seq1 = pF1KB3324.tfa, 1815 bp
seq2 = pF1KB3324/gi568815588f_101254181.tfa (gi568815588f:101254181_101650857), 396677 bp

>pF1KB3324 1815
>gi568815588f:101254181_101650857 (Chr10)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-156  (176165-176272)   100% ->
157-234  (207801-207878)   100% ->
235-324  (225188-225277)   100% ->
325-556  (267459-267690)   100% ->
557-743  (271833-272019)   100% ->
744-840  (277057-277153)   100% ->
841-978  (278115-278252)   100% ->
979-1097  (278772-278890)   100% ->
1098-1347  (280481-280730)   100% ->
1348-1466  (281174-281292)   100% ->
1467-1577  (282363-282473)   100% ->
1578-1656  (284113-284191)   100% ->
1657-1815  (296519-296677)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCGGCCGAGGCGGTGCTGCAAGAGAAGGCACTCAAGTTTATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGACCCGGCCGAGGCGGTGCTGCAAGAGAAGGCACTCAAGTTTATGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        TGCTCTATGCCCAGGTCTCTGTGGCTGGGCTGCTCCAGCCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 G...CAGTGCTCTATGCCCAGGTCTCTGTGGCTGGGCTGCTCCAGCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGACAGCATGCCTTCGCTGCGATGCCTGTATAACCCAGGGACTGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176208 CGGACAGCATGCCTTCGCTGCGATGCCTGTATAACCCAGGGACTGGCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCACAGCTTTCCAG         AATTCCTCAGAGAGAGAAGACTGTAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 176258 CTCACAGCTTTCCAGGTA...CAGAATTCCTCAGAGAGAGAAGACTGTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAATGGCGAACCCCCTAGGAAGATAATACCAGAGAAGAATTCACTTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207827 TAATGGCGAACCCCCTAGGAAGATAATACCAGAGAAGAATTCACTTAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AG         ACATACAACAGCTGTGCCAGACTCTGCTTAAACCAAGAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207877 AGGTA...CAGACATACAACAGCTGTGCCAGACTCTGCTTAAACCAAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAGTATGTTTAGCAAGCACTGCTATGAAGACTGAGAATTGTGTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225227 ACAGTATGTTTAGCAAGCACTGCTATGAAGACTGAGAATTGTGTGGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 A         ACAAAACTTGCCAATGGCACTTCCAGTATGATTGTGCCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225277 AGTA...CAGACAAAACTTGCCAATGGCACTTCCAGTATGATTGTGCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGCAACGGAAACTCTCAGCAAGCTATGAAAAGGAAAAGGAACTGTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267499 AGCAACGGAAACTCTCAGCAAGCTATGAAAAGGAAAAGGAACTGTGTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAATACTTTGAGCAGTGGTCAGAGTCAGATCAAGTGGAATTTGTGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267549 AAATACTTTGAGCAGTGGTCAGAGTCAGATCAAGTGGAATTTGTGGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTTATATCCCAAATGTGTCATTACCAACATGGGCACATAAACTCGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267599 TCTTATATCCCAAATGTGTCATTACCAACATGGGCACATAAACTCGTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTAAACCTATGTTGCAGAGAGATTTCATAACTGCTCTGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 267649 TTAAACCTATGTTGCAGAGAGATTTCATAACTGCTCTGCCAGGTA...AA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557  CTCGGGGATTGGATCATATTGCTGAGAACATTCTGTCATACCTGGATGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271832 GCTCGGGGATTGGATCATATTGCTGAGAACATTCTGTCATACCTGGATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAATCACTATGTGCTGCTGAACTTGTGTGCAAGGAATGGTACCGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271882 CAAATCACTATGTGCTGCTGAACTTGTGTGCAAGGAATGGTACCGAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTCTGATGGCATGCTGTGGAAGAAGCTTATCGAGAGAATGGTCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 271932 CCTCTGATGGCATGCTGTGGAAGAAGCTTATCGAGAGAATGGTCAGGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATTCTCTGTGGAGAGGCCTGGCAGAACGAAGAGGATG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 271982 GATTCTCTGTGGAGAGGCCTGGCAGAACGAAGAGGATGGTG...TAGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACAGTATTTATTCAAAAACAAACCTCCTGACGGGAATGCTCCTCCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277060 ACAGTATTTATTCAAAAACAAACCTCCTGACGGGAATGCTCCTCCCAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTTTTTATAGAGCACTTTATCCTAAAATTATACAAGACATTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 277110 