seq1 = pF1KB3399.tfa, 558 bp
seq2 = pF1KB3399/gi568815592f_133880126.tfa (gi568815592f:133880126_134087037), 206912 bp

>pF1KB3399 558
>gi568815592f:133880126_134087037 (Chr6)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-218  (102443-102525)   100% ->
219-282  (102692-102755)   100% ->
283-386  (104251-104354)   100% ->
387-481  (104452-104546)   100% ->
482-558  (106836-106912)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCAGACAGTGATGTTGCATTGGACATTCTAATTACAAATGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCAGACAGTGATGTTGCATTGGACATTCTAATTACAAATGTAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGTGTTTTTAGAACAAGATGTCATTTAAACTTAAGGAAGATTGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGTGTTTTTAGAACAAGATGTCATTTAAACTTAAGGAAGATTGCTTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGGAGCAAATGTAATTTATAAACGTGATGTTGGA         AAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 AAGGAGCAAATGTAATTTATAAACGTGATGTTGGAGTA...CAGAAAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAATGAAGCTTAGAAAACCTAGAATTACAGCTACAATTTGGTCCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102449 TTAATGAAGCTTAGAAAACCTAGAATTACAGCTACAATTTGGTCCTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAAATTATTTGCACTGGAGCAACAAG         TGAAGAAGAAGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102499 AAAAATTATTTGCACTGGAGCAACAAGGTA...TAGTGAAGAAGAAGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTTGGTGCCAGACGCTTAGCCCGTAGTCTGCAGAAACTAGGTTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102706 AATTTGGTGCCAGACGCTTAGCCCGTAGTCTGCAGAAACTAGGTTTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          GTAATATTTACAGATTTTAAGGTTGTTAACGTTCTGGCAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102756 GTA...AAGGTAATATTTACAGATTTTAAGGTTGTTAACGTTCTGGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGTAACATGCCATTTGAAATCCGTTTGCCAGAATTCACAAAGAACAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104292 GTGTAACATGCCATTTGAAATCCGTTTGCCAGAATTCACAAAGAACAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GACCTCATGCCAG         TTACGAACCTGAACTTCATCCTGCTGTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 104342 GACCTCATGCCAGGTA...TAGTTACGAACCTGAACTTCATCCTGCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGCTATCGGATAAAATCTCTAAGAGCTACATTACAGATTTTTTCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104480 TGCTATCGGATAAAATCTCTAAGAGCTACATTACAGATTTTTTCAACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGTATCACAGTAACAG         GGCCCAATGTAAAGGCTGTTGCTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104530 AAGTATCACAGTAACAGGTA...CAGGGCCCAATGTAAAGGCTGTTGCTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTGCTGTGGAACAGATTTACCCATTTGTGTTTGAAAGCAGGAAAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106860 CTGCTGTGGAACAGATTTACCCATTTGTGTTTGAAAGCAGGAAAGAAATT

    600 
    556 TTA
        |||
 106910 TTA