seq1 = pF1KB3347.tfa, 2211 bp
seq2 = pF1KB3347/gi568815597f_213896536.tfa (gi568815597f:213896536_214135831), 239296 bp

>pF1KB3347 2211
>gi568815597f:213896536_214135831 (Chr1)

1-1727  (100001-101727)   99% ->
1728-1833  (108632-108737)   100% ->
1834-2028  (114986-115180)   100% ->
2029-2211  (139114-139296)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGACCATGACAGCACAGCCCTCTTAAGCCGGCAAACCAAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGACCATGACAGCACAGCCCTCTTAAGCCGGCAAACCAAGAGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGAGTTGACATTGGAGTGAAAAGGACGGTAGGGACAGCATCTGCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAGAGTTGACATTGGAGTGAAAAGGACGGTAGGGACAGCATCTGCATTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCTAAGGCAAGAGCAACGTTTTTTAGTGCCATGAATCCCCAAGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCTAAGGCAAGAGCAACGTTTTTTAGTGCCATGAATCCCCAAGGTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCAGGATGTTGAGTATTCAGTGGTGCAGCATGCAGATGGGGAAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCAGGATGTTGAGTATTCAGTGGTGCAGCATGCAGATGGGGAAAAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAATGTACTCCGCAAGCTGCTGAAGAGGGCGAACTCGTATGAAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAATGTACTCCGCAAGCTGCTGAAGAGGGCGAACTCGTATGAAGATGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGATGCCTTTTCCAGGAGCAACCATAATTTCCCAGCTGTTGAAAAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGATGCCTTTTCCAGGAGCAACCATAATTTCCCAGCTGTTGAAAAATAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGAACAAAAATGGTGGCACGGAGCCCAGTTTCCAAGCCAGCGGTCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGAACAAAAATGGTGGCACGGAGCCCAGTTTCCAAGCCAGCGGTCTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TAGTACAGGCTCCGAAGTACATCAGGAGGATATATGCAGCAACTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TAGTACAGGCTCCGAAGTACATCAGGAGGATATATGCAGCAACTCTTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGACAGCCCCCCAGAGTGTCTTTCCCCTTTTGGCAGGCCTACTATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GAGACAGCCCCCCAGAGTGTCTTTCCCCTTTTGGCAGGCCTACTATGAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGTTTGATATGGATCGCTTATGTGATGAGCACCTGAGAGCAAAGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGTTTGATATGGATCGCTTATGTGATGAGCACCTGAGAGCAAAGCGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGGGTTGAGAATATAATTCGGGGTATGAGCCATTCCCCCAGTGTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGGGTTGAGAATATAATTCGGGGTATGAGCCATTCCCCCAGTGTGGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAAGGGGCAATGAAAATGAAAGAGAGATGGCCCCGCAGTCTGTGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAAGGGGCAATGAAAATGAAAGAGAGATGGCCCCGCAGTCTGTGAGTCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGAGAAAGTTACAGAGAAAACAAACGCAAGCAAAAGCTTCCCCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGAGAAAGTTACAGAGAAAACAAACGCAAGCAAAAGCTTCCCCAGCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCAACAGAGTTTCCAGCAGCTGGTTTCAGCCCGAAAAGAACAGAAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCAACAGAGTTTCCAGCAGCTGGTTTCAGCCCGAAAAGAACAGAAGCGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGAGCGCCGACAGCTGAAACAGCAGCTGGAGGACATGCAGAAACAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGAGCGCCGACAGCTGAAACAGCAGCTGGAGGACATGCAGAAACAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGCCAGCTGCAGGAAAAGTTCTACCAAATCTATGACAGCACTGATTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGCCAGCTGCAGGAAAAGTTCTACCAAATCTATGACAGCACTGATTCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAATGATGAAGATGGTAACCTGTCTGAAGACAGCATGCGCTCGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAATGATGAAGATGGTAACCTGTCTGAAGACAGCATGCGCTCGGAGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGATGCCAGGGCCCAGGACTCTGTCGGAAGGTCAGATAATGAGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGATGCCAGGGCCCAGGACTCTGTCGGAAGGTCAGATAATGAGATGTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGCTAGACCCAGGACAGTTTATTGACCGAGCTCGAGCCCTGATCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGCTAGACCCAGGACAGTTTATTGACCGAGCTCGAGCCCTGATCAGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCAGGAAATGGCTGAAAACAAGCCGAAGCGAGAAGGCAACAACAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCAGGAAATGGCTGAAAACAAGCCGAAGCGAGAAGGCAACAACAAAGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GAGACCATGGGCCAAACTCCTTACAACCGGAAGGCAAACATTTGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GAGACCATGGGCCAAACTCCTTACAACCGGAAGGCAAACATTTGGCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACCTTGAAACAGGAACTGAACACTGCCATGTCGCAAGTTGTGGACACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACCTTGAAACAGGAACTGAACACTGCCATGTCGCAAGTTGTGGACACTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGTCAAAGTCTTTTCGGCCAAGCCCTCCCGCCAGGTTCCTCAGGTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGTCAAAGTCTTTTCGGCCAAGCCCTCCCGCCAGGTTCCTCAGGTCTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CACCTCTCCAGATCCCCCAGGCCAGATTTGCAGTCAATGGGGAAAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CACCTCTCCAGATCCCCCAGGCCAGATTTGCAGTCAATGGGGAAAACCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AATTTCCACACCGCCAACCAGCGTCTGCAGTGCTTTGGCGACGTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 