seq1 = pF1KB3410.tfa, 2289 bp
seq2 = pF1KB3410/gi568815581f_42189412.tfa (gi568815581f:42189412_42410666), 221255 bp

>pF1KB3410 2289
>gi568815581f:42189412_42410666 (Chr17)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-285  (100455-100611)   100% ->
286-375  (102561-102650)   100% ->
376-550  (106208-106382)   100% ->
551-681  (110340-110470)   100% ->
682-833  (110719-110870)   100% ->
834-989  (111304-111459)   100% ->
990-1169  (111864-112043)   100% ->
1170-1257  (114931-115018)   100% ->
1258-1380  (115119-115241)   100% ->
1381-1587  (116830-117036)   100% ->
1588-1682  (117991-118085)   100% ->
1683-1813  (118182-118312)   100% ->
1814-1969  (118767-118922)   100% ->
1970-2021  (119636-119687)   100% ->
2022-2129  (119966-120073)   100% ->
2130-2289  (121096-121255)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCTGGATCCAGGCCCAGCAGCTGCAGGGAGACGCGCTGCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCTGGATCCAGGCCCAGCAGCTGCAGGGAGACGCGCTGCGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGCAGGTGCTGTACGGCCAGCACTTCCCCATCGAGGTCCGGCACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGCAGGTGCTGTACGGCCAGCACTTCCCCATCGAGGTCCGGCACTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCCAGTGGATTGAGAGCCAGCCATG         GGATGCCATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 TGGCCCAGTGGATTGAGAGCCAGCCATGGTA...AAGGGATGCCATTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGGACAATCCCCAGGACAGAGCCCAAGCCACCCAGCTCCTGGAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100468 TTGGACAATCCCCAGGACAGAGCCCAAGCCACCCAGCTCCTGGAGGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGCAGGAGCTGCAGAAGAAGGCGGAGCACCAGGTGGGGGAAGATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100518 GGTGCAGGAGCTGCAGAAGAAGGCGGAGCACCAGGTGGGGGAAGATGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTTACTGAAGATCAAGCTGGGGCACTACGCCACGCAGCTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100568 TTTTACTGAAGATCAAGCTGGGGCACTACGCCACGCAGCTCCAGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    AAAACATATGACCGCTGCCCCCTGGAGCTGGTCCGCTGCATCCGGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102558 CAGAAAACATATGACCGCTGCCCCCTGGAGCTGGTCCGCTGCATCCGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATTCTGTACAATGAACAGAGGCTGGTCCGAGAAGCCAACAAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 102608 CATTCTGTACAATGAACAGAGGCTGGTCCGAGAAGCCAACAATGTG...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    376   TGCAGCTCTCCGGCTGGGATCCTGGTTGACGCCATGTCCCAGAAGCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106206 AGTGCAGCTCTCCGGCTGGGATCCTGGTTGACGCCATGTCCCAGAAGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTCAGATCAACCAGACATTTGAGGAGCTGCGACTGGTCACGCAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106256 CTTCAGATCAACCAGACATTTGAGGAGCTGCGACTGGTCACGCAGGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAGAATGAGCTGAAGAAACTGCAGCAGACTCAGGAGTACTTCATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106306 AGAGAATGAGCTGAAGAAACTGCAGCAGACTCAGGAGTACTTCATCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTACCAGGAGAGCCTGAGGATCCAAG         CTCAGTTTGCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106356 AGTACCAGGAGAGCCTGAGGATCCAAGGTG...TAGCTCAGTTTGCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGCCCAGCTGAGCCCCCAGGAGCGTCTGAGCCGGGAGACGGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110354 CTGGCCCAGCTGAGCCCCCAGGAGCGTCTGAGCCGGGAGACGGCCCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGAAGCAGGTGTCTCTGGAGGCCTGGTTGCAGCGTGAGGCACAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110404 GCAGAAGCAGGTGTCTCTGGAGGCCTGGTTGCAGCGTGAGGCACAGACAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGCAGCAGTACCGCGTG         GAGCTGGCCGAGAAGCACCAGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110454 TGCAGCAGTACCGCGTGGTG...CAGGAGCTGGCCGAGAAGCACCAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACCCTGCAGCTGCTGCGGAAGCAGCAGACCATCATCCTGGATGACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110743 ACCCTGCAGCTGCTGCGGAAGCAGCAGACCATCATCCTGGATGACGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GATCCAGTGGAAGCGGCGGCAGCAGCTGGCCGGGAACGGCGGGCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110793 GATCCAGTGGAAGCGGCGGCAGCAGCTGGCCGGGAACGGCGGGCCCCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGGGCAGCCTGGACGTGCTACAGTCCTG         GTGTGAGAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 110843 AGGGCAGCCTGGACGTGCTACAGTCCTGGTA...CAGGTGTGAGAAGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCGAGATCATCTGGCAGAACCGGCAGCAGATCCGCAGGGCTGAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111317 GCCGAGATCATCTGGCAGAACCGGCAGCAGATCCGCAGGGCTGAGCACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGCCAGCAGCTGCCCATCCCCGGCCCAGTGGAGGAGATGCTGGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111367 CTGCCAGCAGCTGCCCATCCCCGGCCCAGTGGAGGAGATGCTGGCCGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAACGCCACCATCACGGACATTATCTCAGCCCTGGTGACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 111417 TCAACGCCACCATCACGGACATTATCTCAGCCCTGGTGACCAGGTG...