seq1 = pF1KB3428.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KB3428/gi568815583f_74790525.tfa (gi568815583f:74790525_74997727), 207203 bp

>pF1KB3428 1269
>gi568815583f:74790525_74997727 (Chr15)

1-16  (99550-99565)   100% ->
17-144  (100003-100130)   100% ->
145-345  (100855-101055)   100% ->
346-487  (102137-102278)   100% ->
488-670  (102614-102796)   100% ->
671-844  (105628-105801)   100% ->
845-1053  (106487-106695)   100% ->
1054-1269  (106988-107203)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCTCCGCGAG         TATTCCCACTTTCCTGTGCGGTGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  99550 ATGGCCGCTCCGCGAGGTG...TAGTATTCCCACTTTCCTGTGCGGTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGTATGCCTGGGGGAAGATGGGTTCCAACAGCGAAGTGGCGCGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 GCAGTATGCCTGGGGGAAGATGGGTTCCAACAGCGAAGTGGCGCGGCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCAGCAGTGATCCACTGGCCCAGATCGCAGAGGACAAGCCTTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 TGGCCAGCAGTGATCCACTGGCCCAGATCGCAGAGGACAAGCCTTATGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAG         TTGTGGATGGGGACTCACCCCCGAGGGGATGCCAAGAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 GAGGTG...CAGTTGTGGATGGGGACTCACCCCCGAGGGGATGCCAAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTTGACAACCGCATCTCACAGAAGACCCTAAGCCAGTGGATTGCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 CCTTGACAACCGCATCTCACAGAAGACCCTAAGCCAGTGGATTGCTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGGACAGCTTGGGCTCAAAGGTCAAGGACACCTTTAATGGCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 ACCAGGACAGCTTGGGCTCAAAGGTCAAGGACACCTTTAATGGCAACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCTTCCTCTTCAAAGTGCTCTCAGTTGAAACACCCCTGTCCATCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 CCCTTCCTCTTCAAAGTGCTCTCAGTTGAAACACCCCTGTCCATCCAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACCCTAACAAG         GAGCTGGCAGAGAAGCTGCACCTCCAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101043 ACACCCTAACAAGGTA...CAGGAGCTGGCAGAGAAGCTGCACCTCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCCGCAGCACTACCCCGATGCCAACCACAAGCCAGAGATGGCCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102165 CTCCGCAGCACTACCCCGATGCCAACCACAAGCCAGAGATGGCCATTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCACCCCCTTCCAGGGCTTGTGTGGCTTCCGGCCAGTTGAGGAGATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102215 CTCACCCCCTTCCAGGGCTTGTGTGGCTTCCGGCCAGTTGAGGAGATTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AACCTTTCTAAAGA         AGGTGCCTGAGTTTCAGTTCCTGATTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102265 AACCTTTCTAAAGAGTA...TAGAGGTGCCTGAGTTTCAGTTCCTGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGATGAGGCAGCAACACACCTGAAGCAGACCATGAGCCATGACTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102641 GAGATGAGGCAGCAACACACCTGAAGCAGACCATGAGCCATGACTCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGTGGCCTCCTCTCTGCAGAGCTGTTTCTCCCACCTGATGAAGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102691 GCTGTGGCCTCCTCTCTGCAGAGCTGTTTCTCCCACCTGATGAAGAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAGAAGGTGGTGGTGGAACAGCTCAACCTGTTGGTGAAGCGGATCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102741 GAAGAAGGTGGTGGTGGAACAGCTCAACCTGTTGGTGAAGCGGATCTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCAAG         CGGCTGCCGGAAACAACATGGAGGACATCTTTGGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102791 AGCAAGGTG...CAGCGGCTGCCGGAAACAACATGGAGGACATCTTTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCTTTTGCTACAGCTGCACCAGCAGTACCCAGGTGATATCGGCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105663 GAGCTTTTGCTACAGCTGCACCAGCAGTACCCAGGTGATATCGGCTGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCCATCTACTTCCTGAACCTGCTTACCCTGAAGCCTGGGGAGGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105713 TGCCATCTACTTCCTGAACCTGCTTACCCTGAAGCCTGGGGAGGCCATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TTCTGGAGGCCAACGTACCCCATGCCTACCTGAAAGGAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105763 TTCTGGAGGCCAACGTACCCCATGCCTACCTGAAAGGAGGTG...CAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGCGTGGAGTGCATGGCGTGTTCAGACAACACAGTTCGTGCTGGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106489 TGCGTGGAGTGCATGGCGTGTTCAGACAACACAGTTCGTGCTGGCCTGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACCCAAGTTCATTGATGTGCCAACCCTGTGTGAAATGCTCAGCTATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106539 ACCCAAGTTCATTGATGTGCCAACCCTGTGTGAAATGCTCAGCTATACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CTAGCTCCAGCAAGGACAGGCTCTTTCTCCCAACACGGAGTCAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106589 CTAGCTCCAGCAAGGACAGGCTCTTTCTCCCAACACGGAGTCAGGAAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCCTACCTCTCAATCTATGACCCCCCTGTACCAGACTTCACCATTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106639 CCCTACCTCTCAATCTATGACCCCCCTGTACCAGACTTCACCATTATGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GACGGAG         GTCCCTGGCTCTGTCACTGAATACAAGGTCTTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 GACGGAGGTG...CAGGTCCCTGGCTCTGTCACTGAATACAAGGTCTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CACTGGACTCTGCCAGCATCCTCCTGATGGTACAGGGGACAGTAATAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107022 CACTGGACTCTGCCAGCATCCTCCTGATGGTACAGGGGACAGTAATAGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGCACACCCACAACCCAGACACCAATCCCTCTGCAACGTGGTGGCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107072 AGCACACCCACAACCCAGACACCAATCCCTCTGCAACGTGGTGGCGTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTTCATTGGGGCCAATGAGAGTGTCTCACTGAAGCTTACTGAGCCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107122 CTTCATTGGGGCCAATGAGAGTGTCTCACTGAAGCTTACTGAGCCGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :
   1238 ACCTGCTGATATTCCGTGCCTGCTGTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107172 ACCTGCTGATATTCCGTGCCTGCTGTCTGCTG