101201 AATTTCCACACCGCCAACCAGCGCCTGCAGTGCTTTGGCGACGTCATCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TCCGAACCCCCTGGACACCTTTGGCAATGTGCAGATGGCCAGTTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TCCGAACCCCCTGGACACCTTTGGCAATGTGCAGATGGCCAGTTCCACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 ACCAGACAGAAGCACTGCCCCTGGTTGTCCGCAAAAACTCCTCTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 ACCAGACAGAAGCACTGCCCCTGGTTGTCCGCAAAAACTCCTCTGACCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TCTGCCTCCGGCCCTGCCGCTGGCGGCCACCACCAGCCCCTGCACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TCTGCCTCCGGCCCTGCCGCTGGCGGCCACCACCAGCCCCTGCACCAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GCCTCTCTCTGCCACCACGGGCTTCACCACGTCCACCTTCCGCCACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GCCTCTCTCTGCCACCACGGGCTTCACCACGTCCACCTTCCGCCACCCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TCCCCCTTCCCTTGATGGCCTATCCATTTCAGAGCCCATTAGGTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TCCCCCTTCCCTTGATGGCCTATCCATTTCAGAGCCCATTAGGTGCTCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TCCGGCTCCTTCTCTGGAAAAGACAGAGCCTCTCCTGAATCCTTAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TCCGGCTCCTTCTCTGGAAAAGACAGAGCCTCTCCTGAATCCTTAGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AACTAGGGATACCACGAGTCTGAGGACCAAGATGTCATCTCACCACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AACTAGGGATACCACGAGTCTGAGGACCAAGATGTCATCTCACCACCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GCCACCACCCTTGTTCACCAGCACACCCGCCCAGCACCGCCGAAGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GCCACCACCCTTGTTCACCAGCACACCCGCCCAGCACCGCCGAAGGGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 TCCTTGTCGCTCATAAAGTCCGAGTGCGGCGATCTTCAAGATATGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 TCCTTGTCGCTCATAAAGTCCGAGTGCGGCGATCTTCAAGATATGTCTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 AATATCACCTTATTCGGGAAGTGCAAT         GCAGGAAGGATTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 101701 AATATCACCTTATTCGGGAAGTGCAATATC...CATGCAGGAAGGATTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 CACCCAATCACTTGAAAAAAGCAAAGCTCATGTTTTTTTATACCCGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108646 CACCCAATCACTTGAAAAAAGCAAAGCTCATGTTTTTTTATACCCGTTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CCCAGCTCCAATATGCTGAAGACCTACTTCTCCGACGTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108696 CCCAGCTCCAATATGCTGAAGACCTACTTCTCCGACGTAAAGGTA...CA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834  TTCAACAGATGCATTACCTCTCAGCTCATCAAGTGGTTTAGCAATTTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114985 GTTCAACAGATGCATTACCTCTCAGCTCATCAAGTGGTTTAGCAATTTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 GTGAGTTTTACTACATTCAGATGGAGAAGTACGCACGTCAAGCCATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115035 GTGAGTTTTACTACATTCAGATGGAGAAGTACGCACGTCAAGCCATCAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 GATGGGGTCACCAGTACTGAAGAGCTGTCTATAACCAGAGACTGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115085 GATGGGGTCACCAGTACTGAAGAGCTGTCTATAACCAGAGACTGTGAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 GTACAGGGCTCTGAACATGCACTACAATAAAGCAAATGACTTTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115135 GTACAGGGCTCTGAACATGCACTACAATAAAGCAAATGACTTTGAGGTA.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029      GTTCCAGAGAGATTCCTGGAAGTTGCTCAGATCACATTACGGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115185 ..CAGGTTCCAGAGAGATTCCTGGAAGTTGCTCAGATCACATTACGGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 TTTTTCAATGCCATTATCGCAGGCAAAGATGTTGATCCTTCCTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139159 TTTTTCAATGCCATTATCGCAGGCAAAGATGTTGATCCTTCCTGGAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 GGCCATATACAAGGTCATCTGCAAGCTGGATAGTGAAGTCCCTGAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139209 GGCCATATACAAGGTCATCTGCAAGCTGGATAGTGAAGTCCCTGAGATTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2174 TCAAATCCCCGAACTGCCTACAAGAGCTGCTTCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139259 TCAAATCCCCGAACTGCCTACAAGAGCTGCTTCATGAG