seq1 = pF1KB3348.tfa, 2109 bp
seq2 = pF1KB3348/gi568815592r_32728858.tfa (gi568815592r:32728858_32938233), 209376 bp

>pF1KB3348 2109
>gi568815592r:32728858_32938233 (Chr6)

(complement)

1-493  (100001-100493)   100% ->
494-608  (100583-100697)   100% ->
609-739  (102461-102591)   100% ->
740-945  (102875-103080)   100% ->
946-1143  (105410-105607)   100% ->
1144-1272  (105773-105901)   100% ->
1273-1461  (107428-107616)   99% ->
1462-1635  (107794-107967)   100% ->
1636-1795  (108145-108304)   100% ->
1796-1932  (108698-108834)   99% ->
1933-2109  (109200-109376)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTCCCTGACCTGAGACCCTGGACCTCCCTGCTGCTGGTGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTCCCTGACCTGAGACCCTGGACCTCCCTGCTGCTGGTGGACGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTTTACTGTGGCTGCTTCAGGGCCCTCTGGGGACTTTGCTTCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTTTACTGTGGCTGCTTCAGGGCCCTCTGGGGACTTTGCTTCCTCAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGCCAGGACTATGGCTGGAGGGGACCCTGCGGCTGGGAGGGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGCCAGGACTATGGCTGGAGGGGACCCTGCGGCTGGGAGGGCTGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCTGCTAAAGCTAAGAGGGCTGCTGGGATTTGTGGGGACACTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCTGCTAAAGCTAAGAGGGCTGCTGGGATTTGTGGGGACACTGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGCTCTGTCTGGCCACCCCCCTGACTGTCTCCCTGAGAGCCCTGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGCTCTGTCTGGCCACCCCCCTGACTGTCTCCCTGAGAGCCCTGGTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGGGCCTCACGTGCTCCCCCAGCCAGAGTCGCTTCAGCCCCTTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGGGGCCTCACGTGCTCCCCCAGCCAGAGTCGCTTCAGCCCCTTGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGCTGCTGGTGGGGTACGGGGCTGCGGGGCTCAGCTGGTCACTGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGCTGCTGGTGGGGTACGGGGCTGCGGGGCTCAGCTGGTCACTGTGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTTCTGAGCCCTCCTGGAGCCCAGGAGAAGGAGCAGGACCAGGTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTTCTGAGCCCTCCTGGAGCCCAGGAGAAGGAGCAGGACCAGGTGAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAAAGTCTTGATGTGGAGGCTGCTGAAGCTCTCCAGGCCGGACCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACAAAGTCTTGATGTGGAGGCTGCTGAAGCTCTCCAGGCCGGACCTGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCCTCGTTGCCGCCTTCTTCTTCCTTGTCCTTGCTGTTTTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100451 CTCCTCGTTGCCGCCTTCTTCTTCCTTGTCCTTGCTGTTTTGGGTG...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    494   GTGAGACATTAATCCCTCACTATTCTGGTCGTGTGATTGACATCCTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100581 AGGTGAGACATTAATCCCTCACTATTCTGGTCGTGTGATTGACATCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GAGGTGATTTTGACCCCCATGCCTTTGCCAGTGCCATCTTCTTCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100631 GAGGTGATTTTGACCCCCATGCCTTTGCCAGTGCCATCTTCTTCATGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTCTTCTCCTTTGGCAG         CTCACTGTCTGCAGGCTGCCGAGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100681 CTCTTCTCCTTTGGCAGGTA...CAGCTCACTGTCTGCAGGCTGCCGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGGCTGCTTCACCTACACCATGTCTCGAATCAACTTGCGGATCCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102485 AGGCTGCTTCACCTACACCATGTCTCGAATCAACTTGCGGATCCGGGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGCTTTTCTCCTCCCTGCTGCGCCAGGACCTCGGTTTCTTCCAGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102535 AGCTTTTCTCCTCCCTGCTGCGCCAGGACCTCGGTTTCTTCCAGGAGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGACAG         GGGAGCTGAACTCACGGCTGAGCTCGGATACCAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102585 AAGACAGGTG...TAGGGGAGCTGAACTCACGGCTGAGCTCGGATACCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTGATGAGTAACTGGCTTCCTTTAAATGCCAATGTGCTCTTGCGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102909 CCTGATGAGTAACTGGCTTCCTTTAAATGCCAATGTGCTCTTGCGAAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGGTGAAAGTGGTGGGGCTGTATGGCTTCATGCTCAGCATATCGCCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102959 TGGTGAAAGTGGTGGGGCTGTATGGCTTCATGCTCAGCATATCGCCTCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTCACCCTCCTTTCTCTGCTGCACATGCCCTTCACAATAGCAGCGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103009 CTCACCCTCCTTTCTCTGCTGCACATGCCCTTCACAATAGCAGCGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGTGTACAACACCCGCCATCAG         GAAGTGCTTCGGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103059 GGTGTACAACACCCGCCATCAGGTG...CAGGAAGTGCTTCGGGAGATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGGATGCAGTGGCCAGGGCGGGGCAGGTGGTGCGGGAAGCCGTTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105429 