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990   CACATTCATCATTGAGAAGCAGCCTCCTCAGGTCCTGAAGACCCAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111862 AGCACATTCATCATTGAGAAGCAGCCTCCTCAGGTCCTGAAGACCCAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAGTTTGCAGCCACCGTACGCCTGCTGGTGGGCGGGAAGCTGAACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111912 CAAGTTTGCAGCCACCGTACGCCTGCTGGTGGGCGGGAAGCTGAACGTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ACATGAATCCCCCCCAGGTGAAGGCCACCATCATCAGTGAGCAGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111962 ACATGAATCCCCCCCAGGTGAAGGCCACCATCATCAGTGAGCAGCAGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAGTCTCTGCTTAAAAATGAGAACACCCGCAA         CGAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 112012 AAGTCTCTGCTTAAAAATGAGAACACCCGCAAGTA...CAGCGAGTGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGGTGAGATCCTGAACAACTGCTGCGTGATGGAGTACCACCAAGCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114940 TGGTGAGATCCTGAACAACTGCTGCGTGATGGAGTACCACCAAGCCACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GCACCCTCAGTGCCCACTTCAGGAACATG         TCACTGAAGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 114990 GCACCCTCAGTGCCCACTTCAGGAACATGGTG...CAGTCACTGAAGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ATCAAGCGTGCTGACCGGCGGGGTGCAGAGTCCGTGACAGAGGAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115131 ATCAAGCGTGCTGACCGGCGGGGTGCAGAGTCCGTGACAGAGGAGAAGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CACAGTCCTGTTTGAGTCTCAGTTCAGTGTTGGCAGCAATGAGCTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115181 CACAGTCCTGTTTGAGTCTCAGTTCAGTGTTGGCAGCAATGAGCTTGTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCCAGGTGAAG         GGCAGGGTGCCATTTGCCGTGCCTGACAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115231 TCCAGGTGAAGGTG...CAGGGCAGGGTGCCATTTGCCGTGCCTGACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGCTGTGGCCGCAGCTGTGTGAGGCGCTCAACATGAAATTCAAGGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116860 GTGCTGTGGCCGCAGCTGTGTGAGGCGCTCAACATGAAATTCAAGGCCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGTGCAGAGCAACCGGGGCCTGACCAAGGAGAACCTCGTGTTCCTGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116910 AGTGCAGAGCAACCGGGGCCTGACCAAGGAGAACCTCGTGTTCCTGGCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGAAACTGTTCAACAACAGCAGCAGCCACCTGGAGGACTACAGTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116960 AGAAACTGTTCAACAACAGCAGCAGCCACCTGGAGGACTACAGTGGCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TCCGTGTCCTGGTCCCAGTTCAACAGG         GAGAACTTGCCGGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117010 TCCGTGTCCTGGTCCCAGTTCAACAGGGTG...CAGGAGAACTTGCCGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTGGAACTACACCTTCTGGCAGTGGTTTGACGGGGTGATGGAGGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118005 CTGGAACTACACCTTCTGGCAGTGGTTTGACGGGGTGATGGAGGTGTTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGAAGCACCACAAGCCCCACTGGAATGATGG         GGCCATCCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 118055 AGAAGCACCACAAGCCCCACTGGAATGATGGGTA...CAGGGCCATCCTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGTTTTGTGAATAAGCAACAGGCCCACGACCTGCTCATCAACAAGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118192 GGTTTTGTGAATAAGCAACAGGCCCACGACCTGCTCATCAACAAGCCCGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CGGGACCTTCTTGTTGCGCTTTAGTGACTCAGAAATCGGGGGCATCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118242 CGGGACCTTCTTGTTGCGCTTTAGTGACTCAGAAATCGGGGGCATCACCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCGCCTGGAAGTTTGACTCCC         CGGAACGCAACCTGTGGAAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 118292 TCGCCTGGAAGTTTGACTCCCGTG...CAGCGGAACGCAACCTGTGGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTGAAACCATTCACCACGCGGGATTTCTCCATCAGGTCCCTGGCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118787 CTGAAACCATTCACCACGCGGGATTTCTCCATCAGGTCCCTGGCTGACCG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCTGGGGGACCTGAGCTATCTCATCTATGTGTTTCCTGACCGCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118837 GCTGGGGGACCTGAGCTATCTCATCTATGTGTTTCCTGACCGCCCCAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 ATGAGGTCTTCTCCAAGTACTACACTCCTGTGCTGG         CTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 118887 ATGAGGTCTTCTCCAAGTACTACACTCCTGTGCTGGGTG...CAGCTAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GCTGTTGATGGATATGTGAAACCACAGATCAAGCAAGTGGTCCCTGA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 119641 GCTGTTGATGGATATGTGAAACCACAGATCAAGCAAGTGGTCCCTGAGTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2022       GTTTGTGAATGCATCTGCAGATGCTGGGGGCAGCAGCGCCACGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119691 ...CAGGTTTGTGAATGCATCTGCAGATGCTGGGGGCAGCAGCGCCACGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 ACATGGACCAGGCCCCCTCCCCAGCTGTGTGCCCCCAGGCTCCCTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120010 ACATGGACCAGGCCCCCTCCCCAGCTGTGTGCCCCCAGGCTCCCTATAAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 ATGTACCCACAGAA         CCCTGACCATGTACTCGATCAGGATGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120060 ATGTACCCACAGAAGTA...CAGCCCTGACCATGTACTCGATCAGGATGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 AGAATTCGACCTGGATGAGACCATGGATGTGGCCAGGCACGTGGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121123 AGAATTCGACCTGGATGAGACCATGGATGTGGCCAGGCACGTGGAGGAAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 TCTTACGCCGACCAATGGACAGTCTTGACTCCCGCCTCTCGCCCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121173 TCTTACGCCGACCAATGGACAGTCTTGACTCCCGCCTCTCGCCCCCTGCC

   2400     .    :    .    :    .    :
   2257 GGTCTTTTCACCTCTGCCAGAGGCTCCCTCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 121223 GGTCTTTTCACCTCTGCCAGAGGCTCCCTCTCA