seq1 = pF1KB3403.tfa, 765 bp
seq2 = pF1KB3403/gi568815584f_58147749.tfa (gi568815584f:58147749_58371892), 224144 bp

>pF1KB3403 765
>gi568815584f:58147749_58371892 (Chr14)

1-21  (97173-97193)   100% ->
22-104  (100002-100084)   100% ->
105-228  (104371-104494)   100% ->
229-330  (109997-110098)   100% ->
331-404  (110177-110250)   100% ->
405-477  (113200-113272)   100% ->
478-543  (115957-116022)   100% ->
544-590  (119726-119772)   100% ->
591-658  (122670-122737)   100% ->
659-723  (123186-123250)   100% ->
724-765  (124103-124144)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCAATCGGCACTGGG         TATGACCTGTCAGCCTCTAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  97173 ATGAGCTCAATCGGCACTGGGGTG...AAGTATGACCTGTCAGCCTCTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATTCTCTCCTGACGGAAGAGTTTTTCAAGTTGAATATGCTATGAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 ATTCTCTCCTGACGGAAGAGTTTTTCAAGTTGAATATGCTATGAAGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAAAATAGTAG         TACAGCTATTGGAATCAGATGCAAAGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100072 TGGAAAATAGTAGGTA...CAGTACAGCTATTGGAATCAGATGCAAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGTGTTGTCTTTGGGGTAGAAAAATTAGTCCTTTCTAAACTTTATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104399 GGTGTTGTCTTTGGGGTAGAAAAATTAGTCCTTTCTAAACTTTATGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGTTCCAACAAAAGACTTTTTAATGTTGATCGGCATGTTGGAATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104449 AGGTTCCAACAAAAGACTTTTTAATGTTGATCGGCATGTTGGAATGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229      GCAGTAGCAGGTTTGTTGGCAGATGCTCGTTCTTTAGCAGACATA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104499 ..CAGGCAGTAGCAGGTTTGTTGGCAGATGCTCGTTCTTTAGCAGACATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCAAGAGAAGAAGCTTCCAACTTCAGATCTAACTTTGGCTACAACATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110042 GCAAGAGAAGAAGCTTCCAACTTCAGATCTAACTTTGGCTACAACATTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTAAAA         CATCTTGCAGACAGAGTGGCCATGTATGTGCATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110092 ACTAAAAGTA...TAGCATCTTGCAGACAGAGTGGCCATGTATGTGCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATATACACTCTACAGTGCTGTTAGACCTTTTGGCTGCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 110211 CATATACACTCTACAGTGCTGTTAGACCTTTTGGCTGCAGGTA...CAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TTCATGTTAGGGTCTTACAGTGTGAATGACGGTGCGCAACTCTACATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113201 TTCATGTTAGGGTCTTACAGTGTGAATGACGGTGCGCAACTCTACATGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGACCCATCAGGTGTTTCATAC         GGTTATTGGGGCTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113251 TGACCCATCAGGTGTTTCATACGTG...TAGGGTTATTGGGGCTGTGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TCGGCAAAGCCAGGCAAGCTGCAAAGACGGAAATAGAGAAGCTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 115976 TCGGCAAAGCCAGGCAAGCTGCAAAGACGGAAATAGAGAAGCTTCAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    544       ATGAAAGAAATGACCTGCCGTGATATCGTTAAAGAAGTTGCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116026 ...TAGATGAAAGAAATGACCTGCCGTGATATCGTTAAAGAAGTTGCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AAT         AATTTACATAGTACATGACGAAGTTAAGGATAAAGCTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119770 AATGTA...TAGAATTTACATAGTACATGACGAAGTTAAGGATAAAGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TTGAACTAGAACTCAGCTGGGTTGGTGAAT         TAACTAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122708 TTGAACTAGAACTCAGCTGGGTTGGTGAATGTA...CAGTAACTAATGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 AGACATGAAATTGTTCCAAAAGATATAAGAGAAGAAGCAGAGAAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123197 AGACATGAAATTGTTCCAAAAGATATAAGAGAAGAAGCAGAGAAATATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TAAG         GAATCTCTGAAGGAAGAAGATGAATCAGATGATGATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123247 TAAGGTA...CAGGAATCTCTGAAGGAAGAAGATGAATCAGATGATGATA

    850     .
    761 ATATG
        |||||
 124140 ATATG