seq1 = pF1KB3443.tfa, 744 bp
seq2 = pF1KB3443/gi568815591f_108410233.tfa (gi568815591f:108410233_108610973), 200741 bp

>pF1KB3443 744
>gi568815591f:108410233_108610973 (Chr7)

1-744  (100001-100741)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGTGTAGAAGAGAAGAAGAAGGAGGTTCCTGCTGTGCCAGAAAC
        |||| ||||||||||||||||||||---||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGGTGTAGAAGAGAAGAAGA   AGGTTCCTGCTGTGCCAGAAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTAAGAAAAAGCGAAGGAATTTCGCAGAGCTGAAGATCAAGCGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
 100048 CCTTAAGAAAAAGCGAAGGAATTTCTCAGAGCTGAAGATGAAGCGCCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAAGAAGTTTGCCCAAAAGATGCTTCGAAAGGCAAGGAGGAAGCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GAAAGAAGTTTGCCCAAAAGATGCTTCGAAAGGCAAGGAGGAAGCTTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGAAAAAGCAAAGCACTATCACAAGGAATATAGGCAGATGTACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100148 TATGAAAAAGCAAAGCACTATCACAGGGAATATAGGCAGATGTACAGAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAATTCGAATGGCGAGGATGGCAAGAAAAGCTGGCAACTTCTATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
 100198 TGAAATTCGAATGGCGAGGATGGCAAGAAAAGCTGGCAACTACTTTGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGCAGAACCCAAATTGGCGTTTGTCATCAGAATCAGAGGTATCAATGGA
        |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| 
 100248 CTGCAGAACCCAAACTGGCATTTGTCATCAGAATCAGAGGTATCAGTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGAGCCCAAAGGTTCGAAAGGTGTTGCAGCTTCTTCGCCTTCGTCAAAT
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 GTGAGCCCAAAGGTCCGAAAGGTGTTGCAGCTTCTTCGCCTTCGTCAAAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTCAATGGAACCTTTGTGAAGCTCAACAAGGCTTCGATTAACATGCTGA
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100348 CTACAATGGAACCTTTGTGAAGCTCAACAAGGCTTCGACTAACATGCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGATTGTAGAGCCATATATTGCATGGGGGTACCCCAATCTGAAGTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 GGATTGTAGAGCCATATATTGCATGGGGGTACCCCAATCTGAAGTCAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AATGAACTAATCTACAAGCGTGGTTATGGCAAAATCAATAAGAAGCGAAT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 AATGAACTAATCTACAAGAGTGGTTATGGCAAAATCAATAAGAAGCGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCTTTGACAGATAACGCTTTGATTGCTCGATCTCTTGGTAAATACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100498 TGCTTTGACAGATAACGCTTTGATTGCTCGATCTCTTGGTAAATATGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCATCTGCATGGAGGATTTGATTCATGAGATCTATACTGTTGGAAAACGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 TCATCTGCATGGAGGATCTGATTCATGAGATCTATACTGTTGGAAAACGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTCAAAGAGGCAAATAACTTCCTGTGGCCCTTCAAATTGTCTTCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 TTCAAAGAGGCAAATAACTTCCTGTGGCCCTTCAAATTGTCTTCTCCACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGGTGGAATGAAGAAAAAGACCACCCATTTTGTAGAAGGTGGAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100648 AGGTGGAATGAAGAAAAAGACCACCCATTTTGTAGAAGGTGGAGATGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCAACAGGGAGGACCAGATCAACAGGCTTATTAGAAGAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 GCAACAGGGAGGACCAGATCAACAGGCTTATTAGAAGAATGAAC