seq1 = pF1KB3433.tfa, 1281 bp
seq2 = pF1KB3433/gi568815583r_66399410.tfa (gi568815583r:66399410_66603530), 204121 bp

>pF1KB3433 1281
>gi568815583r:66399410_66603530 (Chr15)

(complement)

1-175  (100000-100173)   99% ->
176-282  (100367-100473)   100% ->
283-421  (100781-100919)   100% ->
422-546  (101619-101743)   100% ->
547-676  (102027-102156)   100% ->
677-833  (102426-102582)   100% ->
834-917  (103155-103238)   100% ->
918-1038  (103355-103475)   99% ->
1039-1281  (103879-104121)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTGTGCTCGCCCACTGATATCGGTGTACTCCGAAAAGGGGGAGTC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGCGTGTGCTCGCCCACTGATATCGGTGTACTCCGAAAAGGGGGAGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCTGGCAAAAATGTCACTTTGCCTGCTGTATTCAAGGCTCCTATTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ATCTGGCAAAAATGTCACTTTGCCTGCTGTATTCAAGGCTCCTATTCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGATATTGTGAACTTTGTTCACACCAACTTGCGCAAAAACAACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 CAGATATTGTGAACTTTGTTCACACCAACTTGCGCAAAAACAACAGACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTATGCTGTCAGTGAATTAGCAG         GTCATCAGACTAGTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100149 CCCTATGCTGTCAGTGAATTAGCAGGTA...TAGGTCATCAGACTAGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAGTCTTGGGGTACTGGCAGAGCTGTGGCTCGAATTCCCAGAGTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100383 TGAGTCTTGGGGTACTGGCAGAGCTGTGGCTCGAATTCCCAGAGTTCGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGGTGGGACTCACCGCTCTGGCCAGGGTGCTTTTGGAAAC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100433 GTGGTGGGACTCACCGCTCTGGCCAGGGTGCTTTTGGAAACGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTGTCGTGGAGGCCGAATGTTTGCACCAACCAAAACCTGGCGCCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100781 ATGTGTCGTGGAGGCCGAATGTTTGCACCAACCAAAACCTGGCGCCGTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCATCGTAGAGTGAACACAACCCAAAAACGATACGCCATCTGTTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100831 GCATCGTAGAGTGAACACAACCCAAAAACGATACGCCATCTGTTCTGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGCTGCCTCAGCCCTACCAGCACTGGTCATGTCTAAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100881 TGGCTGCCTCAGCCCTACCAGCACTGGTCATGTCTAAAGGTT...TAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CATCGTATTGAGGAAGTTCCTGAACTTCCTTTGGTAGTTGAAGATAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101621 CATCGTATTGAGGAAGTTCCTGAACTTCCTTTGGTAGTTGAAGATAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAAGGCTACAAGAAGACCAAGGAAGCTGTTTTGCTCCTTAAGAAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101671 TGAAGGCTACAAGAAGACCAAGGAAGCTGTTTTGCTCCTTAAGAAACTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGCCTGGAATGATATCAAAAAG         GTCTATGCCTCTCAGCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101721 AAGCCTGGAATGATATCAAAAAGGTC...TAGGTCTATGCCTCTCAGCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGAGAGCTGGCAAAGGCAAAATGAGAAACCGTCGCCGTATCCAGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102045 ATGAGAGCTGGCAAAGGCAAAATGAGAAACCGTCGCCGTATCCAGCGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGCCCGTGCATCATCTATAATGAGGATAATGGTATCATCAAGGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102095 GGGCCCGTGCATCATCTATAATGAGGATAATGGTATCATCAAGGCCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAACATCCCTG         GAATTACTCTGCTTAATGTAAGCAAGCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 102145 GAAACATCCCTGGTA...AAGGAATTACTCTGCTTAATGTAAGCAAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AACATTTTGAAGCTTGCTCCTGGTGGGCATGTGGGACGTTTCTGCATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102455 AACATTTTGAAGCTTGCTCCTGGTGGGCATGTGGGACGTTTCTGCATTTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GACTGAAAGTGCTTTCCGGAAGTTAGATGAATTGTACGGCACTTGGCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102505 GACTGAAAGTGCTTTCCGGAAGTTAGATGAATTGTACGGCACTTGGCGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAGCCGCTTCCCTCAAGAGTAACTACAA         TCTTCCCATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102555 AAGCCGCTTCCCTCAAGAGTAACTACAAGTA...CAGTCTTCCCATGCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGATGATTAATACAGATCTTAGCAGAATCTTGAAAAGCCCAGAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103168 AAGATGATTAATACAGATCTTAGCAGAATCTTGAAAAGCCCAGAGATCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAGAGCCCTTCGAGCACCACG         CAAGAAGATCCATCGCAGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103218 AAGAGCCCTTCGAGCACCACGGTA...TAGCAAGAAGATCCATCGCAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCCTAAAGAAGAACCCACTGAAAAACTTGAGAATCATGTTGAAGCTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103375 TCCTAAAGAAGAACCCACTGAAAAACTTGAGAATCATGTTGAAGCTAAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCATATGCAAAGACCATGCGCCGGAACACCATTCTTTGCCAGGCCAGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 103425 CCATATGCAAAGACCATGCGCCGGAACACCATTCTTCGCCAGGCCAGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 T         CACAAGCTCCGGGTGGATAAGGCAGCTGCTGCAGCAGCGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103475 TGTG...CAGCACAAGCTCCGGGTGGATAAGGCAGCTGCTGCAGCAGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CACTACAAGCCAAATCAGATGAGAAGGCGGCGGTTGCAGGCAAGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103919 CACTACAAGCCAAATCAGATGAGAAGGCGGCGGTTGCAGGCAAGAAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTGGTAGGTAAGAAAGGAAAGAAGGCTGCTGTTGGTGTTAAGAAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103969 GTGGTAGGTAAGAAAGGAAAGAAGGCTGCTGTTGGTGTTAAGAAGCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAAGCCTCTGGTGGGAAAAAAGGCAGCAGCTACCAAGAAACCAGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104019 GAAGCCTCTGGTGGGAAAAAAGGCAGCAGCTACCAAGAAACCAGCCCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AAAAGAAGCCTGCAGAGAAGAAACCTACTACAGAGGAGAAGAAGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104069 AAAAGAAGCCTGCAGAGAAGAAACCTACTACAGAGGAGAAGAAGCCTGCT

   1350 
   1279 GCA
        |||
 104119 GCA