seq1 = pF1KB3413.tfa, 1017 bp
seq2 = pF1KB3413/gi568815596f_96166351.tfa (gi568815596f:96166351_96371348), 204998 bp

>pF1KB3413 1017
>gi568815596f:96166351_96371348 (Chr2)

1-139  (100001-100139)   100% ->
140-288  (100971-101119)   100% ->
289-400  (101275-101386)   100% ->
401-489  (101486-101574)   100% ->
490-691  (102107-102308)   100% ->
692-779  (102918-103005)   100% ->
780-1017  (104761-104998)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGACTCGCTGGTGCTGCTGGGCCGTGTCCCGGCGCACCCGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGACTCGCTGGTGCTGCTGGGCCGTGTCCCGGCGCACCCGGACTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTGCTGGTTCCTGGCCTGGAACCCCGCGGGGACCCTGCTGGCCTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGCTGCTGGTTCCTGGCCTGGAACCCCGCGGGGACCCTGCTGGCCTCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGGCGGCGACCGGAGAATCCGCATCTGGGGCACGGAGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100101 GCGGCGGCGACCGGAGAATCCGCATCTGGGGCACGGAGGGTA...TAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGCTGGATCTGCAAGTCTGTCCTTTCTGAAGGCCACCAGCGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100973 GACAGCTGGATCTGCAAGTCTGTCCTTTCTGAAGGCCACCAGCGCACCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGAAGGTAGCCTGGTCCCCCTGCGGTAATTACCTGGCCTCTGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101023 GCGGAAGGTAGCCTGGTCCCCCTGCGGTAATTACCTGGCCTCTGCCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGATGCTACCACTTGCATTTGGAAGAAGAACCAGGATGACTTTGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 101073 TTGATGCTACCACTTGCATTTGGAAGAAGAACCAGGATGACTTTGAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289       TGTGTAACCACTCTCGAGGGCCATGAAAATGAGGTCAAGTCAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101123 ...CAGTGTGTAACCACTCTCGAGGGCCATGAAAATGAGGTCAAGTCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCTTGGGCCCCATCTGGCAACCTCCTGGCCACTTGCAGCCGAGATAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101319 GGCTTGGGCCCCATCTGGCAACCTCCTGGCCACTTGCAGCCGAGATAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCGTTTGGGTCTGGGAAG         TTGATGAAGAGGATGAGTATGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101369 GCGTTTGGGTCTGGGAAGGTG...CAGTTGATGAAGAGGATGAGTATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGTCAGTGTTCTCAACTCCCACACACAGGATGTCAAGCATGTGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 TGTGTCAGTGTTCTCAACTCCCACACACAGGATGTCAAGCATGTGGTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCACCCAAGTCAGGAG         CTCTTAGCTTCTGCCAGCTATGATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101559 GCACCCAAGTCAGGAGGTA...CAGCTCTTAGCTTCTGCCAGCTATGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACACAGTGAAGCTGTACCGGGAGGAAGAGGATGACTGGGTATGCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102132 ACACAGTGAAGCTGTACCGGGAGGAAGAGGATGACTGGGTATGCTGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACCCTTGAGGGCCATGAATCCACTGTGTGGAGCTTGGCCTTTGACCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102182 ACCCTTGAGGGCCATGAATCCACTGTGTGGAGCTTGGCCTTTGACCCGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGCCAGCGCCTGGCGTCTTGTAGTGATGACCGTACTGTGCGTATCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102232 TGGCCAGCGCCTGGCGTCTTGTAGTGATGACCGTACTGTGCGTATCTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTCAGTATCTACCAGGCAATGAACAAG         GGGTGGCATGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102282 GTCAGTATCTACCAGGCAATGAACAAGGTG...CAGGGGTGGCATGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCTCTGACCCCAGTTGGAAATGTATCTGTACTTTGTCCGGCTTCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 GGCTCTGACCCCAGTTGGAAATGTATCTGTACTTTGTCCGGCTTCCACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAGGACCATTTATGACATTGCTTG         GTGTCAGCTGACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102982 AAGGACCATTTATGACATTGCTTGGTA...CAGGTGTCAGCTGACAGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCTGGCCACAGCTTGTGGGGATGACGCGATCCGCGTGTTTCAGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104778 CTCTGGCCACAGCTTGTGGGGATGACGCGATCCGCGTGTTTCAGGAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCAACTCGGATCCACAGCAGCCCACCTTCTCCCTGACAGCCCACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104828 CCCAACTCGGATCCACAGCAGCCCACCTTCTCCCTGACAGCCCACTTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCAGGCCCATTCCCAGGATGTCAACTGTGTGGCCTGGAACCCCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104878 TCAGGCCCATTCCCAGGATGTCAACTGTGTGGCCTGGAACCCCAAGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGGGCTACTGGCCTCCTGCAGTGATGATGGGGAGGTGGCCTTCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104928 CAGGGCTACTGGCCTCCTGCAGTGATGATGGGGAGGTGGCCTTCTGGAAG

   1050     .    :    .    :
    997 TATCAGCGGCCTGAAGGCCTC
        |||||||||||||||||||||
 104978 TATCAGCGGCCTGAAGGCCTC