTGGTGAACTGCTGCACTGAATTCATTCACCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGCTCGAGAGCTGGTGGTGAACTGCTGCACTGAATTCATTCACCTTATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTTCTGAAGCCAATGAGATTTGTAACAAATCGGAAAAGAAGACCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTTCTGAAGCCAATGAGATTTGTAACAAATCGGAAAAGAAGACCATCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCAGAGCATGTCATACAAG         CACTAGAAAGTTTGGGATTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100201 ACCAGAGCATGTCATACAAGGTA...TAGCACTAGAAAGTTTGGGATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTCTTACATCAGTGAAGTAAAAGAAGTCTTGCAAGAGTGTAAAACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107284 GCTCTTACATCAGTGAAGTAAAAGAAGTCTTGCAAGAGTGTAAAACAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCATTAAAAAGAAGAAAGGCCAGTTCTCGTTTGGAAAACCTTGGCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107334 GCATTAAAAAGAAGAAAGGCCAGTTCTCGTTTGGAAAACCTTGGCATTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAAGAAGAGTTATTGAGACAGCAACAAGAATTATTTGCAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107384 TGAAGAAGAGTTATTGAGACAGCAACAAGAATTATTTGCAAAAGTA...T

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385   GCTAGACAGCAACAAGCAGAATTGGCCCAACAGGAATGGCTTCAAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113846 AGGCTAGACAGCAACAAGCAGAATTGGCCCAACAGGAATGGCTTCAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCAAGCTGCCCAACAAGCCCAGCTTGCTGCTGCCTCAGCCAGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113896 CAGCAAGCTGCCCAACAAGCCCAGCTTGCTGCTGCCTCAGCCAGTGCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    483 TAATCAGGCGGGATCTTCTCAGGATGAAGAAGATGATGATGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113946 TAATCAGGCGGGATCTTCTCAGGATGAAGAAGATGATGATGATATC