seq1 = pF1KB3452.tfa, 651 bp
seq2 = pF1KB3452/gi568815595r_61642458.tfa (gi568815595r:61642458_61843097), 200640 bp

>pF1KB3452 651
>gi568815595r:61642458_61843097 (Chr3)

(complement)

1-651  (99992-100640)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCAGCAAAGTCTCTCGCGACACCCTGTACGAGGCGGTGCGGGAAGT
        |||||||||--|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  99992 ATGAGCAGC  AGTCTCTCGCAACACCCTGTACGAGGCGGTGCGGGAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCACGGGAACCAGCGCAAGCGCCGCAAGTTCCTGGAGACGGTGGAGT
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100040 CCTGCACCGGAACCAGCGCAAGCGCCGCAAGTTCCTGGAGACGGTGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGATCAGCTTGAAGAACTATGATCCCCAGAAGGACAAGCGCTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
 100090 TGCAGATCAGCTTGAAGAACTATGACCCCCAGAAGGACAAGTGCTTCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCACCGTCAGGCTTAAGTCCACTCCCCGCCCTAAGTTCTCTGTGTGTGT
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
 100140 GGCACCGTCAGACTTAAGTCCACTCCCCGCCCTAAGTTGTGTGTGTGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGGGGACCAGCAGCACTGTGACGAGGCTAAGGCCGTGGATATCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100190 CCTGGGGGACCAGCAGCACTGTGACGAGGCTAAGGCCGTGGATATCCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATGGACATCGAGGCGCTGAAAAAACTCAACAAGAATAAAAAACTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100240 ACATGGACATCGAGGCGCTGAAAAAACTCAAAAAGAATAAAAAACTGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGAAGCTGGCCAAGAAGTATGATGCGTTTTTGGCCTCAGAGTCTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100290 AAGAAGCTGGCCAAGAAGTATGATGCGTTTTTGGCCTCAGAGTCTCTGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGCAGATTCCACGAATCCTCGGCCCAGGTTTAAATAAGGCAGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100340 CAAGCAGATTCCACGAATCCTCGGCCCAGGTCTAAATAAGGCAGGAAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCCTTCCCTGCTCACACACAACGAAAACATGGTGGCCAAAGTGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100390 TCCCTTCCCTGCTCACACACAACGAAAACATGGTGGCCAAAGTGGGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTGAAGTCCACAATCAAGTTCCAAATGAAGAAGGTGTTATGTCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100440 GTGAAGTCCACAATCAAGTTCCAAATGAAGAAGGTGTTATGTCTGGCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCTGTTGGTCACGTGAAGATGACAGACGATGAGCTTGTGTATAACATTC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100490 AGCTGTTGGTCACGTGAAGATGACAGCCGATGAGCTTGTGTATAACATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTGGCTGTCAACTTCTTGGTGTCATTGCTCAAGAAAAACTGGCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100540 ACCTGGCTGTCAACTTCTTGGTGTCATTGCTCAAGAAAAACTGGCAGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCCGGGCCTTATATATCAAGAGCACCATGGGCAAGCCCCAGCGCCTATA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100590 GTCCGGGCCTTATATATCGAGAGCACCATGGGCAAGCCCCAGCGCCTATA

    650 
    651 T
        |
 100640 T