seq1 = pF1KB3448.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KB3448/gi568815597f_92733388.tfa (gi568815597f:92733388_92941862), 208475 bp

>pF1KB3448 888
>gi568815597f:92733388_92941862 (Chr1)

1-73  (99999-100071)   98% ->
74-189  (100158-100273)   100% ->
190-324  (101392-101526)   100% ->
325-527  (102803-103005)   100% ->
528-702  (104069-104246)   98% ->
703-791  (107164-107252)   100% ->
792-888  (108379-108475)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGTTTGTTAAAGTTGTTAAGAATAAGGCCTACTTTAAGAGATACCA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AAGGGGTTTGTTAAAGTTGTTAAGAATAAGGCCTACTTTAAGAGATACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTGAAATTTAGAAGACGACGAG         AGGGTAAAACTGATTATT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100049 AGTGAAATTTAGAAGACGACGAGGTA...CAGAGGGTAAAACTGATTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGCTCGGAAACGCTTGGTGATACAAGATAAAAATAAATACAACACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100176 ATGCTCGGAAACGCTTGGTGATACAAGATAAAAATAAATACAACACACCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATACAGGATGATAGTTCGTGTGACAAACAGAGATATCATTTGTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100226 AAATACAGGATGATAGTTCGTGTGACAAACAGAGATATCATTTGTCAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        ATTGCTTATGCCCGTATAGAGGGGGATATGATAGTCTGCGCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100276 A...TAGATTGCTTATGCCCGTATAGAGGGGGATATGATAGTCTGCGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CGTATGCACACGAACTGCCAAAATATGGTGTGAAGGTTGGCCTGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101435 CGTATGCACACGAACTGCCAAAATATGGTGTGAAGGTTGGCCTGACAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGCTGCAGCATATTGTACTGGCCTGCTGCTGGCCCGCAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101485 TATGCTGCAGCATATTGTACTGGCCTGCTGCTGGCCCGCAGGGTA...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  CTTCTCAATAGGTTTGGCATGGACAAGATCTATGAAGGCCAAGTGGAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102802 GCTTCTCAATAGGTTTGGCATGGACAAGATCTATGAAGGCCAAGTGGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACTGGTGATGAATACAATGTGGAAAGCATTGATGGTCAGCCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102852 TGACTGGTGATGAATACAATGTGGAAAGCATTGATGGTCAGCCAGGTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCACCTGCTATTTGGATGCAGGCCTTGCCAGAACTACCACTGGCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102902 TTCACCTGCTATTTGGATGCAGGCCTTGCCAGAACTACCACTGGCAATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTTTTTGGTGCCCTGAAGGGAGCTGTGGATGGAGGCTTGTCTATCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102952 AGTTTTTGGTGCCCTGAAGGGAGCTGTGGATGGAGGCTTGTCTATCCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAG         TACCAAACGATTCCCTGGTTATGATTCTGAAAGCAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103002 ACAGGTA...TAGTACCAAACGATTCCCTGGTTATGATTCTGAAAGCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAATTTAATGCAGAAGTACATCGGAAGCACATCATGGGCCAGAATGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104106 GAATTTAATGCAGAAGTACATCGGAAGCACATCATGGGCCAGAATGTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGATTACATGCGCTACTTAATGGAAGAAGATGAAGATGCTTACAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 AGATTACATGCGCTACTTAATGGAAGAAGATGAAGATGCTTACAAGAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTTCTCTCAATACATAAAGAACAGCGTAACTCCAGAC            
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--->>>...>>>
 104206 AGTTCTCTCAATACATAAAGAACAGCGTAACTCCAGACATGGTA...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703 ATGGAGGAGATGTATAAGAAAGCTCATGCTGCTATACGAGAGAATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107164 ATGGAGGAGATGTATAAGAAAGCTCATGCTGCTATACGAGAGAATCCAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753 CTATGAAAAGAAGCCCAAGAAAGAAGTTAAAAAGAAGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107214 CTATGAAAAGAAGCCCAAGAAAGAAGTTAAAAAGAAGAGGTA...TAGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794 GGAACCGTCCCAAAATGTCCCTTGCTCAGAAGAAGGATCGGGTAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108381 GGAACCGTCCCAAAATGTCCCTTGCTCAGAAGAAGGATCGGGTAGCTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    844 AAGAAGGCAAGCTTCCTCAGAGCTCAGGAGCGGGCTGCTGAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108431 AAGAAGGCAAGCTTCCTCAGAGCTCAGGAGCGGGCTGCTGAGAGC