seq1 = pF1KB3451.tfa, 792 bp
seq2 = pF1KB3451/gi568815594f_150999653.tfa (gi568815594f:150999653_151204590), 204938 bp

>pF1KB3451 792
>gi568815594f:150999653_151204590 (Chr4)

1-62  (100001-100062)   100% ->
63-166  (100833-100936)   100% ->
167-354  (101323-101510)   100% ->
355-563  (103219-103427)   100% ->
564-673  (104525-104634)   100% ->
674-792  (104820-104938)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTTGGCAAGAACAAGCGCCTTACGAAAGGCGGCAAAAAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTTGGCAAGAACAAGCGCCTTACGAAAGGCGGCAAAAAGGGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGAAGAAAGT         GGTTGATCCATTTTCTAAGAAAGATTGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGAAGAAAGTGTA...CAGGGTTGATCCATTTTCTAAGAAAGATTGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGATGTGAAAGCACCTGCTATGTTCAATATAAGAAATATTGGAAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100862 ATGATGTGAAAGCACCTGCTATGTTCAATATAAGAAATATTGGAAAGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGTCACCAGGACCCAAGGAACCA         AAATTGCATCTGATGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100912 CTCGTCACCAGGACCCAAGGAACCAGTA...TAGAAATTGCATCTGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTCAAGGGTCGTGTGTTTGAAGTGAGTCTTGCTGATTTGCAGAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101339 TCTCAAGGGTCGTGTGTTTGAAGTGAGTCTTGCTGATTTGCAGAATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGTTGCATTTAGAAAATTCAAGCTGATTACTGAAGATGTTCAGGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101389 AAGTTGCATTTAGAAAATTCAAGCTGATTACTGAAGATGTTCAGGGTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTGCCTGACTAACTTCCATGGCATGGATCTTACCCGTGACAAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101439 AACTGCCTGACTAACTTCCATGGCATGGATCTTACCCGTGACAAAATGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCCATGGTCAAAAAATGGCAG         ACAATGATTGAAGCTCACG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101489 TTCCATGGTCAAAAAATGGCAGGTG...CAGACAATGATTGAAGCTCACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGATGTCAAGACTACCGATGGTTACTTGCTTCGTCTGTTCTGTGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103238 TTGATGTCAAGACTACCGATGGTTACTTGCTTCGTCTGTTCTGTGTTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTACTAAAAAACGCAACAATCAGATACGGAAGACCTCTTATGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103288 TTTACTAAAAAACGCAACAATCAGATACGGAAGACCTCTTATGCTCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCAACAGGTCCGCCAAATCCGGAAGAAGATGATGGAAATCATGACCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103338 CCAACAGGTCCGCCAAATCCGGAAGAAGATGATGGAAATCATGACCCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGTGCAGACAAATGACTTGAAAGAAGTGGTCAATAAATT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103388 AGGTGCAGACAAATGACTTGAAAGAAGTGGTCAATAAATTGTA...CAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTCCAGACAGCATTGGAAAAGACATAGAAAAGGCTTGCCAATCTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104526 ATTCCAGACAGCATTGGAAAAGACATAGAAAAGGCTTGCCAATCTATTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCTCTCCATGATGTCTTCGTTAGAAAAGTAAAAATGCTGAAGAAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104576 TCCTCTCCATGATGTCTTCGTTAGAAAAGTAAAAATGCTGAAGAAGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTTTGAAT         TGGGAAAGCTCATGGAGCTTCATGGTGAAGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104626 AGTTTGAATGTA...TAGTGGGAAAGCTCATGGAGCTTCATGGTGAAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTAGTTCTGGAAAAGCCACTGGGGACGAGACAGGTGCTAAAGTTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104852 AGTAGTTCTGGAAAAGCCACTGGGGACGAGACAGGTGCTAAAGTTGAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .
    756 AGCTGATGGATATGAACCACCAGTCCAAGAATCTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104902 AGCTGATGGATATGAACCACCAGTCCAAGAATCTGTT