seq1 = pF1KB3445.tfa, 606 bp
seq2 = pF1KB3445/gi568815576f_38884071.tfa (gi568815576f:38884071_39132313), 248243 bp

>pF1KB3445 606
>gi568815576f:38884071_39132313 (Chr22)

14-210  (138748-138944)   100% ->
211-490  (147624-147903)   100% ->
491-606  (148128-148243)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 TCAGAAATCCGATGGAGCGGATGTATCGAGACACATTCTACGACAACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138748 TCAGAAATCCGATGGAGCGGATGTATCGAGACACATTCTACGACAACTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 GAAAACGAACCCATCCTCTATGGTCGGAGCTACACTTGGCTGTGCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138798 GAAAACGAACCCATCCTCTATGGTCGGAGCTACACTTGGCTGTGCTATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 AGTGAAAATAAAGAGGGGCCGCTCAAATCTCCTTTGGGACACAGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138848 AGTGAAAATAAAGAGGGGCCGCTCAAATCTCCTTTGGGACACAGGGGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    164 TTCGAGGCCCGGTACTACCCAAACGTCAGTCGAATCACAGGCAGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 138898 TTCGAGGCCCGGTACTACCCAAACGTCAGTCGAATCACAGGCAGGAGGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    211       GTGGATCCTGAGACCCATTGTCATGCAGAAAGGTGCTTCCTCTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138948 ...CAGGTGGATCCTGAGACCCATTGTCATGCAGAAAGGTGCTTCCTCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 TTGGTTCTGTGACGACATACTGTCTCCTAACACAAACTACGAGGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147668 TTGGTTCTGTGACGACATACTGTCTCCTAACACAAACTACGAGGTCACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 GGTACACATCTTGGAGCCCTTGCCCAGAGTGTGCAGGGGAGGTGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147718 GGTACACATCTTGGAGCCCTTGCCCAGAGTGTGCAGGGGAGGTGGCCGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    355 TTCCTGGCCAGGCACAGCAACGTGAATCTCACCATCTTCACCGCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147768 TTCCTGGCCAGGCACAGCAACGTGAATCTCACCATCTTCACCGCCCGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405 CTGCTACTTCTGGGATACAGATTACCAGGAGGGGCTCTGCAGCCTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147818 CTGCTACTTCTGGGATACAGATTACCAGGAGGGGCTCTGCAGCCTGAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 AGGAAGGGGCCTCCGTGAAGATCATGGGCTACAAAG         ATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 147868 AGGAAGGGGCCTCCGTGAAGATCATGGGCTACAAAGGTG...CAGATTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 GTATCTTGTTGGAAAAACTTTGTGTACAGTGATGATGAGCCATTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148133 GTATCTTGTTGGAAAAACTTTGTGTACAGTGATGATGAGCCATTCAAGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 TTGGAAGGGACTACAAACCAACTTTCGACTTCTGAAAAGAAGGCTACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148183 TTGGAAGGGACTACAAACCAACTTTCGACTTCTGAAAAGAAGGCTACGGG

    600     .    :
    596 AGATTCTCCAG
        |||||||||||
 148233 AGATTCTCCAG