seq1 = pF1KB3455.tfa, 480 bp
seq2 = pF1KB3455/gi568815584r_64976479.tfa (gi568815584r:64976479_65202339), 225861 bp

>pF1KB3455 480
>gi568815584r:64976479_65202339 (Chr14)

(complement)

1-36  (100001-100036)   100% ->
37-63  (100768-100794)   100% ->
64-171  (108525-108632)   100% ->
172-295  (124304-124427)   100% ->
296-480  (125677-125861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGATAACGATGACATCGAGGTGGAGAGCGAC         GAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100001 ATGAGCGATAACGATGACATCGAGGTGGAGAGCGACGTG...CAGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAACCGAGGTTTCAATCTGCG         GCTGACAAACGGGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100773 GCAACCGAGGTTTCAATCTGCGGTA...TAGGCTGACAAACGGGCTCATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATAATGCACTGGAACGAAAACGTAGGGACCACATCAAAGACAGCTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108544 ATAATGCACTGGAACGAAAACGTAGGGACCACATCAAAGACAGCTTTCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGTTTGCGGGACTCAGTCCCATCACTCCAAGGAGAGAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108594 AGTTTGCGGGACTCAGTCCCATCACTCCAAGGAGAGAAGGTG...CAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ATCCCGGGCCCAAATCCTAGACAAAGCCACAGAATATATCCAGTATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124306 ATCCCGGGCCCAAATCCTAGACAAAGCCACAGAATATATCCAGTATATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GAAGGAAAAACCACACACACCAGCAAGATATTGACGACCTCAAGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124356 GAAGGAAAAACCACACACACCAGCAAGATATTGACGACCTCAAGCGGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATGCTCTTCTGGAGCAGCAAG         TCCGTGCACTGGAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124406 AATGCTCTTCTGGAGCAGCAAGGTG...TAGTCCGTGCACTGGAGAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GAGGTCAAGTGCCCAACTGCAGACCAACTACCCCTCCTCAGACAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125696 GAGGTCAAGTGCCCAACTGCAGACCAACTACCCCTCCTCAGACAACAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCTACACCAACGCCAAGGGCAGCACCATCTCTGCCTTCGATGGGGGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125746 TCTACACCAACGCCAAGGGCAGCACCATCTCTGCCTTCGATGGGGGCTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACTCCAGCTCGGAGTCTGAGCCTGAAGAGCCCCAAAGCAGGAAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125796 GACTCCAGCTCGGAGTCTGAGCCTGAAGAGCCCCAAAGCAGGAAGAAGCT

    500     .    :    .
    465 CCGGATGGAGGCCAGC
        ||||||||||||||||
 125846 CCGGATGGAGGCCAGC