seq1 = pF1KB3427.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB3427/gi568815576f_40246559.tfa (gi568815576f:40246559_40466519), 219961 bp

>pF1KB3427 1275
>gi568815576f:40246559_40466519 (Chr22)

1-153  (100001-100153)   100% ->
154-357  (103274-103477)   100% ->
358-402  (106515-106559)   100% ->
403-482  (107690-107769)   100% ->
483-654  (112306-112477)   100% ->
655-701  (112702-112748)   100% ->
702-792  (113844-113934)   100% ->
793-862  (114715-114784)   100% ->
863-1010  (114930-115077)   100% ->
1011-1101  (116423-116513)   100% ->
1102-1191  (117718-117807)   100% ->
1192-1275  (119878-119961)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTGGAGGCGATCATGGTTCGCCCGACAGCTACCGCTCACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTGGAGGCGATCATGGTTCGCCCGACAGCTACCGCTCACCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCTCCCGCTATGCCAGCCCGGAGATGTGCTTCGTGTTTAGCGACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCTCCCGCTATGCCAGCCCGGAGATGTGCTTCGTGTTTAGCGACAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATAAATTCCGGACATGGCGGCAGCTGTGGCTGTGGCTGGCGGAGGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATAAATTCCGGACATGGCGGCAGCTGTGGCTGTGGCTGGCGGAGGCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAG         ACATTGGGTTTGCCTATCACAGATGAACAAATCCAGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGTA...CAGACATTGGGTTTGCCTATCACAGATGAACAAATCCAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGAAATCAAACCTGGAGAACATCGACTTCAAGATGGCAGCTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103312 GATGAAATCAAACCTGGAGAACATCGACTTCAAGATGGCAGCTGAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAACGTTTACGACATGATGTGATGGCTCACGTGCACACATTTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103362 AGAAACGTTTACGACATGATGTGATGGCTCACGTGCACACATTTGGCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCTGTCCAAAAGCTGCAGGCATTATTCACCTTGGTGCTACTTCTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 TGCTGTCCAAAAGCTGCAGGCATTATTCACCTTGGTGCTACTTCTTGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTTGGAGACAATACT         GACTTGATTATTCTTAGAAATGCAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 103462 TGTTGGAGACAATACTGTA...TAGGACTTGATTATTCTTAGAAATGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGACCTGCTTTTGCCAAAG         CTTGCCAGAGTGATCTCTCGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106540 TTGACCTGCTTTTGCCAAAGGTA...TAGCTTGCCAGAGTGATCTCTCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTGCCGACTTTGCTAAGGAACGAGCCAGTCTACCCACATTAGGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107711 CTTGCCGACTTTGCTAAGGAACGAGCCAGTCTACCCACATTAGGTTTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACATTTCCA         GCCTGCACAGCTGACCACAGTTGGGAAACGTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107761 ACATTTCCAGTA...CAGGCCTGCACAGCTGACCACAGTTGGGAAACGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTGTCTTTGGATTCAGGATCTTTGCATGGATCTCCAGAACTTGAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112338 GCTGTCTTTGGATTCAGGATCTTTGCATGGATCTCCAGAACTTGAAGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCCGAGATGACCTGCGCTTCCGGGGAGTAAAGGGTACCACTGGCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112388 GTCCGAGATGACCTGCGCTTCCGGGGAGTAAAGGGTACCACTGGCACTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCAGTTTCCTGCAGCTCTTTGAGGGAGATGACCATAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112438 GGCCAGTTTCCTGCAGCTCTTTGAGGGAGATGACCATAAGGTA...AAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGAGCAGCTTGACAAGATGGTGACAGAAAAGGCAGGATTTAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112703 TAGAGCAGCTTGACAAGATGGTGACAGAAAAGGCAGGATTTAAGAGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702      AGCTTTCATCATCACAGGGCAGACATATACACGAAAAGTGGATAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112753 ..TAGAGCTTTCATCATCACAGGGCAGACATATACACGAAAAGTGGATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGAAGTACTGTCTGTGCTGGCTAGCTTGGGGGCATCAGTGCACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113889 TGAAGTACTGTCTGTGCTGGCTAGCTTGGGGGCATCAGTGCACAAGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793      ATTTGCACCGACATACGCCTCCTGGCAAACCTCAAGGAGATGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113939 ..CAGATTTGCACCGACATACGCCTCCTGGCAAACCTCAAGGAGATGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAACCCTTTGAAAAACAGCAGATTG         GCTCAAGTGCGATGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114760 GAACCCTTTGAAAAACAGCAGATTGGTG...CAGGCTCAAGTGCGATGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ATATAAGCGGAATCCCATGCGTTCAGAACGTTGCTGCAGTCTTGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114946 ATATAAGCGGAATCCCATGCGTTCAGAACGTTGCTGCAGTCTTGCCCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCTGATGACCCTTGTCATGGACCCGCTACAGACAGCATCTGTCCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114996 ACCTGATGACCCTTGTCATGGACCCGCTACAGACAGCATCTGTCCAGTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TTTGAACGCACACTGGATGATAGTGCCAACCG         ACGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115046 TTTGAACGCACACTGGATGATAGTGCCAACCGGTC...TAGACGGATCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTTGGCCGAGGCATTTCTTACCGCAGATACTATATTGAATACGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116432 TTTGGCCGAGGCATTTCTTACCGCAGATACTATATTGAATACGCTGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACATTTCTGAAGGATTGGTCGTGTACCCCAAA         GTAATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116482 ACATTTCTGAAGGATTGGTCGTGTACCCCAAAGTA...TAGGTAATTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CGGCGCATTCGGCAAGAGCTGCCTTTCATGGCCACAGAGAACATCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117727 CGGCGCATTCGGCAAGAGCTGCCTTTCATGGCCACAGAGAACATCATCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCCATGGTCAAAGCTGGAGGTAGCCGCCAG         GTGCAGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117777 GGCCATGGTCAAAGCTGGAGGTAGCCGCCAGGTT...CAGGTGCAGAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCTTAGAAGAGGAGGTGTATCCCCTGTTAAAACCATATGAAAGCGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119888 TCTTAGAAGAGGAGGTGTATCCCCTGTTAAAACCATATGAAAGCGTGATG

   1350     .    :    .    :
   1252 AAGGTGAAAGCAGAATTATGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||
 119938 AAGGTGAAAGCAGAATTATGTCTG