seq1 = pF1KB3431.tfa, 675 bp
seq2 = pF1KB3431/gi568815596f_206059980.tfa (gi568815596f:206059980_206262880), 202901 bp

>pF1KB3431 675
>gi568815596f:206059980_206262880 (Chr2)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-203  (100609-100731)   100% ->
204-330  (101367-101493)   100% ->
331-397  (102059-102125)   100% ->
398-523  (102510-102635)   100% ->
524-675  (102750-102901)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTTCGGAGACCTGAAAAGCCCTGCCGGCCTCCAGGTGCTCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTTTCGGAGACCTGAAAAGCCCTGCCGGCCTCCAGGTGCTCAACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTACCTGGCGGACAAGAGCTACATCGAGGG         GTATGTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 TTACCTGGCGGACAAGAGCTACATCGAGGGGTG...CAGGTATGTGCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAAGCAGATGTGGCAGTATTTGAAGCCGTGTCCAGCCCACCGCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100620 CACAAGCAGATGTGGCAGTATTTGAAGCCGTGTCCAGCCCACCGCCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACTTGTGTCATGCCCTACGTTGGTATAATCACATCAAGTCTTACGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100670 GACTTGTGTCATGCCCTACGTTGGTATAATCACATCAAGTCTTACGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAAAGGCCAG         CCTGCCAGGAGTGAAGAAAGCTTTGGGCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100720 GGAAAAGGCCAGGTA...AAGCCTGCCAGGAGTGAAGAAAGCTTTGGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATATGGTCCTGCCGATGTGGAAGACACTACAGGAAGTGGAGCTACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101396 AATATGGTCCTGCCGATGTGGAAGACACTACAGGAAGTGGAGCTACAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTAAAGATGATGATGACATTGACCTCTTTGGATCTGATGATGAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101446 AGTAAAGATGATGATGACATTGACCTCTTTGGATCTGATGATGAGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GAAAGTGAAGAAGCAAAGAGGCTAAGGGAAGAACGTCTTGCAC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101496 A...CAGGAAAGTGAAGAAGCAAAGAGGCTAAGGGAAGAACGTCTTGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATATGAATCAAAGAAAGCCAAAA         AACCTGCACTTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102102 AATATGAATCAAAGAAAGCCAAAAGTA...TAGAACCTGCACTTGTTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGTCTTCCATCTTACTAGATGTGAAACCTTGGGATGATGAGACAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102527 AAGTCTTCCATCTTACTAGATGTGAAACCTTGGGATGATGAGACAGATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGCGAAATTAGAGGAGTGCGTCAGAAGCATTCAAGCAGACGGCTTAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102577 GGCGAAATTAGAGGAGTGCGTCAGAAGCATTCAAGCAGACGGCTTAGTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGGCTCAT         CTAAACTAGTTCCAGTGGGATACGGAATTAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102627 GGGGCTCATGTG...TAGCTAAACTAGTTCCAGTGGGATACGGAATTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAACTTCAAATACAGTGTGTAGTTGAAGATGATAAAGTTGGAACAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102782 AAACTTCAAATACAGTGTGTAGTTGAAGATGATAAAGTTGGAACAGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTGGAGGAGCAGATCACTGCTTTTGAGGACTATGTGCAGTCCATGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 GCTGGAGGAGCAGATCACTGCTTTTGAGGACTATGTGCAGTCCATGGATG

    700     .    :    .    :
    656 TGGCTGCTTTCAACAAGATC
        ||||||||||||||||||||
 102882 TGGCTGCTTTCAACAAGATC