seq1 = pF1KB3441.tfa, 1020 bp
seq2 = pF1KB3441/gi568815597r_1687334.tfa (gi568815597r:1687334_1925453), 238120 bp

>pF1KB3441 1020
>gi568815597r:1687334_1925453 (Chr1)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-96  (107579-107617)   100% ->
97-203  (109592-109698)   100% ->
204-267  (118916-118979)   100% ->
268-430  (120873-121035)   100% ->
431-497  (132143-132209)   100% ->
498-699  (134858-135059)   100% ->
700-916  (136185-136401)   100% ->
917-1020  (138017-138120)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGAGCTTGACCAGTTACGGCAGGAGGCCGAGCAACTTAAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGAGCTTGACCAGTTACGGCAGGAGGCCGAGCAACTTAAGAACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTCGA         GACGCCAGGAAAGCATGTGCAGATGCAACTCTCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTCGAGTA...CAGGACGCCAGGAAAGCATGTGCAGATGCAACTCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCAG         ATCACAAACAACATCGACCCAGTGGGAAGAATCCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 CTCAGGTA...AAGATCACAAACAACATCGACCCAGTGGGAAGAATCCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ATGCGCACGAGGAGGACACTGCGGGGGCACCTGGCCAAGATCTACGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109628 ATGCGCACGAGGAGGACACTGCGGGGGCACCTGGCCAAGATCTACGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCACTGGGGCACAGACTCCAG         GCTTCTCGTCAGTGCCTCGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109678 GCACTGGGGCACAGACTCCAGGTA...CAGGCTTCTCGTCAGTGCCTCGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGGATGGTAAACTTATCATCTGGGACAGCTACACCACCAACAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 118936 AGGATGGTAAACTTATCATCTGGGACAGCTACACCACCAACAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    268    GTCCACGCCATCCCTCTGCGCTCCTCCTGGGTCATGACCTGTGCATA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120870 TAGGTCCACGCCATCCCTCTGCGCTCCTCCTGGGTCATGACCTGTGCATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGCCCCTTCTGGGAACTATGTGGCCTGCGGTGGCCTGGATAACATTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120920 TGCCCCTTCTGGGAACTATGTGGCCTGCGGTGGCCTGGATAACATTTGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCATTTACAATCTGAAAACTCGTGAGGGGAACGTGCGCGTGAGTCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120970 CCATTTACAATCTGAAAACTCGTGAGGGGAACGTGCGCGTGAGTCGTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTGGCAGGACACACAG         GTTACCTGTCCTGCTGCCGATTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 121020 CTGGCAGGACACACAGGTA...CAGGTTACCTGTCCTGCTGCCGATTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGATGACAATCAGATCGTCACCAGCTCTGGAGACACCACGTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 132168 GGATGACAATCAGATCGTCACCAGCTCTGGAGACACCACGTGGTA...CA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    498  TGCCCTGTGGGACATCGAGACCGGCCAGCAGACGACCACGTTTACCGGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134857 GTGCCCTGTGGGACATCGAGACCGGCCAGCAGACGACCACGTTTACCGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CACACTGGAGATGTCATGAGCCTTTCTCTTGCTCCTGACACCAGACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134907 CACACTGGAGATGTCATGAGCCTTTCTCTTGCTCCTGACACCAGACTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGTCTCTGGTGCTTGTGATGCTTCAGCCAAACTCTGGGATGTGCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134957 CGTCTCTGGTGCTTGTGATGCTTCAGCCAAACTCTGGGATGTGCGAGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCATGTGCCGGCAGACCTTCACTGGCCACGAGTCTGACATCAATGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135007 GCATGTGCCGGCAGACCTTCACTGGCCACGAGTCTGACATCAATGCCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGC         TTCTTTCCAAATGGCAATGCATTTGCCACTGGCTCAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135057 TGCGTG...CAGTTCTTTCCAAATGGCAATGCATTTGCCACTGGCTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGACGCCACCTGCAGGCTGTTTGACCTTCGTGCTGACCAGGAGCTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136223 CGACGCCACCTGCAGGCTGTTTGACCTTCGTGCTGACCAGGAGCTCATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTTACTCCCATGACAACATCATCTGCGGGATCACCTCTGTCTCCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136273 CTTACTCCCATGACAACATCATCTGCGGGATCACCTCTGTCTCCTTCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGAGCGGGCGCCTCCTCCTTGCTGGGTACGACGACTTCAACTGCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136323 AAGAGCGGGCGCCTCCTCCTTGCTGGGTACGACGACTTCAACTGCAACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGGGATGCACTCAAAGCCGACCGGGCAG         GTGTCTTGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 136373 CTGGGATGCACTCAAAGCCGACCGGGCAGGTA...CAGGTGTCTTGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGCATGACAACCGCGTCAGCTGCCTGGGCGTGACTGACGATGGCATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138029 GGCATGACAACCGCGTCAGCTGCCTGGGCGTGACTGACGATGGCATGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGCGACAGGGTCCTGGGATAGCTTCCTCAAGATCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138079 GTGGCGACAGGGTCCTGGGATAGCTTCCTCAAGATCTGGAAC