seq1 = pF1KB3384.tfa, 2097 bp
seq2 = pF1KB3384/gi568815591r_105017841.tfa (gi568815591r:105017841_105488704), 470864 bp

>pF1KB3384 2097
>gi568815591r:105017841_105488704 (Chr7)

(complement)

1-16  (99899-99914)   100% ->
17-71  (100003-100057)   100% ->
72-229  (284920-285077)   100% ->
230-338  (319440-319548)   100% ->
339-426  (320610-320697)   100% ->
427-514  (321241-321328)   100% ->
515-621  (328092-328198)   100% ->
622-787  (342047-342212)   100% ->
788-813  (343397-343422)   100% ->
814-1060  (345375-345621)   100% ->
1061-1543  (346215-346697)   100% ->
1544-1644  (355601-355701)   100% ->
1645-1752  (355807-355914)   100% ->
1753-1822  (361643-361712)   100% ->
1823-1915  (362365-362457)   100% ->
1916-2097  (370683-370864)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCCCGGAAAG         TGCTGGCCATTCAGGCCCGAAAGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  99899 ATGAGCTCCCGGAAAGGTG...CAGTGCTGGCCATTCAGGCCCGAAAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGGCCGAAAAGAGAGAAACATCCGAAAAA         GCCGGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100028 GAGGCCGAAAAGAGAGAAACATCCGAAAAAGTG...CAGGCCGGAGCCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACAGAAAGCTCCTTTAGTTCCTCCTCCTCCACCGCCACCACCACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284931 AACAGAAAGCTCCTTTAGTTCCTCCTCCTCCACCGCCACCACCACCACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCGCCACCTTTGCCAGACCCCACACCCCCGGAGCCAGAGGAGGAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284981 CCGCCACCTTTGCCAGACCCCACACCCCCGGAGCCAGAGGAGGAGATCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGGATCAGATGATGAGGAGCAAGAGGACCCTGCGGACTACTGCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 285031 GGGATCAGATGATGAGGAGCAAGAGGACCCTGCGGACTACTGCAAAGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230       GTGGATATCATCCAGTGAAAATTGGAGACCTCTTCAATGGCCGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 285081 ...AAGGTGGATATCATCCAGTGAAAATTGGAGACCTCTTCAATGGCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TATCATGTTATTAGAAAGCTTGGATGGGGGCACTTCTCTACTGTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 319484 TATCATGTTATTAGAAAGCTTGGATGGGGGCACTTCTCTACTGTCTGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTGCTGGGATATGCA         GGGGAAAAGATTTGTTGCAATGAAAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 319534 GTGCTGGGATATGCAGTA...TAGGGGGAAAAGATTTGTTGCAATGAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTGTAAAAAGTGCCCAGCATTATACGGAGACAGCCTTGGATGAAATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 320636 TTGTAAAAAGTGCCCAGCATTATACGGAGACAGCCTTGGATGAAATAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGCTCAAATGT         GTTCGAGAAAGTGATCCCAGTGACCCAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 320686 TTGCTCAAATGTGTA...TAGGTTCGAGAAAGTGATCCCAGTGACCCAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAAGACATGGTGGTCCAGCTCATTGACGACTTCAAGATTTCAGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 321270 CAAAGACATGGTGGTCCAGCTCATTGACGACTTCAAGATTTCAGGCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATGGGATAC         ATGTCTGCATGGTCTTCGAAGTACTTGGCCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 321320 ATGGGATACGTA...CAGATGTCTGCATGGTCTTCGAAGTACTTGGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CATCTCCTCAAGTGGATCATCAAATCCAACTATCAAGGCCTCCCAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328124 CATCTCCTCAAGTGGATCATCAAATCCAACTATCAAGGCCTCCCAGTACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TTGTGTGAAGAGTATCATTCGACAG         GTCCTTCAAGGGTTAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 328174 TTGTGTGAAGAGTATCATTCGACAGGTG...CAGGTCCTTCAAGGGTTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATTACTTACACAGTAAGTGCAAGATCATTCATACTGACATAAAGCCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342063 ATTACTTACACAGTAAGTGCAAGATCATTCATACTGACATAAAGCCGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AATATCTTGATGTGTGTGGATGATGCATATGTGAGAAGAATGGCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342113 AATATCTTGATGTGTGTGGATGATGCATATGTGAGAAGAATGGCAGCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCCACTGAGTGGCAGAAAGCAGGTGCTCCTCCTCCTTCAGGGTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342163 GGCCACTGAGTGGCAGAAAGCAGGTGCTCCTCCTCCTTCAGGGTCTGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788          TGAGTACGGCTCCACAGCAGAAACCT         ATAGGA
