seq1 = pF1KB3446.tfa, 885 bp
seq2 = pF1KB3446/gi568815596f_62046414.tfa (gi568815596f:62046414_62247253), 200840 bp

>pF1KB3446 885
>gi568815596f:62046414_62247253 (Chr2)

1-885  (99964-100840)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGAGCCCTTGATGTCCTGCAAATGAAGGAGGAGGATGTCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99964 ATGTCCGGAGCCCTTGATGTCCTGCAAATGAAGGAGGAGGATGTCCTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCCTTGCAGCAGGAACCCACTTAGGTGGCACCAATCTTGACTTCCAGA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 GTTCCTTGCAGCAGGAACTCACTTAGGTGGCACCAATCTTGACTTCCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAACAGTACATCTATAAAAGGAAAAGTGATGGCATCTATATCATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 TGGAACAGTACATCTATAAAAGGAAAAGTGATGGCATCTATATCATAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCAAGAGGACCTGGGAGAAGCTTCTGCTGGCAGCTCGTGCAATTGTTGC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100114 CTGAAGAGGACCTGGGAGAAGCTTCTGCTGGCAGCTCGTGCTATTGTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTGAAAACCCTGCTGATGTCAGTGTTATATCCTCCAGGAATACTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100164 CATTGAAAACCCTGCTGATGTCAGTGTTATATCCTCCAGGAATACTGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGGGCTGTGCTGAAGTTTGCTGCTGCCACTGGAGCCACTCCAATTGCT
        ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100214 AGAGGGCCGTGCTAAAGTTTGCTGCTGCCACTGGAGCCACTCCAATTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCGCTTCACTCCTGGAACCTTCACTAACCAGATCCAGGCAGCCTTCCG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 100264 GGCCGCTTCACTCCTGGAACCTTCGCTAACCAGATCCAGGCAGCCTTCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGCCACGGCTTCTTGTGGTTACTGACCCCAGGGCTGACCACCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100314 GGAGCCACGGCTTCTTGTGGTTACTGACCCCAGGGCTGACCACCAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACGGAGGCATCTTATGTTAACCTACCTACCATTGCGCTGTGTAACACA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100364 TCATGGAGGCATCTTATGTTAACCTACCTACCATTGCGCTGTGTAACACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATTCTCCTCTGCGCTATGTGGACATTGCCATCCCATGCAACAACAAGGG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100414 GATTCTCCTCTGCACTATGTGGACATTGCCATCCCATGCAACAACAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCTCACTCAGTGGGTTTGATGTGGTGGATGCTGGCTCGGGAAGTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100464 AGCTCACTCAGTGGGTTTGATGTGGTGGATGCTGGCTCGGGAAGTTCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCATGCGTGGCACCATTTCCCGTGAACACCCATGGGAGGTCATGCCTGAT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100514 GCATGCGTGGCACCATTTCCTGTGAACACCCATGGGAGGTCATGCCTGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGTACTTCTACAGAGATCCTGAAGAGATTGAAAAAGAAGAGCAGGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100564 CTGTACTTCTACAGAGATCCTGAAGAGATTGAAAGAGAAGAGCAGGCTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGCTGAGAAGGCAGTGACCAAGGAGGAATTTCAGGGTGAATGGACTGCTC
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100614 TGCTGAAAAGGCAGTGACCAAGGAGGAATTTCAGGGTGAATGGACTGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGCTCCTGAGTTCACTGCTACTCAGCCTGAGGTTGCAGACTGGTCTGAA
        | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100664 CAGCTCCTGAGTTCACTGTTACTCAGCCTGAGGTTGCAGACTGGTCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GGTGTACAGGTGCCCTCTGTGCCTATTCAGCAATTCCCTACTGAAGACTG
        |||||||||||||||||||||||---|-----|||||||||||||||| |
 100714 GGTGTACAGGTGCCCTCTGTGCC   T     ATTCCCTACTGAAGACGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAGCGCTCAGCCTGCCACGGAAGACTGGTCTGCAGCTCCCACTGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 GAGCGCTCAGCCTGCCACGGAAGACTGGTCTGCAGCTCCCACTGCTCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .
    851 CCACTGAATGGGTAGGAGCAACCACTGACTGGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 CCACTGAATGGGTAGGAGCAACCACTGACTGGTCT