seq1 = pF1KB3331.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KB3331/gi568815594r_154436688.tfa (gi568815594r:154436688_154648937), 212250 bp

>pF1KB3331 1542
>gi568815594r:154436688_154648937 (Chr4)

(complement)

8-116  (100001-100109)   100% ->
117-259  (101085-101227)   100% ->
260-313  (101874-101927)   100% ->
314-404  (102725-102815)   100% ->
405-492  (103015-103102)   100% ->
493-594  (104392-104493)   100% ->
595-687  (106659-106751)   100% ->
688-837  (108004-108153)   100% ->
838-939  (108243-108344)   100% ->
940-1042  (108885-108987)   100% ->
1043-1151  (109725-109833)   100% ->
1152-1291  (110830-110969)   100% ->
1292-1485  (111459-111652)   100% ->
1486-1542  (112194-112250)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 AGGAGGTACAGAAACATTCTGTACACACCCTTGTGTTCAGGTCGTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGGAGGTACAGAAACATTCTGTACACACCCTTGTGTTCAGGTCGTTGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 AGGACCCATGACATGTTTGTAGCTGATAATGGAAAACCTGTGCCTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGACCCATGACATGTTTGTAGCTGATAATGGAAAACCTGTGCCTTTAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 TGAAGAGAG         TCACAAACGAAAAATGGCAATCAAGCTTCGTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGAGAGGTT...TAGTCACAAACGAAAAATGGCAATCAAGCTTCGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 ATGAGTATGGTCCTGTGTTGCATATGCCTACTTCAAAAGAAAATCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101117 ATGAGTATGGTCCTGTGTTGCATATGCCTACTTCAAAAGAAAATCTTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199 GAGAAGGGTCCTCAGAATGCAACGGATTCATATGTTCATAAACAGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101167 GAGAAGGGTCCTCAGAATGCAACGGATTCATATGTTCATAAACAGTACCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249 TGCCAATCAAG         GACAAGAAGTTGAATACTTTGTGGCAGGTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101217 TGCCAATCAAGGTG...TAGGACAAGAAGTTGAATACTTTGTGGCAGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    290 CACATCCATACCCACCAGGACCTG         GGGTTGCTTTGACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101904 CACATCCATACCCACCAGGACCTGGTT...TAGGGGTTGCTTTGACAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331 GATACTAAGATCCAGAGAATGCCAAGTGAATCAGCTGCACAGTCCTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102742 GATACTAAGATCCAGAGAATGCCAAGTGAATCAGCTGCACAGTCCTTAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 GGTGGCATTACCTTTGCAGACCAA         GGCTGATGCAAATCGTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102792 GGTGGCATTACCTTTGCAGACCAAGTA...CAGGGCTGATGCAAATCGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 CTGCCCCTAGTGGAAGTGAATACCGACATCCTGGGGCTTCTGACCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103032 CTGCCCCTAGTGGAAGTGAATACCGACATCCTGGGGCTTCTGACCGTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472 CAGCCTACAGCGATGAATTCA         ATTGTCATGGAGACTGGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 103082 CAGCCTACAGCGATGAATTCAGTA...TAGATTGTCATGGAGACTGGCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 TACCAAGAACTCTGCACTGATGGCTAAAAAAGCCCCTACAATGCCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104412 TACCAAGAACTCTGCACTGATGGCTAAAAAAGCCCCTACAATGCCAAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563 CCCAGTGGCACCCACCGTGGAAACTCTACAGG         GTTATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104462 CCCAGTGGCACCCACCGTGGAAACTCTACAGGGTG...CAGGTTATCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604 GGGCATCTTGGCTGGGTTCGATGTATTGCTGTGGAACCTGGAAATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106668 GGGCATCTTGGCTGGGTTCGATGTATTGCTGTGGAACCTGGAAATCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    654 GTTTGTTACTGGATCTGCTGACAGAACTATAAAG         ATCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 106718 GTTTGTTACTGGATCTGCTGACAGAACTATAAAGGTA...CAGATCTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695 ACTTGGCTAGTGGCAAATTAAAACTGTCATTGACTGGGCATATTAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108011 ACTTGGCTAGTGGCAAATTAAAACTGTCATTGACTGGGCATATTAGTACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745 GTGCGGGGCGTGATAGTAAGCACAAGGAGCCCATATCTGTTCTCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108061 GTGCGGGGCGTGATAGTAAGCACAAGGAGCCCATATCTGTTCTCTTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795 AGAAGACAAACAAGTGAAATGCTGGGATCTCGAATACAATAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 108111 AGAAGACAAACAAGTGAAATGCTGGGATCTCGAATACAATAAGGTA...T

