seq1 = pF1KB3443.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KB3443/gi568815593f_149994302.tfa (gi568815593f:149994302_150195045), 200744 bp

>pF1KB3443 744
>gi568815593f:149994302_150195045 (Chr5)

1-744  (100001-100744)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGTGTAGAAGAGAAGAAGAAGGAGGTTCCTGCTGTGCCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGTGTAGAAGAGAAGAAGAAGGAGGTTCCTGCTGTGCCAGAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTAAGAAAAAGCGAAGGAATTTCGCAGAGCTGAAGATCAAGCGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100051 CCTTAAGAAAAAGCGAAGGAATTTCGCAGAGCTGAAGATGAAGCGCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAGAAGTTTGCCCAAAAGATGCTTCGAAAGGCAAGGAGGAAGCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAAGAAGTTTGCCCAAAAGATGCTTCGAAAGGCAAGGAGGAAGCTTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGAAAAAGCAAAGCACTATCACAAGGAATATAGGCAGATGTACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100151 TATGAAAAAGCAAAGCACTATCACAAGGAATATAGGCAGATGTACAGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAATTCGAATGGCGAGGATGGCAAGAAAAGCTGGCAACTTCTATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAAATTCGAATGGCGAGGATGGCAAGAAAAGCTGGCAACTTCTATGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGCAGAACCCAAATTGGCGTTTGTCATCAGAATCAGAGGTATCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGCAGAACCCAAATTGGCGTTTGTCATCAGAATCAGAGGTATCAATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGAGCCCAAAGGTTCGAAAGGTGTTGCAGCTTCTTCGCCTTCGTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGAGCCCAAAGGTTCGAAAGGTGTTGCAGCTTCTTCGCCTTCGTCAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCAATGGAACCTTTGTGAAGCTCAACAAGGCTTCGATTAACATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTCAATGGAACCTTTGTGAAGCTCAACAAGGCTTCGATTAACATGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGATTGTAGAGCCATATATTGCATGGGGGTACCCCAATCTGAAGTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGATTGTAGAGCCATATATTGCATGGGGGTACCCCAATCTGAAGTCAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATGAACTAATCTACAAGCGTGGTTATGGCAAAATCAATAAGAAGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AATGAACTAATCTACAAGCGTGGTTATGGCAAAATCAATAAGAAGCGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCTTTGACAGATAACGCTTTGATTGCTCGATCTCTTGGTAAATACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCTTTGACAGATAACGCTTTGATTGCTCGATCTCTTGGTAAATACGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCATCTGCATGGAGGATTTGATTCATGAGATCTATACTGTTGGAAAACGC
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCATCTGCGTGGAGGATTTGATTCATGAGATCTATACTGTTGGAAAACGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCAAAGAGGCAAATAACTTCCTGTGGCCCTTCAAATTGTCTTCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTCAAAGAGGCAAATAACTTCCTGTGGCCCTTCAAATTGTCTTCTCCACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGTGGAATGAAGAAAAAGACCACCCATTTTGTAGAAGGTGGAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGGTGGAATGAAGAAAAAGACCACCCATTTTGTAGAAGGTGGAGATGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAACAGGGAGGACCAGATCAACAGGCTTATTAGAAGAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCAACAGGGAGGACCAGATCAACAGGCTTATTAGAAGAATGAAC