seq1 = pF1KB3334.tfa, 2310 bp
seq2 = pF1KB3334/gi568815577r_25781673.tfa (gi568815577r:25781673_26270620), 488948 bp

>pF1KB3334 2310
>gi568815577r:25781673_26270620 (Chr21)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-225  (158475-158642)   100% ->
226-355  (180549-180678)   100% ->
356-468  (217273-217385)   100% ->
469-662  (219428-219621)   100% ->
663-865  (248579-248781)   100% ->
866-1033  (270439-270606)   100% ->
1034-1090  (273205-273261)   100% ->
1091-1224  (288144-288277)   100% ->
1225-1299  (294593-294667)   100% ->
1300-1458  (295393-295551)   100% ->
1459-1587  (314866-314994)   100% ->
1588-1687  (315932-316031)   100% ->
1688-1909  (358659-358880)   100% ->
1910-1963  (365544-365597)   100% ->
1964-2064  (372948-373048)   100% ->
2065-2211  (378753-378899)   100% ->
2212-2310  (388850-388948)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCCGGTTTGGCACTGCTCCTGCTGGCCGCCTGGACGGCTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCCGGTTTGGCACTGCTCCTGCTGGCCGCCTGGACGGCTCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGAG         GTACCCACTGATGGTAATGCTGGCCTGCTGGCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGAGGTG...CAGGTACCCACTGATGGTAATGCTGGCCTGCTGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACCCCAGATTGCCATGTTCTGTGGCAGACTGAACATGCACATGAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158509 AACCCCAGATTGCCATGTTCTGTGGCAGACTGAACATGCACATGAATGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGAATGGGAAGTGGGATTCAGATCCATCAGGGACCAAAACCTGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158559 CAGAATGGGAAGTGGGATTCAGATCCATCAGGGACCAAAACCTGCATTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACCAAGGAAGGCATCCTGCAGTATTGCCAAGAA         GTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 158609 TACCAAGGAAGGCATCCTGCAGTATTGCCAAGAAGTA...CAGGTCTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGAACTGCAGATCACCAATGTGGTAGAAGCCAACCAACCAGTGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180556 CTGAACTGCAGATCACCAATGTGGTAGAAGCCAACCAACCAGTGACCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGAACTGGTGCAAGCGGGGCCGCAAGCAGTGCAAGACCCATCCCCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180606 CAGAACTGGTGCAAGCGGGGCCGCAAGCAGTGCAAGACCCATCCCCACTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTGATTCCCTACCGCTGCTTAG         TTGGTGAGTTTGTAAGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 180656 TGTGATTCCCTACCGCTGCTTAGGTG...CAGTTGGTGAGTTTGTAAGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCCCTTCTCGTTCCTGACAAGTGCAAATTCTTACACCAGGAGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217291 ATGCCCTTCTCGTTCCTGACAAGTGCAAATTCTTACACCAGGAGAGGATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGTTTGCGAAACTCATCTTCACTGGCACACCGTCGCCAAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 217341 GATGTTTGCGAAACTCATCTTCACTGGCACACCGTCGCCAAAGAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     ACATGCAGTGAGAAGAGTACCAACTTGCATGACTACGGCATGTTGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217391 .TAGACATGCAGTGAGAAGAGTACCAACTTGCATGACTACGGCATGTTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCCCTGCGGAATTGACAAGTTCCGAGGGGTAGAGTTTGTGTGTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219474 TGCCCTGCGGAATTGACAAGTTCCGAGGGGTAGAGTTTGTGTGTTGCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGCTGAAGAAAGTGACAATGTGGATTCTGCTGATGCGGAGGAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219524 CTGGCTGAAGAAAGTGACAATGTGGATTCTGCTGATGCGGAGGAGGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CTCGGATGTCTGGTGGGGCGGAGCAGACACAGACTATGCAGATGGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 219574 