seq1 = pF1KB3350.tfa, 1905 bp
seq2 = pF1KB3350/gi568815589f_90743899.tfa (gi568815589f:90743899_90995597), 251699 bp

>pF1KB3350 1905
>gi568815589f:90743899_90995597 (Chr9)

1-417  (100001-100417)   100% ->
418-578  (101536-101696)   100% ->
579-717  (118308-118446)   100% ->
718-796  (120691-120769)   100% ->
797-846  (121150-121199)   100% ->
847-915  (123233-123301)   100% ->
916-1003  (130306-130393)   100% ->
1004-1181  (130774-130951)   100% ->
1182-1391  (133673-133882)   100% ->
1392-1581  (134866-135055)   100% ->
1582-1722  (143851-143991)   100% ->
1723-1835  (144617-144729)   100% ->
1836-1905  (151630-151699)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGCAGCGGCATGGCTGACAGCGCCAACCACCTGCCCTTCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGCAGCGGCATGGCTGACAGCGCCAACCACCTGCCCTTCTTTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCAACATCACCCGGGAGGAGGCAGAAGATTACCTGGTCCAGGGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCAACATCACCCGGGAGGAGGCAGAAGATTACCTGGTCCAGGGGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAGTGATGGGCTTTATTTGCTGCGCCAGAGCCGCAACTACCTGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAGTGATGGGCTTTATTTGCTGCGCCAGAGCCGCAACTACCTGGGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCGCCCTGTCCGTGGCCCACGGGAGGAAGGCACACCACTACACCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCGCCCTGTCCGTGGCCCACGGGAGGAAGGCACACCACTACACCATCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGGAGCTGAATGGCACCTACGCCATCGCCGGTGGCAGGACCCATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGGAGCTGAATGGCACCTACGCCATCGCCGGTGGCAGGACCCATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCCCGCCGACCTCTGCCACTACCACTCCCAGGAGTCTGATGGCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCCCGCCGACCTCTGCCACTACCACTCCCAGGAGTCTGATGGCCTGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGCCTCCTCAAGAAGCCCTTCAACCGGCCCCAAGGGGTGCAGCCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGCCTCCTCAAGAAGCCCTTCAACCGGCCCCAAGGGGTGCAGCCCAAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGGCCCTTTGAGGATTTGAAGGAAAACCTCATCAGGGAATATGTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGGCCCTTTGAGGATTTGAAGGAAAACCTCATCAGGGAATATGTGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGACATGGAACCTGCAG         GGTCAGGCTCTGGAGCAGGCCATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100401 AGACATGGAACCTGCAGGTG...CAGGGTCAGGCTCTGGAGCAGGCCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCAGTCAGAAGCCTCAGCTGGAGAAGCTGATCGCTACCACAGCCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101560 ATCAGTCAGAAGCCTCAGCTGGAGAAGCTGATCGCTACCACAGCCCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAAAATGCCTTGGTTCCATGGAAAAATCTCTCGGGAAGAATCTGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101610 AAAAATGCCTTGGTTCCATGGAAAAATCTCTCGGGAAGAATCTGAGCAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGTCCTGATAGGATCAAAGACAAATGGAAAGTTCCT         GATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101660 TTGTCCTGATAGGATCAAAGACAAATGGAAAGTTCCTGTG...TAGGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CGAGCCAGAGACAACAACGGCTCCTACGCCCTGTGCCTGCTGCACGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118312 CGAGCCAGAGACAACAACGGCTCCTACGCCCTGTGCCTGCTGCACGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GAAGGTGCTGCACTATCGCATCGACAAAGACAAGACAGGGAAGCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118362 GAAGGTGCTGCACTATCGCATCGACAAAGACAAGACAGGGAAGCTCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCCCCGAGGGAAAGAAGTTCGACACGCTCTGGCAG         CTAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 118412 TCCCCGAGGGAAAGAAGTTCGACACGCTCTGGCAGGTA...CAGCTAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAGCATTATTCTTATAAAGCAGATGGTTTGTTAAGAGTTCTTACTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120697 GAGCATTATTCTTATAAAGCAGATGGTTTGTTAAGAGTTCTTACTGTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 ATGTCAAAAAATCGGCACACAGG         GAAATGTTAATTTTGGAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120747 ATGTCAAAAAATCGGCACACAGGGTG...CAGGAAATGTTAATTTTGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCCGTCCACAACTTCCAGGTTCCCATCCTGCG         ACTTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121168 GCCGTCCACAACTTCCAGGTTCCCATCCTGCGGTA...TAGACTTGGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCGGGTGGAATAATCTCAAGAATCAAATCATACTCCTTCCCAAAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123242 