        >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 342213 GTG...TAGTGAGTACGGCTCCACAGCAGAAACCTGTA...TAGATAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAAATATCTAAAAACAAAAAGAAAAAACTGAAAAAGAAACAGAAGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345381 AAAATATCTAAAAACAAAAAGAAAAAACTGAAAAAGAAACAGAAGAGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGCTGAGTTATTGGAGAAGCGCCTGCAGGAGATAGAAGAATTGGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345431 GGCTGAGTTATTGGAGAAGCGCCTGCAGGAGATAGAAGAATTGGAGCGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AAGCTGAAAGGAAAATAATAGAAGAAAACATCACCTCAGCTGCACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345481 AAGCTGAAAGGAAAATAATAGAAGAAAACATCACCTCAGCTGCACCTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATGACCAGGATGGCGAATACTGCCCAGAGGTGAAACTAAAAACAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 345531 AATGACCAGGATGGCGAATACTGCCCAGAGGTGAAACTAAAAACAACAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTAGAGGAGGCGGCTGAGGCAGAGACTGCAAAGGACAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 345581 ATTAGAGGAGGCGGCTGAGGCAGAGACTGCAAAGGACAATGGTC...AAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GTGAAGCTGAGGACCAGGAAGAGAAAGAAGATGCTGAGAAAGAAAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346215 GTGAAGCTGAGGACCAGGAAGAGAAAGAAGATGCTGAGAAAGAAAACATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAAAAAGATGAAGATGATGTAGATCAGGAACTTGCGAACATAGACCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346265 GAAAAAGATGAAGATGATGTAGATCAGGAACTTGCGAACATAGACCCTAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTGGATAGAATCACCTAAAACCAATGGCCATATTGAGAATGGCCCATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346315 GTGGATAGAATCACCTAAAACCAATGGCCATATTGAGAATGGCCCATTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CACTGGAGCAGCAACTGGACGATGAAGATGATGATGAAGAAGACTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346365 CACTGGAGCAGCAACTGGACGATGAAGATGATGATGAAGAAGACTGCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AATCCTGAGGAATATAATCTTGATGAGCCAAATGCAGAAAGTGATTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346415 AATCCTGAGGAATATAATCTTGATGAGCCAAATGCAGAAAGTGATTACAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATATAGCAGCTCCTATGAACAATTCAATGGTGAATTGCCAAATGGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346465 ATATAGCAGCTCCTATGAACAATTCAATGGTGAATTGCCAAATGGACGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATAAAATTCCCGAGTCACAGTTCCCAGAGTTTTCCACCTCGTTGTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346515 ATAAAATTCCCGAGTCACAGTTCCCAGAGTTTTCCACCTCGTTGTTCTCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGATCCTTAGAACCTGTGGCCTGCGGCTCTGTGCTTTCTGAGGGATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346565 GGATCCTTAGAACCTGTGGCCTGCGGCTCTGTGCTTTCTGAGGGATCACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ACTTACTGAGCAAGAGGAGAGCAGTCCATCCCATGACAGAAGCAGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 346615 ACTTACTGAGCAAGAGGAGAGCAGTCCATCCCATGACAGAAGCAGAACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TTTCAGCCTCCAGTACTGGGGATTTGCCAAAAG         CAAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 346665 TTTCAGCCTCCAGTACTGGGGATTTGCCAAAAGGTA...CAGCAAAAACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CGGGCAGCTGACTTGTTGGTGAATCCCCTGGATCCGCGGAATGCAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355609 CGGGCAGCTGACTTGTTGGTGAATCCCCTGGATCCGCGGAATGCAGATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AATTAGAGTAAAAATTGCTGACCTGGGAAATGCTTGTTGGGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 355659 AATTAGAGTAAAAATTGCTGACCTGGGAAATGCTTGTTGGGTGGTA...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1645   CATAAACACTTCACGGAAGACATCCAGACGCGTCAGTACCGCTCCATA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355805 AGCATAAACACTTCACGGAAGACATCCAGACGCGTCAGTACCGCTCCATA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGGTTTTAATAGGAGCGGGGTACAGCACCCCTGCGGACATCTGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 355855 GAGGTTTTAATAGGAGCGGGGTACAGCACCCCTGCGGACATCTGGAGCAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GGCGTGTATG         GCATTTGAGCTGGCAACGGGAGATTATTTGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 355905 GGCGTGTATGGTA...TAGGCATTTGAGCTGGCAACGGGAGATTATTTGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTGAACCACATTCTGGGGAAGACTATTCCAGAGACGAAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 361674 TTGAACCACATTCTGGGGAAGACTATTCCAGAGACGAAGGTG...TAGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CACATAGCCCACATCATAGAGCTGCTAGGCAGTATTCCAAGGCACTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362367 CACATAGCCCACATCATAGAGCTGCTAGGCAGTATTCCAAGGCACTTTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TCTATCTGGAAAATATTCTCGGGAATTCTTCAATCGCAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 362417 TCTATCTGGAAAATATTCTCGGGAATTCTTCAATCGCAGAGGTA...TAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GAGAACTGCGACACATCACCAAGCTGAAGCCCTGGAGCCTCTTTGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370683 GAGAACTGCGACACATCACCAAGCTGAAGCCCTGGAGCCTCTTTGATGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 CTTGTGGAAAAGTATGGCTGGCCCCATGAAGATGCTGCACAGTTTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370733 CTTGTGGAAAAGTATGGCTGGCCCCATGAAGATGCTGCACAGTTTACAGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TTTCCTGATCCCGATGTTAGAAATGGTTCCAGAAAAACGAGCCTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 370783 TTTCCTGATCCCGATGTTAGAAATGGTTCCAGAAAAACGAGCCTCAGCTG

   2200     .    :    .    :    .    :
   2066 GCGAATGCCTTCGGCATCCTTGGTTGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 370833 GCGAATGCCTTCGGCATCCTTGGTTGAATTCT