AGGATGCAGTGGCCAGGGCGGGGCAGGTGGTGCGGGAAGCCGTTGGAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CTGCAGACCGTTCGCAGTTTTGGGGCCGAGGAGCATGAAGTCTGTCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105479 CTGCAGACCGTTCGCAGTTTTGGGGCCGAGGAGCATGAAGTCTGTCGCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TAAAGAGGCCCTTGAACAATGTCGGCAGCTGTATTGGCGGAGAGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105529 TAAAGAGGCCCTTGAACAATGTCGGCAGCTGTATTGGCGGAGAGACCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AACGCGCCTTGTACCTGCTCGTAAGGAGG         GTGCTGCACTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105579 AACGCGCCTTGTACCTGCTCGTAAGGAGGGTA...CAGGTGCTGCACTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGGGTGCAGATGCTGATGCTGAGCTGTGGGCTGCAGCAGATGCAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105785 GGGGTGCAGATGCTGATGCTGAGCTGTGGGCTGCAGCAGATGCAGGATGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GGAGCTCACCCAGGGCAGCCTGCTTTCCTTTATGATCTACCAGGAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105835 GGAGCTCACCCAGGGCAGCCTGCTTTCCTTTATGATCTACCAGGAGAGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGGGGAGCTATGTGCAG         ACCCTGGTATACATATATGGGGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 105885 TGGGGAGCTATGTGCAGGTG...CAGACCCTGGTATACATATATGGGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATGCTCAGCAATGTGGGAGCTGCAGAGAAGGTTTTCTCCTACATGGACCG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107452 ATGCTCAGCAACGTGGGAGCTGCAGAGAAGGTTTTCTCCTACATGGACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 ACAGCCAAATCTGCCTTCACCTGGCACGCTTGCCCCCACCACTCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107502 ACAGCCAAATCTGCCTTCACCTGGCACGCTTGCCCCCACCACTCTGCAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GGGTTGTGAAATTCCAAGACGTCTCCTTTGCATATCCCAATCGCCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107552 GGGTTGTGAAATTCCAAGACGTCTCCTTTGCATATCCCAATCGCCCTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AGGCCTGTGCTCAAG         GGGCTGACGTTTACCCTACGTCCTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107602 AGGCCTGTGCTCAAGGTG...TAGGGGCTGACGTTTACCCTACGTCCTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TGAGGTGACGGCGCTGGTGGGACCCAATGGGTCTGGGAAGAGCACAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107820 TGAGGTGACGGCGCTGGTGGGACCCAATGGGTCTGGGAAGAGCACAGTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CTGCCCTGCTGCAGAATCTGTACCAGCCCACAGGGGGACAGGTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107870 CTGCCCTGCTGCAGAATCTGTACCAGCCCACAGGGGGACAGGTGCTGCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GATGAAAAGCCCATCTCACAGTATGAACACTGCTACCTGCACAGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107920 GATGAAAAGCCCATCTCACAGTATGAACACTGCTACCTGCACAGCCAGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1636        GTGGTTTCAGTTGGGCAGGAGCCTGTGCTGTTCTCCGGTTCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107970 G...CAGGTGGTTTCAGTTGGGCAGGAGCCTGTGCTGTTCTCCGGTTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 TGAGGAACAACATTGCTTATGGGCTGCAGAGCTGCGAAGATGATAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108188 TGAGGAACAACATTGCTTATGGGCTGCAGAGCTGCGAAGATGATAAGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 ATGGCGGCTGCCCAGGCTGCCCACGCAGATGACTTCATCCAGGAAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108238 ATGGCGGCTGCCCAGGCTGCCCACGCAGATGACTTCATCCAGGAAATGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 GCATGGAATATACACAG         ATGTAGGGGAGAAGGGGAGCCAGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||| |||||||
 108288 GCATGGAATATACACAGGTA...CAGATGTAGGGGAGAAGGGAAGCCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TGGCTGCGGGACAGAAACAACGTCTGGCCATTGCCCGGGCCCTTGTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108722 TGGCTGCGGGACAGAAACAACGTCTGGCCATTGCCCGGGCCCTTGTACGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GACCCGCGGGTCCTCATCCTGGATGAGGCTACTAGTGCCCTAGATGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108772 GACCCGCGGGTCCTCATCCTGGATGAGGCTACTAGTGCCCTAGATGTGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GTGCGAGCAGGCC         CTGCAGGACTGGAATTCCCGTGGGGATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108822 GTGCGAGCAGGCCGTG...CAGCTGCAGGACTGGAATTCCCGTGGGGATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GCACAGTGCTGGTGATTGCTCACAGGCTGCAGGCAGTTCAGCGCGCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 109228 GCACAGTGCTGGTGATTGCTCACAGGCTGCAGACAGTTCAGCGCGCCCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CAGATCCTGGTGCTCCAGGAGGGCAAGCTGCAGAAGCTTGCCCAGCTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 109278 CAGATCCTGGTGCTCCAGGAGGGCAAGCTGCAGAAGCTTGCCCAGCTCTA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2061 GGAGGGACAGGACCTCTATTCCCGCCTGGTTCAGCAGCGGCTGATGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 109328 GGAGGGACAGGACCTCTATTCCCGCCTGGTGCAGCAGCGGCTGATGGAC