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838   GTTATACGGCATTATCATGGACATTTAAGTGCAGTGTATGGTTTGGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 AGGTTATACGGCATTATCATGGACATTTAAGTGCAGTGTATGGTTTGGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886 TTGCACCCGACAATCGATGTGTTGGTAACCTGTAGTCGAGATTCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108291 TTGCACCCGACAATCGATGTGTTGGTAACCTGTAGTCGAGATTCAACTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936 ACGG         ATTTGGGATGTGAGAACTAAAGCCAGTGTACACACAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 ACGGGTA...TAGATTTGGGATGTGAGAACTAAAGCCAGTGTACACACAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    977 TATCTGGACATACAAATGCAGTTGCTACAGTGAGATGTCAGGCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108922 TATCTGGACATACAAATGCAGTTGCTACAGTGAGATGTCAGGCTGCAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027 CCACAAATTATTACAG         GAAGCCATGATACTACAATTCGATT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108972 CCACAAATTATTACAGGTA...CAGGAAGCCATGATACTACAATTCGATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068 ATGGGATCTGGTGGCTGGAAAAACAAGAGTGACATTAACAAATCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109750 ATGGGATCTGGTGGCTGGAAAAACAAGAGTGACATTAACAAATCACAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1118 AATCAGTTAGGGCTGTGGTTTTACATCCAAGACA         TTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109800 AATCAGTTAGGGCTGTGGTTTTACATCCAAGACAGTA...CAGTTACACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1159 TTTGCATCTGGTTCTCCAGATAACATAAAGCAGTGGAAATTCCCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110837 TTTGCATCTGGTTCTCCAGATAACATAAAGCAGTGGAAATTCCCTGATGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1209 AAGTTTCATTCAAAATCTTTCCGGTCATAATGCTATTATTAACACATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110887 AAGTTTCATTCAAAATCTTTCCGGTCATAATGCTATTATTAACACATTGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1259 CGGTAAATTCTGATGGAGTGCTTGTATCTGGAG         CTGACAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110937 CGGTAAATTCTGATGGAGTGCTTGTATCTGGAGGTA...AAGCTGACAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 GGCACCATGCATCTTTGGGACTGGAGAACTGGCTACAATTTTCAGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111467 GGCACCATGCATCTTTGGGACTGGAGAACTGGCTACAATTTTCAGAGAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350 TCACGCAGCTGTGCAACCTGGGTCTTTGGACAGTGAATCAGGAATATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111517 TCACGCAGCTGTGCAACCTGGGTCTTTGGACAGTGAATCAGGAATATTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400 CTTGTGCTTTTGATCAGTCTGAAAGTCGATTACTAACAGCTGAAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111567 CTTGTGCTTTTGATCAGTCTGAAAGTCGATTACTAACAGCTGAAGCTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 AAAACCATTAAAGTATACAGAGAGGATGACACAGCC         ACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111617 AAAACCATTAAAGTATACAGAGAGGATGACACAGCCGTA...TAGACAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1491 AGAAACTCATCCAGTCAGCTGGAAACCAGAAATTATCAAGAGAAAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112199 AGAAACTCATCCAGTCAGCTGGAAACCAGAAATTATCAAGAGAAAGAGAT

   1650 
   1541 TT
        ||
 112249 TT