seq1 = pF1KB3424.tfa, 1320 bp
seq2 = pF1KB3424/gi568815584f_90159159.tfa (gi568815584f:90159159_90372404), 213246 bp

>pF1KB3424 1320
>gi568815584f:90159159_90372404 (Chr14)

1-57  (100000-100055)   98% ->
58-154  (100957-101053)   100% ->
155-279  (104160-104284)   100% ->
280-465  (104504-104689)   100% ->
466-594  (104883-105011)   100% ->
595-691  (105912-106008)   100% ->
692-881  (109066-109255)   100% ->
882-1033  (110239-110390)   100% ->
1034-1188  (111040-111194)   100% ->
1189-1320  (113115-113246)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTCAAAGTCAGAGTGGTGGTCATGGTCCTGGAGGTGGCAAGAAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGTCAAAGTCAGAGTGGTGGTCATGGTCCTGGAGGTGGCAAGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACAAG         GACAAGAAAAAGAAATATGAACCTCCTGTACCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TGACAAGGTA...AAGGACAAGAAAAAGAAATATGAACCTCCTGTACCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTAGAGTGGGGAAAAAGAAGAAGAAAACAAAGGGACCAGATGCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100991 CTAGAGTGGGGAAAAAGAAGAAGAAAACAAAGGGACCAGATGCTGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAACTGCCACTGG         TGACACCTCACACTCAGTGCCGGTTAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101041 AAACTGCCACTGGGTA...CAGTGACACCTCACACTCAGTGCCGGTTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTACTGAAGTTAGAGAGAATTAAAGACTATCTTCTCATGGAGGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104188 ATTACTGAAGTTAGAGAGAATTAAAGACTATCTTCTCATGGAGGAAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATTAGAAATCAGGAACAAATGAAACCATTAGAAGAAAAGCAAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104238 TCATTAGAAATCAGGAACAAATGAAACCATTAGAAGAAAAGCAAGAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       GAGGAAAGATCAAAAGTGGATGATCTGAGGGGGACCCCGATGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104288 ...TAGGAGGAAAGATCAAAAGTGGATGATCTGAGGGGGACCCCGATGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTAGGAACCTTGGAAGAGATCATTGATGACAATCATGCCATCGTGTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104548 AGTAGGAACCTTGGAAGAGATCATTGATGACAATCATGCCATCGTGTCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CATCTGTGGGCTCAGAACACTACGTCAGCATTCTTTCATTTGTAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104598 CATCTGTGGGCTCAGAACACTACGTCAGCATTCTTTCATTTGTAGACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATCTGCTGGAACCTGGCTGCTCGGTCCTGCTCAACCACAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104648 GATCTGCTGGAACCTGGCTGCTCGGTCCTGCTCAACCACAAGGTG...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  GTGCATGCCGTGATAGGGGTGCTGATGGATGACACGGATCCCCTGGTCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104882 GGTGCATGCCGTGATAGGGGTGCTGATGGATGACACGGATCCCCTGGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGTGATGAAGGTAGAAAAGGCCCCCCAGGAGACCTATGCAGATATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104932 CAGTGATGAAGGTAGAAAAGGCCCCCCAGGAGACCTATGCAGATATTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGTTGGACAACCAAATTCAGGAAATTAAG         GAATCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104982 GGGTTGGACAACCAAATTCAGGAAATTAAGGTA...TAGGAATCTGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTTCCTCTCACCCATCCTGAATATTATGAAGAGATGGGTATAAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105923 GCTTCCTCTCACCCATCCTGAATATTATGAAGAGATGGGTATAAAGCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTAAGGGGGTCATTCTCTATGGTCCACCTGGCACAG         GTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105973 CTAAGGGGGTCATTCTCTATGGTCCACCTGGCACAGGTA...TAGGTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACCTTGTTAGCCAAAGCAGTAGCAAACCAAACCTCAGCCACTTTCTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109071 ACCTTGTTAGCCAAAGCAGTAGCAAACCAAACCTCAGCCACTTTCTTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTGGTTGGCTCTGAACTTATTCAGAAGTACCTAGGTGATGGGCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109121 AGTGGTTGGCTCTGAACTTATTCAGAAGTACCTAGGTGATGGGCCCAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCGTACGGGAATTGTTCCGAGTTGCTGAAGAACATGCACCGTCCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 TCGTACGGGAATTGTTCCGAGTTGCTGAAGAACATGCACCGTCCATCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTATTGATGAAATTGACGCCATTGGGACAAAAAG         ATATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109221 TTTATTGATGAAATTGACGCCATTGGGACAAAAAGGTA...AAGATATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTCCAATTCTGGTGGTGAGAGAGAAATTCAGCGAACAATGTTGGAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110245 CTCCAATTCTGGTGGTGAGAGAGAAATTCAGCGAACAATGTTGGAACTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAACCAGTTGGATGGATTTGATTCTAGGGGAGATGTGAAAGTTATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110295 TGAACCAGTTGGATGGATTTGATTCTAGGGGAGATGTGAAAGTTATCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCACAAACCGAATAGAAACTTTGGATCCAGCACTTATCAGACCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110345 GCCACAAACCGAATAGAAACTTTGGATCCAGCACTTATCAGACCAGGTT.

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034      GCCGCATTGACAGGAAGATTGAGTTCCCCCTGCCTGATGAAAAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110395 ..CAGGCCGCATTGACAGGAAGATTGAGTTCCCCCTGCCTGATGAAAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGAAGAAGCGCATCTTTCAGATTCACACAAGCAGGATGACGCTGGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111085 CGAAGAAGCGCATCTTTCAGATTCACACAAGCAGGATGACGCTGGCTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATGTAACCCTGGACGACCTGATCATGGCTAAAGATGACCTCTCTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111135 GATGTAACCCTGGACGACCTGATCATGGCTAAAGATGACCTCTCTGGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGACATCAAG         GCAATCTGTACAGAAGCTGGTCTGATGGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111185 TGACATCAAGGTG...CAGGCAATCTGTACAGAAGCTGGTCTGATGGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAAGAGAACGTAGAATGAAAGTAACAAATGAAGACTTCAAAAAATCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113146 TAAGAGAACGTAGAATGAAAGTAACAAATGAAGACTTCAAAAAATCTAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAAAATGTTCTTTATAAGAAACAGGAAGGCACCCCTGAGGGGCTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113196 GAAAATGTTCTTTATAAGAAACAGGAAGGCACCCCTGAGGGGCTGTATCT

   1400 
   1320 C
        |
 113246 C