seq1 = pF1KB3437.tfa, 657 bp
seq2 = pF1KB3437/gi568815597f_110791409.tfa (gi568815597f:110791409_110999192), 207784 bp

>pF1KB3437 657
>gi568815597f:110791409_110999192 (Chr1)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-252  (100937-101125)   100% ->
253-327  (102919-102993)   100% ->
328-423  (103552-103647)   100% ->
424-504  (105245-105325)   100% ->
505-588  (106401-106484)   100% ->
589-657  (107716-107784)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCATGAGTAGCTTGAAACTGCTGAAGTATGTCCTGTTTTTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCATGAGTAGCTTGAAACTGCTGAAGTATGTCCTGTTTTTCTTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGCTCTTTTGG         ATCTGTGGCTGCTGCATTTTGGGCTTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGCTCTTTTGGGTA...CAGATCTGTGGCTGCTGCATTTTGGGCTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGATCTACCTGCTGATCCACAACAACTTCGGAGTGCTCTTCCATAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100965 GGATCTACCTGCTGATCCACAACAACTTCGGAGTGCTCTTCCATAACCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTCCCTCACGCTGGGCAATGTGTTTGTCATCGTGGGCTCTATTATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 CCCTCCCTCACGCTGGGCAATGTGTTTGTCATCGTGGGCTCTATTATCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTAGTTGCCTTCCTGGGCTGCATGGGCTCTATCAAGGAAAACAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 GGTAGTTGCCTTCCTGGGCTGCATGGGCTCTATCAAGGAAAACAAGTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCTTATGTCG         TTCTTCATCCTGCTGCTGATTATCCTCCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101115 TGCTTATGTCGGTG...CAGTTCTTCATCCTGCTGCTGATTATCCTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGAGGTGACCTTGGCCATCCTGCTCTTTGTATATGAACAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102949 GCTGAGGTGACCTTGGCCATCCTGCTCTTTGTATATGAACAGAAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     CTGAATGAGTATGTGGCTAAGGGTCTGACCGACAGCATCCACCGTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102999 .CAGCTGAATGAGTATGTGGCTAAGGGTCTGACCGACAGCATCCACCGTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCACTCAGACAATAGCACCAAGGCAGCGTGGGACTCCATCCAGTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103598 ACCACTCAGACAATAGCACCAAGGCAGCGTGGGACTCCATCCAGTCATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          CTGCAGTGTTGTGGTATAAATGGCACGAGTGATTGGACCAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103648 GTG...TAGCTGCAGTGTTGTGGTATAAATGGCACGAGTGATTGGACCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGGCCCACCAGCATCTTGCCCCTCAGATCGAAAAGTGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105286 TGGCCCACCAGCATCTTGCCCCTCAGATCGAAAAGTGGAGGTA...TAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTTGCTATGCGAAAGCAAGACTGTGGTTTCATTCCAATTTCCTGTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106402 GTTGCTATGCGAAAGCAAGACTGTGGTTTCATTCCAATTTCCTGTATATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAATCATCACCATCTGTGTATGTGTGATTGAG         GTGTTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106452 GGAATCATCACCATCTGTGTATGTGTGATTGAGGTA...CAGGTGTTGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATGTCCTTTGCACTGACCCTGAACTGCCAGATTGACAAAACCAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107724 GATGTCCTTTGCACTGACCCTGAACTGCCAGATTGACAAAACCAGCCAGA

    700     .    :
    647 CCATAGGGCTA
        |||||||||||
 107774 CCATAGGGCTA