seq1 = pF1KB3382.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KB3382/gi568815597f_28429867.tfa (gi568815597f:28429867_28638004), 208138 bp

>pF1KB3382 1263
>gi568815597f:28429867_28638004 (Chr1)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-261  (101937-102124)   100% ->
262-441  (102305-102484)   100% ->
442-538  (105184-105280)   98% ->
539-661  (105392-105514)   100% ->
662-817  (106005-106160)   100% ->
818-937  (106396-106515)   100% ->
938-1090  (106881-107033)   100% ->
1091-1263  (107966-108138)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACCCAAGCGCATAGCTAAAAGAAGGTCCCCCCCAGCAGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACCCAAGCGCATAGCTAAAAGAAGGTCCCCCCCAGCAGATGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCAAAAGCAAGAAGGTGAAGG         TCTCACACAGGTCCCACA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CCCCAAAAGCAAGAAGGTGAAGGGTA...CAGTCTCACACAGGTCCCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCACAGAACCCGGCTTGGTGCTGACACTAGGCCAGGGCGACGTGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101955 GCACAGAACCCGGCTTGGTGCTGACACTAGGCCAGGGCGACGTGGGCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGGCTGGGTGAGAATGTGATGGAGAGGAAGAAGCCGGCCCTGGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102005 CTGGGGCTGGGTGAGAATGTGATGGAGAGGAAGAAGCCGGCCCTGGTATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTCCGGAGGATGTTGTGCAGGCTGAGGCTGGGGGCATGCACACCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102055 CATTCCGGAGGATGTTGTGCAGGCTGAGGCTGGGGGCATGCACACCGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCTAAGCAAAAGTGGCCAG         GTCTATTCCTTCGGCTGCAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102105 GTCTAAGCAAAAGTGGCCAGGTA...CAGGTCTATTCCTTCGGCTGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAGGGTGCCCTGGGAAGGGACACATCAGTGGAGGGCTCGGAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102326 GATGAGGGTGCCCTGGGAAGGGACACATCAGTGGAGGGCTCGGAGATGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCTGGGAAAGTGGAGCTGCAAGAGAAGGTGGTACAGGTGTCAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102376 CCCTGGGAAAGTGGAGCTGCAAGAGAAGGTGGTACAGGTGTCAGCAGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGTCACACAGCAGCCCTCACCGATGATGGCCGTGTCTTCCTCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 ACAGTCACACAGCAGCCCTCACCGATGATGGCCGTGTCTTCCTCTGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCCTTCCGG         GACAATAACGGTGTGATTGGACTGTTGGAGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 TCCTTCCGGGTA...TAGGACAATAACGGTGTGATTGGACTGTTGGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGAAGAAGAGCATGGTGCCTGTGCAGGTGCAGCTGGATGTACCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 105216 CATGAAGAAGAGCATGGTGCCTGTGCAGGTGCAGCTGGATGTGCCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAAAGGTGGCCTCAG         GAAACGACCACTTGGTGATGCTGACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105266 TAAAGGTGGCCTCAGGTG...TAGGAAACGACCACTTGGTGATGCTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTGATGGTGACCTCTACACCTTGGGCTGCGGGGAACAGGGCCAGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105418 GCTGATGGTGACCTCTACACCTTGGGCTGCGGGGAACAGGGCCAGCTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCGTGTGCCTGAGTTATTTGCCAACCGTGGTGGCCGGCAAGGCCTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105468 CCGTGTGCCTGAGTTATTTGCCAACCGTGGTGGCCGGCAAGGCCTCGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662       AACGACTCCTGGTCCCCAAGTGTGTGATGCTGAAATCCAGGGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105518 ...CAGAACGACTCCTGGTCCCCAAGTGTGTGATGCTGAAATCCAGGGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCCGGGGCCACGTGAGATTCCAGGATGCCTTTTGTGGTGCCTATTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106049 AGCCGGGGCCACGTGAGATTCCAGGATGCCTTTTGTGGTGCCTATTTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTTTGCCATCTCCCATGAGGGCCACGTGTACGGCTTCGGCCTCTCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106099 CTTTGCCATCTCCCATGAGGGCCACGTGTACGGCTTCGGCCTCTCCAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCATCAGCTTG         GAACTCCGGGCACAGAATCTTGCTTCATA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 106149 ACCATCAGCTTGGTG...CAGGAACTCCGGGCACAGAATCTTGCTTCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCCAGAACCTAACATCCTTCAAGAATTCCACCAAGTCCTGGGTGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106425 CCCCAGAACCTAACATCCTTCAAGAATTCCACCAAGTCCTGGGTGGGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTCTGGTGGCCAGCACCATACAGTCTGCATGGATTCGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106475 CTCTGGTGGCCAGCACCATACAGTCTGCATGGATTCGGAAGGTA...TAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAAAAGCATACAGCCTGGGCCGGGCTGAGTATGGGCGGCTGGGCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106881 GAAAAGCATACAGCCTGGGCCGGGCTGAGTATGGGCGGCTGGGCCTTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGGTGCTGAGGAGAAGAGCATACCCACCCTCATCTCCAGGCTGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106931 GAGGGTGCTGAGGAGAAGAGCATACCCACCCTCATCTCCAGGCTGCCTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTCTCCTCGGTGGCTTGTGGGGCCTCTGTGGGGTATGCTGTGACCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106981 TGTCTCCTCGGTGGCTTGTGGGGCCTCTGTGGGGTATGCTGTGACCAAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATG         GTCGTGTTTTCGCCTGGGGCATGGGCACCAACTACCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107031 ATGGTG...CAGGTCGTGTTTTCGCCTGGGGCATGGGCACCAACTACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTGGGCACAGGGCAGGATGAGGACGCCTGGAGCCCTGTGGAGATGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108004 CTGGGCACAGGGCAGGATGAGGACGCCTGGAGCCCTGTGGAGATGATGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAAACAGCTGGAGAACCGTGTGGTCTTATCTGTGTCCAGCGGGGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108054 CAAACAGCTGGAGAACCGTGTGGTCTTATCTGTGTCCAGCGGGGGCCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1229 ATACAGTCTTATTAGTCAAGGACAAAGAACAGAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108104 ATACAGTCTTATTAGTCAAGGACAAAGAACAGAGC