GCGGGTGGAATAATCTCAAGAATCAAATCATACTCCTTCCCAAAGCCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCACAGAAAG         TCCTCCCCTGCCCAAGGGAACCGGCAAGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123292 CCACAGAAAGGTG...TAGTCCTCCCCTGCCCAAGGGAACCGGCAAGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTACTGTGTCATTCAATCCGTATGAGCCAGAACTTGCACCCTGGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130337 GTACTGTGTCATTCAATCCGTATGAGCCAGAACTTGCACCCTGGGCTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACAAAG         GCCCCCAGAGAGAAGCCCTACCCATGGACACAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130387 GACAAAGGTG...CAGGCCCCCAGAGAGAAGCCCTACCCATGGACACAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGTGTACGAGAGCCCCTACGCGGACCCCGAGGAGATCAGGCCCAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130808 GGTGTACGAGAGCCCCTACGCGGACCCCGAGGAGATCAGGCCCAAGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TTTACCTGGACCGAAAGCTGCTGACGCTGGAAGACAAAGAACTGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130858 TTTACCTGGACCGAAAGCTGCTGACGCTGGAAGACAAAGAACTGGGCTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGTAATTTTGGAACTGTGAAAAAGGGCTACTACCAAATGAAAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 130908 GGTAATTTTGGAACTGTGAAAAAGGGCTACTACCAAATGAAAAAGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1182    AGTTGTGAAAACCGTGGCTGTGAAAATACTGAAAAACGAGGCCAATG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133670 CAGAGTTGTGAAAACCGTGGCTGTGAAAATACTGAAAAACGAGGCCAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACCCCGCTCTTAAAGATGAGTTATTAGCAGAAGCAAATGTCATGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133720 ACCCCGCTCTTAAAGATGAGTTATTAGCAGAAGCAAATGTCATGCAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTGGACAACCCGTACATCGTGCGGATGATCGGGATATGCGAGGCCGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133770 CTGGACAACCCGTACATCGTGCGGATGATCGGGATATGCGAGGCCGAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CTGGATGCTGGTTATGGAGATGGCAGAACTTGGTCCCCTCAATAAGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133820 CTGGATGCTGGTTATGGAGATGGCAGAACTTGGTCCCCTCAATAAGTATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TGCAGCAGAACAG         ACATGTCAAGGATAAGAACATCATAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 133870 TGCAGCAGAACAGGTA...CAGACATGTCAAGGATAAGAACATCATAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTGGTTCATCAGGTTTCCATGGGCATGAAGTACTTGGAGGAGAGCAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134894 CTGGTTCATCAGGTTTCCATGGGCATGAAGTACTTGGAGGAGAGCAATTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TGTGCACAGAGATCTGGCTGCAAGAAATGTGTTGCTAGTTACCCAACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134944 TGTGCACAGAGATCTGGCTGCAAGAAATGTGTTGCTAGTTACCCAACATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 ACGCCAAGATCAGTGATTTCGGACTTTCCAAAGCACTGCGTGCTGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134994 ACGCCAAGATCAGTGATTTCGGACTTTCCAAAGCACTGCGTGCTGATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AACTACTACAAG         GCCCAGACCCATGGAAAGTGGCCTGTCAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 135044 AACTACTACAAGGTA...TAGGCCCAGACCCATGGAAAGTGGCCTGTCAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GTGGTACGCTCCGGAATGCATCAACTACTACAAGTTCTCCAGCAAAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143880 GTGGTACGCTCCGGAATGCATCAACTACTACAAGTTCTCCAGCAAAAGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ATGTCTGGAGCTTTGGAGTGTTGATGTGGGAAGCATTCTCCTATGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143930 ATGTCTGGAGCTTTGGAGTGTTGATGTGGGAAGCATTCTCCTATGGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AAGCCATATCGA         GGGATGAAAGGAAGTGAAGTCACCGCTAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 143980 AAGCCATATCGAGTG...TAGGGGATGAAAGGAAGTGAAGTCACCGCTAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GTTAGAGAAAGGAGAGCGGATGGGGTGCCCTGCAGGGTGTCCAAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144646 GTTAGAGAAAGGAGAGCGGATGGGGTGCCCTGCAGGGTGTCCAAGAGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 TGTACGATCTCATGAATCTGTGCTGGACATACGA         TGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 144696 TGTACGATCTCATGAATCTGTGCTGGACATACGAGTG...CAGTGTGGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AACAGGCCCGGATTCGCAGCAGTGGAACTGCGGCTGCGCAATTACTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151637 AACAGGCCCGGATTCGCAGCAGTGGAACTGCGGCTGCGCAATTACTACTA

   2000     .    :
   1893 TGACGTGGTGAAC
        |||||||||||||
 151687 TGACGTGGTGAAC