CTCGGATGTCTGGTGGGGCGGAGCAGACACAGACTATGCAGATGGGAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663        TGAAGACAAAGTAGTAGAAGTAGCAGAGGAGGAAGAAGTGGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219624 A...CAGTGAAGACAAAGTAGTAGAAGTAGCAGAGGAGGAAGAAGTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGTGGAAGAAGAAGAAGCCGATGATGACGAGGACGATGAGGATGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248622 GAGGTGGAAGAAGAAGAAGCCGATGATGACGAGGACGATGAGGATGGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGAGGTAGAGGAAGAGGCTGAGGAACCCTACGAAGAAGCCACAGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248672 TGAGGTAGAGGAAGAGGCTGAGGAACCCTACGAAGAAGCCACAGAGAGAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCACCAGCATTGCCACCACCACCACCACCACCACAGAGTCTGTGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248722 CCACCAGCATTGCCACCACCACCACCACCACCACAGAGTCTGTGGAAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GTGGTTCGAG         AGGTGTGCTCTGAACAAGCCGAGACGGGGCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 248772 GTGGTTCGAGGTA...TAGAGGTGTGCTCTGAACAAGCCGAGACGGGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTGCCGAGCAATGATCTCCCGCTGGTACTTTGATGTGACTGAAGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270470 GTGCCGAGCAATGATCTCCCGCTGGTACTTTGATGTGACTGAAGGGAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTGCCCCATTCTTTTACGGCGGATGTGGCGGCAACCGGAACAACTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 270520 GTGCCCCATTCTTTTACGGCGGATGTGGCGGCAACCGGAACAACTTTGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACAGAAGAGTACTGCATGGCCGTGTGTGGCAGCGCCA         TGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 270570 ACAGAAGAGTACTGCATGGCCGTGTGTGGCAGCGCCAGTA...TAGTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCAAAGTTTACTCAAGACTACCCAGGAACCTCTTGCCCGAGATCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273209 CCAAAGTTTACTCAAGACTACCCAGGAACCTCTTGCCCGAGATCCTGTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAC         TTCCTACAACAGCAGCCAGTACCCCTGATGCCGTTGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273259 AACGTA...TAGTTCCTACAACAGCAGCCAGTACCCCTGATGCCGTTGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGTATCTCGAGACACCTGGGGATGAGAATGAACATGCCCATTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288182 AAGTATCTCGAGACACCTGGGGATGAGAATGAACATGCCCATTTCCAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGCCAAAGAGAGGCTTGAGGCCAAGCACCGAGAGAGAATGTCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 288232 AGCCAAAGAGAGGCTTGAGGCCAAGCACCGAGAGAGAATGTCCCAGGTA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225      GTCATGAGAGAATGGGAAGAGGCAGAACGTCAAGCAAAGAACTTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288282 ..TAGGTCATGAGAGAATGGGAAGAGGCAGAACGTCAAGCAAAGAACTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCTAAAGCTGATAAGAAGGCAGTTATCCAG         CATTTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 294638 CCTAAAGCTGATAAGAAGGCAGTTATCCAGGTA...CAGCATTTCCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAAAGTGGAATCTTTGGAACAGGAAGCAGCCAACGAGAGACAGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295404 GAAAGTGGAATCTTTGGAACAGGAAGCAGCCAACGAGAGACAGCAGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGAGACACACATGGCCAGAGTGGAAGCCATGCTCAATGACCGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295454 TGGAGACACACATGGCCAGAGTGGAAGCCATGCTCAATGACCGCCGCCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTGGCCCTGGAGAACTACATCACCGCTCTGCAGGCTGTTCCTCCTCGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 295504 CTGGCCCTGGAGAACTACATCACCGCTCTGCAGGCTGTTCCTCCTCGGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1459        CCTCGTCACGTGTTCAATATGCTAAAGAAGTATGTCCGCGCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 295554 