seq1 = pF1KB3440.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KB3440/gi568815592f_32976042.tfa (gi568815592f:32976042_33185889), 209848 bp

>pF1KB3440 774
>gi568815592f:32976042_33185889 (Chr6)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-364  (104631-104894)   98% ->
365-646  (108909-109190)   100% ->
647-757  (109738-109848)   100% ->
758-774  (110178-110194)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGGTTCTGCAGGTTTCTGCGGCCCCCCGGACAGTGGCTCTGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGGTTCTGCAGGTTTCTGCGGCCCCCCGGACAGTGGCTCTGACGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTACTGATGGTGCTGCTCACATCTGTGGTCCAGGGCAGGGCCACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTACTGATGGTGCTGCTCACATCTGTGGTCCAGGGCAGGGCCACTCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          AGAATTACCTTTTCCAGGGACGGCAGGAATGCTACGCGTTT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGAGAATTACCTTTTCCAGGGACGGCAGGAATGCTACGCGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGGGACACAGCGCTTCCTGGAGAGATACATCTACAACCGGGAGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104672 AATGGGACACAGCGCTTCCTGGAGAGATACATCTACAACCGGGAGGAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTTCCGGGCGGTGACGGAGCTGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104722 CGCGCGCTTCGACAGCGACGTGGGGGAGTTCCGGGCGGTGACGGAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCGGCCTGATGAGGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACATCCTGGAGGAG
        ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104772 GGCGGCCTGCTGCGGAGTACTGGAACAGCCAGAAGGACATCCTGGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGCGGGCAGTGCCGGACAGGATGTGCAGACACAACTACGAGCTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104822 AAGCGGGCAGTGCCGGACAGGATGTGCAGACACAACTACGAGCTGGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCATGACCCTGCAGCGCCGAG         TCCAGCCTAGGGTGAATG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104872 GCCCATGACCCTGCAGCGCCGAGGTG...TAGTCCAGCCTAGGGTGAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTTCCCCCTCCAAGAAGGGGCCCTTGCAGCACCACAACCTGCTTGTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108927 TTTCCCCCTCCAAGAAGGGGCCCTTGCAGCACCACAACCTGCTTGTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CACGTGACGGATTTCTACCCAGGCAGCATTCAAGTCCGATGGTTCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108977 CACGTGACGGATTTCTACCCAGGCAGCATTCAAGTCCGATGGTTCCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGACAGGAGGAAACAGCTGGGGTCGTGTCCACCAACCTGATCCGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109027 TGGACAGGAGGAAACAGCTGGGGTCGTGTCCACCAACCTGATCCGTAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GAGACTGGACCTTCCAGATCCTGGTGATGCTGGAAATGACCCCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109077 GAGACTGGACCTTCCAGATCCTGGTGATGCTGGAAATGACCCCCCAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGAGATGTCTACACCTGCCAAGTGGAGCACACCAGCCTGGATAGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109127 GGAGATGTCTACACCTGCCAAGTGGAGCACACCAGCCTGGATAGTCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CACCGTGGAGTGGA         AGGCACAGTCTGATTCTGCCCGGAGTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109177 CACCGTGGAGTGGAGTG...CAGAGGCACAGTCTGATTCTGCCCGGAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGACATTGACGGGAGCTGGGGGCTTCGTGCTGGGGCTCATCATCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109765 AGACATTGACGGGAGCTGGGGGCTTCGTGCTGGGGCTCATCATCTGTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGGGCATCTTCATGCACAGGAGGAGCAAGAAAG         TTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109815 GTGGGCATCTTCATGCACAGGAGGAGCAAGAAAGGTG...CAGTTCAACG

    800     .    :
    765 AGGATCTGCA
        ||||||||||
 110185 AGGATCTGCA