CTTTTTATAGAGCACTTTATCCTAAAATTATACAAGACATTGAGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841    ACAATAGAATCTAATTGGAGATGTGGAAGACATAGTTTACAGAGAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278112 CAGACAATAGAATCTAATTGGAGATGTGGAAGACATAGTTTACAGAGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCACTGCCGAAGTGAAACAAGCAAAGGAGTTTACTGTTTACAGTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278162 TCACTGCCGAAGTGAAACAAGCAAAGGAGTTTACTGTTTACAGTATGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATCAGAAAATAGTAAGCGGCCTTCGAGACAACACAATCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 278212 ATCAGAAAATAGTAAGCGGCCTTCGAGACAACACAATCAAGGTG...TAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCTGGGATAAAAACACATTGGAATGCAAGCGAATTCTCACAGGCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278772 ATCTGGGATAAAAACACATTGGAATGCAAGCGAATTCTCACAGGCCATAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGGTTCAGTCCTCTGTCTCCAGTATGATGAGAGAGTGATCATAACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278822 AGGTTCAGTCCTCTGTCTCCAGTATGATGAGAGAGTGATCATAACAGGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CATCGGATTCCACGGTCAG         AGTGTGGGATGTAAATACAGGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 278872 CATCGGATTCCACGGTCAGGTA...CAGAGTGTGGGATGTAAATACAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAAATGCTAAACACGTTGATTCACCATTGTGAAGCAGTTCTGCACTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280503 GAAATGCTAAACACGTTGATTCACCATTGTGAAGCAGTTCTGCACTTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTTCAATAATGGCATGATGGTGACCTGCTCCAAAGATCGTTCCATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280553 TTTCAATAATGGCATGATGGTGACCTGCTCCAAAGATCGTTCCATTGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TATGGGATATGGCCTCCCCAACTGACATTACCCTCCGGAGGGTGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280603 TATGGGATATGGCCTCCCCAACTGACATTACCCTCCGGAGGGTGCTGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGACACCGAGCTGCTGTCAATGTTGTAGACTTTGATGACAAGTACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280653 GGACACCGAGCTGCTGTCAATGTTGTAGACTTTGATGACAAGTACATTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTCTGCATCTGGGGATAGAACTATAAAG         GTATGGAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 280703 TTCTGCATCTGGGGATAGAACTATAAAGGTA...CAGGTATGGAACACAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GTACTTGTGAATTTGTAAGGACCTTAAATGGACACAAACGAGGCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281187 GTACTTGTGAATTTGTAAGGACCTTAAATGGACACAAACGAGGCATTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGTTTGCAGTACAGGGACAGGCTGGTAGTGAGTGGCTCATCTGACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281237 TGTTTGCAGTACAGGGACAGGCTGGTAGTGAGTGGCTCATCTGACAACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TATCAG         ATTATGGGACATAGAATGTGGTGCATGTTTACGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281287 TATCAGGTG...CAGATTATGGGACATAGAATGTGGTGCATGTTTACGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TGTTAGAAGGCCATGAGGAATTGGTGCGTTGTATTCGATTTGATAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282398 TGTTAGAAGGCCATGAGGAATTGGTGCGTTGTATTCGATTTGATAACAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGGATAGTCAGTGGGGCCTATGATGG         AAAAATTAAAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 282448 AGGATAGTCAGTGGGGCCTATGATGGGTG...TAGAAAAATTAAAGTGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGATCTTGTGGCTGCTTTGGACCCCCGTGCTCCTGCAGGGACACTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284128 GGATCTTGTGGCTGCTTTGGACCCCCGTGCTCCTGCAGGGACACTCTGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TACGGACCCTTGTG         GAGCATTCCGGAAGAGTTTTTCGACTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 284178 TACGGACCCTTGTGGTA...TAGGAGCATTCCGGAAGAGTTTTTCGACTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CAGTTTGATGAATTCCAGATTGTCAGTAGTTCACATGATGACACAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296546 CAGTTTGATGAATTCCAGATTGTCAGTAGTTCACATGATGACACAATCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CATCTGGGACTTCCTAAATGATCCAGCTGCCCAAGCTGAACCCCCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296596 CATCTGGGACTTCCTAAATGATCCAGCTGCCCAAGCTGAACCCCCCCGTT

   1900     .    :    .    :    .    :
   1784 CCCCTTCTCGAACATACACCTACATCTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 296646 CCCCTTCTCGAACATACACCTACATCTCCAGA