seq1 = pF1KB3456.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KB3456/gi568815588f_100248064.tfa (gi568815588f:100248064_100460930), 212867 bp

>pF1KB3456 1077
>gi568815588f:100248064_100460930 (Chr10)

1-27  (99442-99468)   100% ->
28-310  (100001-100283)   100% ->
311-441  (104303-104433)   100% ->
442-647  (106364-106569)   100% ->
648-880  (108469-108701)   99% ->
881-1077  (112671-112867)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCCCACTTGCTGCAGGACGAT         ATCTCTAGCTCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  99442 ATGCCGGCCCACTTGCTGCAGGACGATGTG...CAGATCTCTAGCTCCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TACCACCACCACCACCATTACAGCGCCTCCCTCCAGGGTCCTGCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 TACCACCACCACCACCATTACAGCGCCTCCCTCCAGGGTCCTGCAGAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAGGAGATAAGTTGGAGACGATGCCCCTCTACTTGGAAGACGACATTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 GAGGAGATAAGTTGGAGACGATGCCCCTCTACTTGGAAGACGACATTCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGATATAAAAGATGATATATATGACCCCACCTACAAGGATAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 CCTGATATAAAAGATGATATATATGACCCCACCTACAAGGATAAGGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCAAGCCCCAAGGTTGAATATGTCTGGAGAAACATCATCCTTATGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 CCCAAGCCCCAAGGTTGAATATGTCTGGAGAAACATCATCCTTATGTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCTACACTTGGGAGCCCTGTATGGGATCACTTTGATTCCTACCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100215 TGCTACACTTGGGAGCCCTGTATGGGATCACTTTGATTCCTACCTGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCTACACCTGGCTTTGGG         GGGTATTCTACTATTTTGTCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100265 TTCTACACCTGGCTTTGGGGTA...CAGGGGTATTCTACTATTTTGTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCCTGGGCATAACAGCAGGAGCTCATCGTCTGTGGAGCCACCGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104325 TGCCCTGGGCATAACAGCAGGAGCTCATCGTCTGTGGAGCCACCGCTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAAGCTCGGCTGCCCCTACGGCTCTTTCTGATCATTGCCAACACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104375 ACAAAGCTCGGCTGCCCCTACGGCTCTTTCTGATCATTGCCAACACAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCATTCCAG         AATGATGTCTATGAATGGGCTCGTGACCACCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104425 GCATTCCAGGTA...CAGAATGATGTCTATGAATGGGCTCGTGACCACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCCACCACAAGTTTTCAGAAACACATGCTGATCCTCATAATTCCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106396 TGCCCACCACAAGTTTTCAGAAACACATGCTGATCCTCATAATTCCCGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGGCTTTTTCTTCTCTCACGTGGGTTGGCTGCTTGTGCGCAAACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106446 GTGGCTTTTTCTTCTCTCACGTGGGTTGGCTGCTTGTGCGCAAACACCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGTCAAAGAGAAGGGGAGTACGCTAGACTTGTCTGACCTAGAAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106496 GCTGTCAAAGAGAAGGGGAGTACGCTAGACTTGTCTGACCTAGAAGCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAACTGGTGATGTTCCAGAGGAG         GTACTACAAACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106546 GAAACTGGTGATGTTCCAGAGGAGGTG...TAGGTACTACAAACCTGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCTGCTGATGTGCTTCATCCTGCCCACGCTTGTGCCCTGGTATTTCTGG
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108486 TGCTGATGATGTGCTTCATCCTGCCCACGCTTGTGCCCTGGTATTTCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGTGAAACTTTTCAAAACAGTGTGTTCGTTGCCACTTTCTTGCGATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108536 GGTGAAACTTTTCAAAACAGTGTGTTCGTTGCCACTTTCTTGCGATATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGTGGTGCTTAATGCCACCTGGCTGGTGAACAGTGCTGCCCACCTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108586 TGTGGTGCTTAATGCCACCTGGCTGGTGAACAGTGCTGCCCACCTCTTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GATATCGTCCTTATGACAAGAACATTAGCCCCCGGGAGAATATCCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108636 GATATCGTCCTTATGACAAGAACATTAGCCCCCGGGAGAATATCCTGGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCACTTGGAGCTGTGG         GTGAGGGCTTCCACAACTACCACCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108686 TCACTTGGAGCTGTGGGTA...CAGGTGAGGGCTTCCACAACTACCACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCCTTTCCCTATGACTACTCTGCCAGTGAGTACCGCTGGCACATCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112696 CTCCTTTCCCTATGACTACTCTGCCAGTGAGTACCGCTGGCACATCAACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCACCACATTCTTCATTGATTGCATGGCCGCCCTCGGTCTGGCCTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112746 TCACCACATTCTTCATTGATTGCATGGCCGCCCTCGGTCTGGCCTATGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CGGAAGAAAGTCTCCAAGGCCGCCATCTTGGCCAGGATTAAAAGAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112796 CGGAAGAAAGTCTCCAAGGCCGCCATCTTGGCCAGGATTAAAAGAACCGG

   1100     .    :    .    :
   1056 AGATGGAAACTACAAGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||
 112846 AGATGGAAACTACAAGAGTGGC