seq1 = pF1KB3423.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KB3423/gi568815597f_40638844.tfa (gi568815597f:40638844_40870825), 231982 bp

>pF1KB3423 1002
>gi568815597f:40638844_40870825 (Chr1)

1-105  (100001-100105)   100% ->
106-177  (108691-108762)   100% ->
178-291  (110730-110843)   100% ->
292-387  (114308-114403)   100% ->
388-561  (119278-119451)   99% ->
562-720  (124045-124203)   100% ->
721-828  (127753-127860)   100% ->
829-888  (130513-130572)   100% ->
889-1002  (131869-131982)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACAGAAGGAGGATTTGGTGGTACTAGCAGCAGTGATGCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACAGAAGGAGGATTTGGTGGTACTAGCAGCAGTGATGCCCAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGCCTACAGTCGTTCTGGCCTCGGGTCATGGAAGAAATCCGGAATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGCCTACAGTCGTTCTGGCCTCGGGTCATGGAAGAAATCCGGAATTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGTG         AAAGACTTCCGAGTGCAGGAACTCCCACTGGCTCGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGTGGTG...CAGAAAGACTTCCGAGTGCAGGAACTCCCACTGGCTCGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTAAGAAGATTATGAAACTGGATGAAGATGTGAAG         ATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108727 ATTAAGAAGATTATGAAACTGGATGAAGATGTGAAGGTG...CAGATGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGTGCAGAAGCGCCTGTACTCTTTGCCAAGGCAGCCCAGATTTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110735 CAGTGCAGAAGCGCCTGTACTCTTTGCCAAGGCAGCCCAGATTTTTATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAGTTGACTCTTCGAGCCTGGATTCACACAGAAGATAACAAGCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110785 CAGAGTTGACTCTTCGAGCCTGGATTCACACAGAAGATAACAAGCGCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTCTACAG         AGAAATGATATCGCCATGGCAATTACAAAATT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 110835 ACTCTACAGGTA...CAGAGAAATGATATCGCCATGGCAATTACAAAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATCAGTTTGATTTTCTCATCGATATTGTTCCAAGAGATGAACTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114340 TGATCAGTTTGATTTTCTCATCGATATTGTTCCAAGAGATGAACTGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCCAAAGCGTCAG         GAGGAGGTGCGCCAGTCTGTAACTCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114390 CTCCAAAGCGTCAGGTG...CAGGAGGAGGTGCGCCAGTCTGTAACTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCGAGCCAGTCCAGTACTATTTCACGCTGGCTCAGCAACCCACCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119305 GCCGAGCCAGTCCAGTACTATTTCACGCTGGCTCAGCAACCCACCGCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCAAGTTCAGGGCCAGCAGCAAGGCCAGCAGACCACCAGCTCCACGACCA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119355 CCAAGTCCAGGGCCAGCAGCAAGGCCAGCAGACCACCAGCTCCACGACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCATCCAGCCTGGGCAGATCATCATCGCACAGCCTCAGCAGGGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119405 CCATCCAGCCTGGGCAGATCATCATCGCACAGCCTCAGCAGGGCCAGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562       ACCACACCTGTGACAATGCAGGTTGGAGAAGGTCAGCAGGTGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119455 ...CAGACCACACCTGTGACAATGCAGGTTGGAGAAGGTCAGCAGGTGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GATTGTCCAGGCTCAGCCACAGGGTCAAGCCCAACAGGCCCAGAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124089 GATTGTCCAGGCTCAGCCACAGGGTCAAGCCCAACAGGCCCAGAGTGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGGACAGACCATGCAGGTGATGCAGCAGATCATCACTAACACAGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124139 CTGGACAGACCATGCAGGTGATGCAGCAGATCATCACTAACACAGGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCCAGCAGATCCCG         GTGCAGCTGAATGCCGGCCAGCTGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 124189 ATCCAGCAGATCCCGGTG...TAGGTGCAGCTGAATGCCGGCCAGCTGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTATATCCGCTTAGCCCAGCCTGTATCAGGCACTCAAGTTGTGCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127779 GTATATCCGCTTAGCCCAGCCTGTATCAGGCACTCAAGTTGTGCAGGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGATCCAGACACTTGCCACCAATGCTCAACAG         ATTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 127829 AGATCCAGACACTTGCCACCAATGCTCAACAGGTA...CAGATTACACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACAGAGGTCCAGCAAGGACAGCAGCAGTTCAGCCAGTTCACAGATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130522 ACAGAGGTCCAGCAAGGACAGCAGCAGTTCAGCCAGTTCACAGATGGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 G         CTCTACCAGATCCAGCAAGTCACCATGCCTGCGGGCCAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130572 GGTA...CAGCTCTACCAGATCCAGCAAGTCACCATGCCTGCGGGCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCTCGCCCAGCCCATGTTCATCCAGTCAGCCAACCAGCCCTCCGACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131909 ACCTCGCCCAGCCCATGTTCATCCAGTCAGCCAACCAGCCCTCCGACGGG

   1050     .    :    .    :
    979 CAGGCCCCCCAGGTGACCGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||
 131959 CAGGCCCCCCAGGTGACCGGCGAC