A...CAGCCTCGTCACGTGTTCAATATGCTAAAGAAGTATGTCCGCGCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AACAGAAGGACAGACAGCACACCCTAAAGCATTTCGAGCATGTGCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314909 AACAGAAGGACAGACAGCACACCCTAAAGCATTTCGAGCATGTGCGCATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GTGGATCCCAAGAAAGCCGCTCAGATCCGGTCCCAG         GTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 314959 GTGGATCCCAAGAAAGCCGCTCAGATCCGGTCCCAGGTA...CAGGTTAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GACACACCTCCGTGTGATTTATGAGCGCATGAATCAGTCTCTCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 315937 GACACACCTCCGTGTGATTTATGAGCGCATGAATCAGTCTCTCTCCCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCTACAACGTGCCTGCAGTGGCCGAGGAGATTCAGGATGAAGTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 315987 TCTACAACGTGCCTGCAGTGGCCGAGGAGATTCAGGATGAAGTTGGTA..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688     ATGAGCTGCTTCAGAAAGAGCAAAACTATTCAGATGACGTCTTGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316037 .TAGATGAGCTGCTTCAGAAAGAGCAAAACTATTCAGATGACGTCTTGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CAACATGATTAGTGAACCAAGGATCAGTTACGGAAACGATGCTCTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358705 CAACATGATTAGTGAACCAAGGATCAGTTACGGAAACGATGCTCTCATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CATCTTTGACCGAAACGAAAACCACCGTGGAGCTCCTTCCCGTGAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358755 CATCTTTGACCGAAACGAAAACCACCGTGGAGCTCCTTCCCGTGAATGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GAGTTCAGCCTGGACGATCTCCAGCCGTGGCATTCTTTTGGGGCTGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358805 GAGTTCAGCCTGGACGATCTCCAGCCGTGGCATTCTTTTGGGGCTGACTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGTGCCAGCCAACACAGAAAACGAAG         TTGAGCCTGTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 358855 TGTGCCAGCCAACACAGAAAACGAAGGTA...CAGTTGAGCCTGTTGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CCCGCCCTGCTGCCGACCGAGGACTGACCACTCGACCAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 365559 CCCGCCCTGCTGCCGACCGAGGACTGACCACTCGACCAGGTA...CAGGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TCTGGGTTGACAAATATCAAGACGGAGGAGATCTCTGAAGTGAAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 372950 TCTGGGTTGACAAATATCAAGACGGAGGAGATCTCTGAAGTGAAGATGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGCAGAATTCCGACATGACTCAGGATATGAAGTTCATCATCAAAAATTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 373000 TGCAGAATTCCGACATGACTCAGGATATGAAGTTCATCATCAAAAATTGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065         GTGTTCTTTGCAGAAGATGTGGGTTCAAACAAAGGTGCAATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373050 TA...AAGGTGTTCTTTGCAGAAGATGTGGGTTCAAACAAAGGTGCAATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 ATTGGACTCATGGTGGGCGGTGTTGTCATAGCGACAGTGATCGTCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378795 ATTGGACTCATGGTGGGCGGTGTTGTCATAGCGACAGTGATCGTCATCAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CTTGGTGATGCTGAAGAAGAAACAGTACACATCCATTCATCATGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378845 CTTGGTGATGCTGAAGAAGAAACAGTACACATCCATTCATCATGGTGTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 TGGAG         GTTGACGCCGCTGTCACCCCAGAGGAGCGCCACCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 378895 TGGAGGTA...CAGGTTGACGCCGCTGTCACCCCAGAGGAGCGCCACCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 TCCAAGATGCAGCAGAACGGCTACGAAAATCCAACCTACAAGTTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 388886 TCCAAGATGCAGCAGAACGGCTACGAAAATCCAACCTACAAGTTCTTTGA

   2450     .    :
   2298 GCAGATGCAGAAC
        |||||||||||||
 388936 GCAGATGCAGAAC