seq1 = pF1KB3387.tfa, 270 bp
seq2 = pF1KB3387/gi568815597f_26373481.tfa (gi568815597f:26373481_26574668), 201188 bp

>pF1KB3387 270
>gi568815597f:26373481_26574668 (Chr1)

14-60  (100001-100047)   100% ->
61-90  (100223-100252)   100% ->
91-141  (100605-100655)   100% ->
142-237  (101092-101187)   100% ->
238-270  (101633-101665)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGGCTGAAGGGGATGCTAAGGGAGATAAAGCAAAGGTGAAGGACGAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100001 AGGCTGAAGGGGATGCTAAGGGAGATAAAGCAAAGGTGAAGGACGAAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     61       CCACAGAGAAGATCCGCGAGGTTGTCTGCT         AAACC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100051 ...TAGCCACAGAGAAGATCCGCGAGGTTGTCTGCTGTA...AAGAAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96 TGCTCCTCCAAAGCCAGAGCCCAAGCCTAAAAAGGCCCCTGCAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100610 TGCTCCTCCAAAGCCAGAGCCCAAGCCTAAAAAGGCCCCTGCAAAGGTA.

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142      AAGGGAGAGAAGGTACCCAAAGGGAAAAAGGGAAAAGCTGATGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 ..CAGAAGGGAGAGAAGGTACCCAAAGGGAAAAAGGGAAAAGCTGATGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187 GGCAAGGAGGGGAATAACCCTGCAGAAAATGGAGATGCCAAAACAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101137 GGCAAGGAGGGGAATAACCCTGCAGAAAATGGAGATGCCAAAACAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :
    237 G         GCACAGAAAGCTGAAGGTGCTGGAGATGCCAAG
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101187 GGTA...TAGGCACAGAAAGCTGAAGGTGCTGGAGATGCCAAG